雖然林信義和秋山真之各自負責一個專案小組，但兩者能夠動用的力量顯然是不同的，秋山真之作為海軍少將調查海軍內部問題，雖然不會受到明面上的阻擾，但暗地裡拖後腿顯然是很正常的，比如海軍就不願意給秋山配備足夠的人手調查，而司法省對於海軍貪腐案也沒啥積極性，畢竟在近衛師團發動叛亂後，國民的注意力都集中到陸軍身上了，他們自然不會去得罪平息叛亂的主要力量。
而林信義這邊就不同了，即便海軍沒有積極的支持，他從政府哪裡得到的支持也足夠排除陸軍的干預把叛亂一事追查下去了。
犬養毅領導的立憲國民黨雖然在國會有91席議會席位，是眾議院第二大黨，但比起前身憲政本黨的議席數量反而下降了，政友會現在依然是議會第一大黨，高達154席，新自由黨也穩固上升，作為第三大黨佔據了89席位。
從議會的議席比例就能看得出，其實犬養毅能夠被提名完全是得到了海軍的支持，以立憲國民黨的政治實力，以犬養毅的個性，實際上是沒法獲得組閣的機會的。就算是鼓吹政黨政治的犬養毅及心腹也清楚這點，因此在組閣時選擇了和新自由黨聯合。
雖然新自由黨背後有著海軍的支持，但犬養毅認為海軍支持新自由黨的目的不是為了維護藩閥政治，而是為了推動政治民主化，因此可以同自由黨結盟以對抗完全倒向藩閥的政友會。
而新自由黨雖然在政治上起步較遲，議會第一、第二大黨其實都是從立憲時代發展起來的，按照日本人的觀念都是有著深厚底蘊的，而新自由黨是社會主義者組黨失敗後轉向費邊主義的產物，黨內還吸納了不少新官僚，可以說是一個沒什麼歷史的新黨，大家聚在一起倒確實因為相似的政治理念，而不是所謂的人際關係。
和議會第一、第二大黨相比較，其實新自由黨倒是更加接近現代理念的政黨形式，而擁有光榮歷史的第一、第二大黨倒是更像是在野的藩閥團體。比如犬養毅領導的立憲國民黨，名義上是主張「打破閥族、擁護憲政」，不過這個口號已經脫離了自己的根本。
大隈重信組建的進步黨，追求的是自由民權運動與英式立憲，反對薩長藩閥推出的天皇制國體。而進步黨的主要支持者，就是明治維新後首先接受了西洋文明的城市居民，他們反對薩長藩閥用新的專制政權取代舊的專制幕府。
特別是明治維新初期的殖產興業事業，被政府以低價出售給大商人，從而形成了明治時期的財閥組織後，這些市民階層尤為痛恨這種政商勾結的腐敗行為，認為是對國民的欺騙和壓榨行為。
但是日俄戰爭之後，資本主義在日本的發展，無產階級的力量在城市中不斷擴大，過去以小商人為主的城市居民轉為了以無產階級為主的城市居民，此時無產階級要求打倒資本主義的壓迫放在了第一位，而藩閥政治則退到了第二位。
可財閥對政黨的資金收買，使得政黨普遍放棄了對於財閥的攻擊，而只是對著藩閥體制開炮，但事實上藩閥體制的基礎正是財閥們的政商策略，而財閥們對於政黨的投入，則已經準備好了跳船，也就是即便藩閥體制垮台了，財閥們依然可以通過政黨政治保住自己的特權。
在這種情況下，實際上立憲國民黨已經失去了在城市居民中的號召力，而變成了財閥們的一個白手套。反倒是政友會意識到了這一點，原敬放棄了和藩閥政治的對抗，進一步把政友會和地方名望家結合到了一起，然後再拉攏財閥的支持，把政友會改造成了日本上層統治者的利益代表。
而桂太郎受到政治上的攻擊時，第一反應也是準備瓦解立憲國民黨，他認為立憲國民黨的議員們雖然鼓吹憲政，但實際上還是想當官，就政治理念上並沒有什麼特殊之處，完全不如第三大黨新自由黨在政治上那麼觀點鮮明。
桂太郎要是不去世的話，他的計畫差不多就成功了，因為至少有三分之一的國、民黨黨員被其說動，打算改投其門下了，畢竟立憲國、民黨上有政友會的打壓，下有新自由黨的追趕，其政治影響力正在快速下滑，想要組閣顯然是遙遙無期，還不如趁著現在賣個好價錢。
立憲國、民黨的分裂隨著桂太郎病重而中止，但犬養毅也知道黨員靠不住，因此他只能選擇黨外合作對象，新自由黨自然就成了必要且唯一的選擇。
特別是陸軍發動兵變，犬養毅意識到想要把陸軍壓制下去，那麼必須要得到海軍的支持，否則他的政治理想就會到此結束，畢竟失敗者是沒法推動政治改革的。新自由黨的政治理念雖然和其不太一致，但至少在民主的觀點上是立場相同的。
於是犬養毅把內閣的大多數職位交給了自由黨，安部磯雄擔任了內相，原嘉道再次就任司法相，有了這兩位的支持，林信義的四三專案小組自然就有了足夠的資源對軍部和政府部門進行全面的調查工作了。
林信義將小組分成了五個部門，平沼騏一郎負責對財閥支持黑龍會等右翼團體的資金進行追查，其目標正是和陸軍關係密切的幾家財閥，大倉、古河、三井等大財閥都列入了第一調查目錄。
他對平沼等人的主張也很直接，「對於這場財閥的調查，不是為了追究責任，而是為了杜絕類似事件。如果財閥可以通過金錢來鼓動暴力團來影響政治，國家還有什麼安全可言？不僅僅要調查他們對這些暴力團體的資金資助，還要追查他們通過政治獻金從政策上獲得的好處。」
平沼騏一郎是沒有什麼立場的，他是純粹的權力生物，誰掌握了權力，他就服從於誰。雖然他對於財閥搞政商交易，收買暴力團的行動並不感冒，他覺得則是日本社會的常態，假如不能接受這樣的潛規則，也就意味著還不夠成熟。
但是當權力要求他去調查這些問題的時候，他又迅速的行動了起來，表現的嫉惡如仇，絲毫不肯放過一點問題。平沼很清楚一點，林信義對這些財閥下手並不是為了呼應國民的請求，而是為了清理掉海軍反對派的錢袋子。
作為東大法律系的一員，一個親海軍的聯盟主義團體在東大已經形成，東大作為政府的後備人才庫，其法律系畢業生更是統治者的備選，只是藩閥政治和民黨政治都試圖利用他們，卻不肯讓他們主導國家政策，於是也就有了東大畢業生反對伊藤博文的事例。
海軍推動的亞洲聯盟主義，並不忌諱讓這些東大畢業生來制定國策，畢竟海軍自己是沒法親自來干政府工作的，長州派的藩閥體制能夠維持，是因為長州派是維新政府政治鬥爭中的勝出者，所以長州派才保留了完整的軍政人才，薩摩派在西南戰爭後都失去了組閣的能力，只能在政治上搞平衡而已。
林信義主導的海軍革新社，對於薩摩閥做了一次整理，雖然統合了新薩摩系，但政治上卻大量的吸納了東大畢業生和海外留學生，特別是傾向於社會主義和自由主義的新血。新自由黨能夠不斷在議會中擴大席位，就在於新自由黨在政治上保持了進取姿態。
亞洲聯盟主義和陸軍的大東亞主義是完全對立的，看起來雙方都主張統合亞洲民族的力量以對抗歐洲列強，但前者是建立在亞洲民族的獨立自主基礎上的合作，而後者則主張亞洲各民族服從於大和民族的統治，也就是讓日本取代歐洲列強的地位殖民亞洲各民族。
陸海軍在戰略上的對立，自然也就導致了他們身後的支持者的對立，陸海軍都不是單純的軍事組織，他們的身後各自有著政治團體和財閥的支持。就好比伊藤博文當初聯合薩摩閥把佐賀、土佐的政治力量從政府中驅逐出去，之後支持佐賀、土佐的商人們也遭到了嚴厲的打壓。
現在海軍佔了上風，林信義自然不會對支持陸軍的財閥們輕輕放過，特別是陸軍叛軍幹掉了安田財閥和三井財閥的領導人，也引發了其他財閥的不滿。
安田財閥在政治上其實屬於中立派，就是靠高利貸起家的安田善次郎在民眾中風評不好，他的死讓不少中立派財閥們大為恐慌，認為陸軍的行動確實應當加以約束，否則大家都很難保證安全。
三井財閥這次遭到襲擊，則屬於罪有應得，三井財閥不僅僅是大陸政策的支持者，還為北一輝提供了資金以出書，可以說這次兵變中就有著三井財閥給與的資金。
而三井財閥之所以被叛軍盯上，主要是團琢磨在報紙採訪中過於高調，對工人的福利待遇問題大加批評，認為提高工人待遇會讓日本的企業失去競爭力，這不利於日本開拓海外市場。團琢磨的發言引起了無產階級和開明知識分子的嚴厲批評，叛軍認為這是一個和安田一樣壞的混蛋，因此也是應該被剷除的國賊。
支持亞洲經濟一體化的財閥和政治上中立的財閥，這一次都主張要嚴厲追查叛亂分子背後的支持者，所以平沼騏一郎自然不害怕調查這些龐然大物。而在他調查過程中，也沒有什麼大人物出來阻止說情，這更是加強了他調查的信心。
除了調查財閥之外，另一個重點打擊的對象就是以黑龍會為首的右翼團體了，這個右翼團體是林信義私下命名，按照此時日本人的觀點，這些組織都應當叫暴力團，因為他們動輒以暴力恐嚇他人，從而迫使別人服從自己。
當然，如黑龍會這種樹立了政治理念的暴力團，已經站在了這一層次的最頂端，都可以對政治加以影響了。此次參與策劃兵變，對於黑龍會來說並不是什麼大不了的問題，而是他們過去常乾的事，不過是過去經常在朝鮮、中國干，而現在則放在了國內。
老實說，要不是十年前政府對該種性質的組織加以打壓，不少浪人甚至都已經功成名就的當上了國會議員了，那麼現在黑龍會這樣的團體就勢力更大了。不過，在日俄戰爭結束後，大量軍人退伍失業，使得黑龍會這樣的浪人團體再一次壯大了起來。
林信義也很清楚，並不是這些退伍軍人崇拜軍國主義，而是日本的工業化程度太低，這些人退伍之後就失業了，因此只能投靠右翼團體幹些偏門勾當。在亞洲經濟一體化還沒有建立之前，右翼團體的勢力就不可能消亡，他能做的就是打壓冒出頭的那些組織，以維持基本的社會秩序。
東京地檢的塩野季彥負責了這場針對黑龍會的打擊行動，並擴大到了對所有暴力團的登記和打擊非法犯罪的有組織活動。這一行動對於陸軍中的不少人感到了威脅，畢竟連明石元二郎這樣的陸軍將領都和黑龍會有關係，田村都不得不找林信義打招呼，要求不要對外透露加入過玄洋、黑龍會的陸軍軍官的名單。
林信義給田村的答覆就是，差不多年紀的能退役就退役，距離退役還很遠的，也要調離重要崗位，到地方上去養老。田村對這一要求也只能接受，因為專案小組正把兵變責任推給黑龍會等激進思想的暴力團，他要是反對的話，那麼髒水就會潑回給陸軍身上。
和海軍貪腐案的調查只有隻言片語的公告不同，四三專案這裡幾乎是每天報告查案進程，三天必然放出一個大消息，因此把國民的注意力都集中到了查案結果上。這個社會輿論下，任何人阻止四三專案的調查，首先就會遭到輿論的攻擊。
而陸軍對政府的善後安排如此安靜，就是扛不住社會輿論的進一步攻擊，當然，田村也明白，這種強大的輿論施壓，其實就是為了震懾山縣領導的長州派，迫使他們接受政府的調查，而不是採取對抗措施，這個結果對於陸軍中的非長州派是有利的。
在對待參加了叛亂的近衛師團官兵的審訊上，專案小組倒是沒有過多的指責個人，反而儘力為這些官兵進行了辯護，認為這場兵變之所以會爆發，不是某些軍人的野心發作，而是社會矛盾的激化和軍中的錯誤教育。
專案小組公布了上百份士兵的口供，這些參與了叛亂的士兵表示，他們出軍營之前壓根不知道是要發動兵變，只是按照軍官的要求帶上了武器出了軍營，等到了地方後，軍官下達了命令，他們不敢進行質疑，也只好開槍。
為什麼士兵不敢質疑軍官的命令，因為根據《軍人敕諭》，士兵不得質疑上級的命令，否則就要遭到體罰甚至是軍紀處分。這種士兵不許思考，只能無思想的服從上官命令的《軍人敕諭》，使得當軍官下令士兵向警察開槍，向首相官邸進攻時，沒人提出反對意見。
鈴木喜三郎作為專案小組的主控官，也在法庭上替那些無意參加叛亂，只是服從軍官命令的士兵求情，「…士兵們並無主觀上的惡意，他們只是根據《軍人敕諭》的要求，服從了直屬長官的命令。我們不能一邊禁止士兵思考，一邊又要求士兵能夠分辨命令的對錯。」
由於平亂指揮部承諾給叛軍一個公開的審訊，所以對這些官兵的控告都是在大審院進行的，法官也非軍隊內部人員，於是輿論很快就把軍隊內部的壓迫給公布了出去，從而引發了輿論對《軍人敕諭》的質疑，宮內省查閱資料後表示，《軍人敕諭》並非明治天皇所擬，乃是山縣元老擬定後請求明治天皇下發的。
宮內省的回答，讓輿論對長州派的批評進一步擴大了，山縣有朋也只能保持沉默，因為他不能把責任推給明治天皇。很快，陸海軍大臣向大正天皇上書，認為過去的軍隊教育已經不合時宜，請求天皇頒發新的軍人教育方針。
陸海軍大臣建議，封存《軍人敕諭》，以五條誓文為軍人教育的核心，對久坂玄瑞、西鄉隆盛恢複名譽，重建軍隊的道德觀念。其根本核心就是糾正山縣時代製造的軍隊內核-皇軍，恢複倒幕時代的國家主義，打造國家軍隊的形象。