其實，在犬養毅在陸海軍將領的陪同下強勢的要求覲見天皇時，伊藤博文就知道天變了。這套把戲在倒幕時代可不少見，高杉晉作發表「討奸檄」，率部與保守派軍隊決戰於繪堂，一舉奪取了藩政權，伊藤是親身經歷者。
至於之後西鄉和大久保架空島津家主，倒幕聯軍脅迫天皇發布討伐幕府大詔，這種下克上的流程都快成為固定模式了。只不過明治政府成立之後，維新派掌握了最強武力，才漸漸遏制住這種下克上的風氣，畢竟歐洲軍制以平民為主要兵員，士兵服兵役不過是義務，並沒有什麼大的志向，所以難以被所謂的理想所煽動。
而那些有理想的武士們，人數又實在太少，比如西鄉隆盛雖然有著一支強大的武士部隊，但其人數上的劣勢，決定了西鄉最終慘敗的根源。相比起需要十餘年才能培養出來的武士，幾個月就能訓練上陣的農兵顯然太過物美價廉了。
想要確保這些農兵不被異端思想所吸引，只要給他們樹立起天皇這座現人神的偶像就好，在天皇的號召下，就算軍官們想要做些什麼，也很難正面對抗士兵心目中的神。這一次的兵變就是如此，雖然發動兵變的叛亂軍官也知道掌握皇宮的重要性，可終究沒有人敢下令進攻皇宮。
但是，有人卻抓住了保衛天皇的機會，光明正大的控制了皇宮，和那些發動兵變的陸軍軍官們相比，林信義才是真正掌握了下克上精髓的政治家了。犬養毅的入宮，實際上代表著下克上的流程已經結束，這是體面的結束事件的一個形式，換句話說就是，現在控制這個國家的已經不是元老們而宮外的平亂指揮部和犬養毅代表的臨時政府。
元老們的繼續抗拒，只不過是讓事情走向一個較為血腥的結尾，須知當年長州藩的主流也是死活不肯交出權力，才引發了繪堂之戰，林信義可不是陸軍那些空有熱血的叛亂者，他已經組建起了一個新的權力中樞，元老們同意與否並不起決定作用，決定大局的是新權力中樞的那些既得利益者。
更何況，元老們之間也不是鐵板一塊的，山本權兵衛、松方正義顯然是完全站在新的權力中樞這邊的，西園寺公望作為公卿的代表只會優先保證天皇的安全，也就是和新權力中樞妥協。這件事其實就比較明了了，政變的矛頭實際上指向的是長州派。
伊藤博文來見這個弟子，也就是想知道，這個弟子究竟只是謀劃者，還是掌控了整個政變。如果是前者的話他還可以考慮一下政治交換的方式來解決危機，畢竟日本的上層只對利益感興趣，山本權兵衛不就是被陸軍逼上絕境才會壞了規矩的么。
當林信義對國內外政策都做出了肯定的立場後，伊藤博文就知道，犬養毅、東條英教，甚至是山本權兵衛都不過是擺在前頭的招牌，新的權力中樞的核心實際上就是林信義，林信義既然敢當面表明這些立場，說明這些新政策已經獲得了新權力中樞的認可，不管誰上台都要去推動新政策，否則就會失去下面的支持。
伊藤博文雖然有把握能夠說服犬養毅、東條英教、山本權兵衛，但是他動搖不了林信義這種政變的核心人物，如此他的說服就沒有意義，無非就是多拉上幾個人下水而已。
同林信義談完之後，伊藤博文同意了召開御前會議。這一次的御前會議和從前的御前會議沒啥區別，但又著一些不同。沒區別，指的是天皇依舊不是會議的中心，不過是一種會議見證的身份。有區別指的是，過去失勢者其實是沒資格參與御前會議的，長州派過去召開御前會議都是把政治對手先排除在會議之外，然後再開會奪取他們的權力。
而今次的御前會議，則是長州派坐視其他人當著天皇的面剝奪自己的權力。山縣有朋和井上馨都對犬養毅提出的平息兵變的提案表示了不同意，犬養毅提出的平息兵亂方案其實更像是一份改革計畫書，平息兵亂不過是順帶的，其核心是對日本的政治體制和經濟、外交等政策進行了變革。
山縣有朋反對把兵變歸咎于軍隊的教育問題，就是擔心政府會藉機插手軍隊內部事務，而犬養毅提出的整頓軍務也確實表明了政府有意干涉軍務的意圖。
雖然山縣有朋再三強調軍部受天皇統帥，政府無權干涉軍隊內部事務，不過犬養毅並不為所動的回覆道：「政府不會直接干涉軍隊內部事務，但是政府有權就軍人道德問題進行監管，此次兵變的發生就說明了一部分軍官失去了軍人的基本道德準則，所以他們才會在兵變的過程中對社會有名望的人士進行了有計畫的謀殺。
軍隊的統帥權，政府無意染指，但軍人的個人品德問題，這不歸天皇管理，而應當是政府的責任。國民也注意到了，此前海軍中出現的貪腐問題，如果不能對軍人的道德加以監管，國民怎麼能夠放心把自家的子弟交給軍隊？
政府關注的是軍隊是否能夠受到國民信任的問題，而軍人道德委員會的意見也和政府的看法一致，山縣元老您個人的意見無法代表軍部。另外，就算叛亂的軍隊放下武器返回了軍營，四三叛亂事件也沒有結束，追查該事件的爆發原因，並阻止再次發生類似事件，也是必須的。
所以政府要求，以軍人道德委員會牽頭，設立四三專案小組和海軍貪腐專案小組，對兩起事件進行深入的調查，然後把結果公布給國民，從而回覆國民對於軍部的信任。我相信，軍隊中大部分官兵都是效忠國家的，不會為了幾個道德敗壞分子和國民對抗的…」
山本權兵衛首先出聲支持了犬養毅的看法，軍人道德委員會現在是親近海軍的，由這一部門來調查海軍貪腐案，那麼也就意味著海軍貪腐問題能夠以體面的方式結束了，這本來就是他支持今次計畫的根本原因。
陸海軍之間的分裂，使得山縣有朋無法拿軍部的意見去施壓政府，而陸軍內部此時也出現了分裂，至少坐在會議室內的田村、上原、山口和宮外的東條是支持成立四三專案小組來了解兵變一事的，這種局面連大山岩也無法再跟隨山縣有朋了。
陸軍的面子固然重要，但如果連里子都沒有，要面子做什麼？田村和上原入宮後就向他彙報了善後的解決辦法，本質上就是讓長州派交出權力，然後對陸軍進行一場大的整改，消除山縣這位長州派領袖對於陸軍的個人影響。
大山岩一開始還有些猶豫，但田村很誠懇的向他說道：「接受的話我們至少還能保住半個陸軍，不接受的話，就是又一場西南戰爭，失敗後將不會存在什麼陸軍了。
陸軍現在的布置是外重內輕，支持長州派的軍隊都在大陸，國內的軍隊大多是效忠國家的，一旦爆發內亂，平亂指揮部可以用天皇的名義把所有不服從命令的陸軍將領解除職務了。」
大山岩一開始覺得東條英教應該沒有那麼大的號召力，不過田村表示，外面的叛亂是由維新派軍官發起的，陸軍下層都是支持大正維新的，所以當犬養毅表示部分的採取維新派軍人提出的改革要求，那麼陸軍的下層就不可能再服從他們的命令對抗主張改革的新政府。
田村的分析把大山岩干沉默了，他也知道田村的說法是沒問題的，試圖用一場對外戰爭來壓制國內民眾的不滿，這是一部分軍人的想法，而這些軍人確實都被調動到大陸去了，留在國內的軍隊大多和近衛師團發動兵變的基層官兵的想法類似，解決貧富不均的呼聲極高，這確實是犬養毅能夠瓦解陸軍團結的一大口號。
現在的局勢是，宮外發動兵變的陸軍官兵雖然對掌握這個國家的上層來說是一種大逆不道的行為，但是他們的理念卻能得到基層官兵的認同，而有能力鎮壓這些叛亂軍隊的兩支力量，海軍在借著這個機會推動體制變革，陸軍中的擴張主義者則多在海外。
大山岩最終還是選擇了田村的建議，在御前會議上選擇了中立，不再堅決跟著山縣有朋反對犬養毅提出的解決事態的方案。
至於井上馨反對的，則是犬養毅試圖取消元老政治的改革辦法，此前首相的任命都是天皇詢問元老，然後元老提名，接著天皇頒發組閣大命，從而完成了內閣權力的轉移。但是犬養毅認為，這套流程已經妨礙了國家政治的正常運行，使得議會變成了擺設，也令國民推選的代表無法真正推舉一位代表國民意願的首相上台組閣，所以他要求取消元老對首相的提名，今後應當交給議會提名首相人選，從而更好的讓政府和國民達成一致。
伊藤博文在這個問題上沒有選擇支持井上馨，反而認為可以加以考慮，只要議會的選舉辦法進一步完善，使議員真正代表國民的意願，而不是只代表少數有產者的意願，那麼他就接受議會提名首相人選的辦法。
井上馨孤軍奮戰，自然沒法壓制住犬養毅的主張，他於會後一度不滿的去找伊藤質疑，問其為何不站在自己這邊，把國家的安危交給一群無知且貪婪的議員。
井上馨對議會的批評不是沒有道理的，畢竟國會議員和貴族院議員的任命是不同的，後者都是華族出身，就算沒有良好的家世，也是通過功績獲得的華族身份，他們對於國家都有著一種神聖使命感，因此對於政治事務比較服從權威意見。
而國會議員除了財產限制外，並無其他限制條件，也就是有錢就能參與議員競選，這種寬泛的條件使得不少議員都是地方富翁為了更換一下門第才參與的競選，他們當選國會議員並沒有什麼貢獻，甚至連會議都不樂意參加，只是仗著國會議員的身份對地方官員橫加指責，然後為自己的生意製造特權而已。
還有一批國會議員則乾脆是財閥們捧出來的，他們當上議員的主要任務就是維護財閥的利益，反對不利於財閥們的議案，通過有利於財閥的議案，這也是舊藩閥志士看不上政黨政治的原因，因為這些所謂的民黨只有個人利益，對於國家利益沒啥忠誠。
山縣有朋傾向於精英官僚組建的舉國一致體制，就是摒棄私人利益，把國家利益放在第一位，當然，這個國家指的是藩閥所控制的國家，國家的殖產興業和對外擴張，最終都為藩閥的升官發財提供了各種便利條件。
井上馨作為藩閥中的派系大佬，自然是反感所謂的民黨政治的，在組建政黨的問題上他和伊藤意見相左，最終和山縣合作逼迫伊藤退出了政黨。
只是上一次是他和山縣贏了，而這一次伊藤並沒有再向井上妥協，他對井上無奈的說道：「你難道看不出來嗎？屬於我們的時代已經隨著先帝的去世而結束了。當初我們所反對的幕府，現在我們就是被別人所反對的新幕府。
元老政治是制度不成熟下的產物，本意是制度不完善而無法解決的問題，交給元老們來定奪。但是現在的日本，制度已經變得相當成熟了，元老的存在已經變成了最大的問題，現在是制度要求解決元老政治，而不是什麼人要對付元老。
我們當然可以憑藉著過去的威望和人脈抵抗犬養毅的要求，但是外面的兵變根源我們解決不了，我們越是拒絕交出權力，國民越會把國家出現的問題歸咎於我們，到時我們就成為了阻礙日本前進的幕府，從而變成眾矢之的。
當初勝海舟主張江戶無血開城的心情，我是體會到了，你還沒有體會到嗎？」
井上馨依舊不能接受伊藤博文表現出的軟弱，他憤然離去尋找山縣有朋商量對策，山縣倒是想要繼續反對御前會議做出的決議的，他認為這次御前會議並不是正常的討論，而是犬養毅和東條英教等人的逼宮，是對天皇的叛逆之舉。
只是山縣有朋和井上馨試圖聯絡在外的寺內正毅等長州派骨幹時，這邊犬養毅已經任命東條英教為陸軍大臣，東條英教隨即任命山口圭藏為近衛師團師團長，並提名秋山真之、林信義補入軍人道德委員會，林信義隨即被犬養毅任命為四三專案小組組長，秋山真之則被任命為海軍貪污專案小組組長。
犬養毅出宮宣布天皇同意了部分維新要求後，叛軍隨即開始整隊從霞關等地返回駐地，東條英教也順勢控制了陸軍省和近衛師團，並開始恢複東京秩序，命令東京警視廳開始抓捕參與叛亂的社會人士，主要是黑龍會的成員。
而這邊林信義接受任命後就立刻以文化課、司法省為核心，組建了四三專案小組，開始對叛軍各部隊展開了事變調查行動。
山縣有朋、井上馨出宮後雖然和寺內正毅獲得了聯繫，但是長州派的骨幹們發覺，他們對於東京的影響力並沒有隨著叛亂軍隊的撤離而恢複。由於陸軍大臣和近衛師團師團長都換上了反長州派的骨幹，寺內正毅對山縣表示，他們在陸軍內部現在都沒法對東條英教進行抵制了。
過去長州派對於東條英教這些反對自己的將領進行打壓，主要是依賴組織力量將其邊緣化，也就是不安排工作，從而迫使其變成孤家寡人，最終主動或被動的退出現役。
但是現在東條英教以平亂指揮的名義緊急就任陸軍大臣，他身上有著清理陸軍內部叛逆的大義，下面的人壓根不敢違背東條這位新大臣的命令，否則就可能被當成叛逆同黨解除職務。田中義一對此評價道：「四三專案不結案，陸軍中就沒有對抗東條的力量。」