山本權兵衛是凌晨三點左右從皇宮北面的北羽橋門乘坐汽車進入的，他和其他元老不同，並不是帶了一點隨行人員就跑來的，而是帶了一百多海軍士兵和數輛汽車，按照山本的說法，他的主要任務是先保證天皇的安全。
宮中的諸位元老對於山本的說法都很膩歪，但是和此前對待山本的態度不同，因為海軍貪腐案在民間引起的激烈反應，實際上大家是準備把山本邊緣化的，就如同對待黑田清隆一樣，雖然保留其元老身份，可是不在和他討論什麼國家大政了。
這種處置方式極為符合日本的傳統政治，但是現在平息兵亂卻不能不考慮海軍的意見，或者說在山本代表海軍表示要把軍艦調動到東京來平亂開始，海軍實際上已經成為了國內唯一有組織的武裝力量，陸軍組織被叛亂事件給瓦解了，此時從東京發布的任何命令很可能帶來更加惡劣的變化，因為大家都不知道支持叛亂的陸軍部隊還有多少。
在意識到海軍沒有參加叛亂，並還能掌握住整個組織後，伊藤就不得不承認山本作為海軍代表的現實，而請求山本儘快趕來皇宮討論平亂的決策了。作為倒幕時代走來的人，伊藤很清楚一旦讓山本在外面另外組織了一個平亂中心，事情就會變得更加棘手，他甚至不能確定山本到底是效忠天皇的，還是會借這一叛亂事件把他們這些元老一起給清理掉。
為了確保不留下後患，伊藤自然是要把山本弄來皇宮一起決策的，其他元老們自然也和伊藤有著同樣的意識，所以堅決不肯把天皇交給海軍，而是要求山本來開會。
而山本權兵衛這種一下車就要求見天皇並轉移的行動，自然更加引起了元老們的不滿和猜忌，伊藤當即拒絕了山本的提議，並和他說道：「當前叛軍並沒有進攻皇居的意圖，現在皇居反而是安全的，這種情況下轉移天皇出宮，如果出了什麼問題，海軍能夠擔負起全部責任嗎？」
山本一下就被伊藤給問啞了，伊藤其實不是指天皇在轉移途中的安全，而是認為把天皇交給海軍未必安全，伊藤這是警告他，海軍其實也是有叛亂的可能性的，這個可能性當然不是現實中的可能性，而是元老們可以這樣宣稱，畢竟海軍只有他一個元老，而這裡卻有五位元老。
不過山本心裡也是虛的，因為他知道叛亂確實和海軍有關係，真要被元老們倒打一耙，海軍似乎也說不上什麼冤枉。他不得不降低了調門，表示海軍還是願意在元老們的領導下平息這場叛亂的，這才消除了伊藤對其的不滿。
但是在坐下來開會之後，山本依然反對了陸軍試圖內部解決的想法，他質疑山縣道，「近衛師團長山根中將現在到底在做什麼？他連自己的部隊都掌握不住，難道海軍還能指望陸軍自己內部解決？剛剛伊藤閣下也說了，叛軍只是被暫時安撫住了，天亮之後他也沒把握叛軍的行動。我們總不能坐在這裡等著叛軍自行散去吧？這不是拿天皇的安危和帝國的前途當賭注嗎？」
伊藤倒是認同了山本的這番質疑，山縣領導的長州派在控制部隊的方面確實有問題，長州派任人唯親的缺陷在近衛師團長的人選上就出現了重大過失，在閑院宮載仁親王被迫辭去師團長一職後，長州派讓技術官僚出身的山根武亮擔任了近衛師團長，山根在鐵道建設和情報收集上還湊合，但是對於管理部隊就沒什麼經驗了。
可以說，正是山根武亮擔任近衛師團長的期間，近衛師團的軍紀就開始敗壞了，這種敗壞就體現在近衛師團官兵和警察的衝突事件逐年上升，山根除了偏袒部下之外，並不能對近衛師團的軍紀做出有力的約束，確實不如載仁親王對於部下的管束。
過去伊藤對於這種事情只能當做不存在，因為長州派任用私人的風氣本就是藩閥政治的傳統，他自己也一樣大量任用自己人，陸軍作為山縣派的地盤，他用私人難道其他元老還能去指責他么，那麼其他元老在各自地盤上還怎麼經營？
只不過這一次兵變事件動搖了帝國政治的基礎，才不得不讓元老們開始正視這個問題。現在山縣還要力主陸軍內部處理問題，其實就是不想揭開陸軍內部人事任免的黑幕，但此時再遷就山縣，恐怕會讓帝國這艘大船也一起擱淺了，伊藤自然就沒法再繼續默認過去的潛規則了。
面對山本的質疑，其他元老的默認，大山岩首先退讓了。大山支持山縣的主張，一部分是為了陸軍的顏面，一部分則是知道這一次兵亂實在是陸軍中非長州派的鍋，他也擔心擴大化後會導致陸軍聲譽和陸軍內部非長州派都受到重創。
但是大山岩也確實不能看到帝國政治的崩盤，否則陸軍就算存在也沒什麼意義，陸軍是國家的組成部分，而非獨立存在的組織，這正是他一直支持山縣有朋的思想基礎，為了陸軍的良好運作，長州派集中權力並不是問題。
不過現在長州派的自私開始危及到國體的安全後，大山也不得不表示，陸軍應當服從於國家的整體決策，不過他還是強調，至少應當讓陸軍試著自行解決，那樣給國家帶來的破壞是最小的。
大山的主張還是得到了井上和伊藤的首肯的，對於他們來說，能夠以最小代價解決兵變的問題自然是首選，鎮壓行動越是聲勢浩大，事後就越難以善後。
山本見狀也終於後退一步，但表示平亂指揮部不應當由陸軍領導，他可以接受陸軍試著自行解決問題，但不會把判斷兵變危險的程度交給陸軍，因為陸軍現在壓根沒法讓人相信，所以他主張應當由海軍來領導平亂的指揮機構，聽命於元老會議。
山縣和大山當然不會支持山本的主張，由海軍來領導這個平亂指揮機構，事後海軍對陸軍展開清算，陸軍豈不是被海軍完全壓制住了。更何況山縣心中也有鬼，他對山本權兵衛和海軍的攻擊，讓他很擔心山本和海軍會依法炮製，對陸軍加以還擊。
事實上山縣都已經準備好了，只要海軍同意軍部對海軍貪腐案進行調查，就要把山本在海軍的力量大大的清洗一遍，讓海軍十年內不得翻身。
海軍中層以上的將領幾乎都是山本一系的，河原、柴山等人雖然在海軍內部壓制住了山本一系，但他們在對外的各部門交涉中其實沒有多少經驗。河原、柴山這些人就算掌握了海軍，但想要恢複過去海軍省在國家政治中的影響力，並不是一朝一夕的功夫。
山本一系實際上就是西鄉從道繼承並發展起來的薩摩藩閥，這一系被徹底打垮，也就意味著薩摩藩閥的政治遺產要損失大半，海軍內部也就徹底分裂了。
陸軍現在的政治影響力下降，實際上就是長州派內部的分裂，山縣一系和伊藤-兒玉一系的對抗，導致了長州藩閥變成了長州系和准長州系兩派，這才讓那些非長州派勢力在陸軍中擴大了。
海軍這些年政治地位上升，主要是有人把西鄉從道依賴的薩摩閥和海軍新生代力量整合到了一起，從而加強了海軍的整體性。山縣動不了海軍新生代的力量，自然就把目光轉向了破綻較多的山本一系。
陸海軍之間的政治鬥爭，在1909年就已經明面了，山縣當然不敢把陸軍的生死交給海軍去評判，不管怎麼說，今次兵亂事件確實是陸軍發動的，海軍抓住這一點窮追猛打，陸軍就得脫一層皮，且現在還沒有人肯為長州派背這口黑鍋。
對於平亂指揮機構主導權的爭奪讓元老會議開始陷入僵局，一時之間皇宮內的眾人也開始擔憂幾個小時後天亮了，叛軍再來求見天皇該怎麼辦了。
不過宮中諸人並不清楚，宮外的叛軍其實也是一片混亂，發動一場兵變只需要一群熱血上頭的年輕軍官和慷慨激昂的口號就夠了，在山縣有朋對軍隊灌輸的愚忠教育下，士兵壓根不敢反抗軍官的命令，不管合理或不合理。所以只要有一群下級軍官作為骨幹，就可以裹挾部隊參與兵變了。
但問題在於，這些下級軍官可以煽動和強迫士兵跟著自己發動兵變，但他們並沒有能力左右上層的意志，也就是說，他們自己是沒辦法善後的，畢竟他們不是在發動革命，而是在實施兵變。
叛軍的這場兵變，模仿的其實是武漢兵變，北一輝不僅寫了日本改造法大綱，還寫了武漢革命史，近衛師團的維新派軍官正是以武漢革命史為參考發動的這場兵變。只不過他們並沒有一個代表社會階層利益的組織作為領導機構，也就意味著維新派的這場兵變實際上並不能和社會中的某一群體發生聯繫，自然就得不到民眾的直接支持，他們的行動是孤立的。
就算維新派官兵提出了改造日本作為這場兵變的口號，但他們試圖由皇族組建內閣，來推動一場動搖皇國存在基礎的社會變革，顯然是行不通的。上原勇作和載仁親王都拒絕了叛軍的要求，不願意代表維新派官兵入宮覲見天皇請求維新大命。
這種局面是發動兵變的下級軍官們事前沒有想到的，他們原本以為上原勇作和載仁親王平日里表現的對體制的不滿是真實的，他們和自己一樣都是憂國憂民之士，但兵變之後他們才發現，這兩位上層的憂國之士實際上還是維護體制的，壓根就沒有維新的念頭。
而維新派的上層也出現了分裂，林銑十郎一開始就背叛了同志，把起義計畫透露給陸軍上層，導致維新派軍官只能各自行動起來，武藤信義雖然在兵變後被推上了領導者的位置，但是他堅決反對武力進攻皇居和處死犬養毅等國賊，認為維新派要的是一場變革而不是混亂。
在聽說上原勇作和載仁親王拒絕了代表維新派官兵向天皇進言後，武藤信義失魂落魄的把自己關在了房間里，拒絕再下達任何命令，顯然這位大佐認為這場兵變已經失敗了，因為沒有人願意出來收拾殘局。
只是其他人並沒有武藤信義這種政治眼光，他們主張要堅定的把兵變實施下去，讓天皇看到他們對於國家的忠誠，從而下達維新詔書，從而挽回敗局。
不過此時維新派已經失去了統一的領導。荒木貞夫和本庄繁主張應當降低要求，在天亮後謀求和政府達成妥協，以不追究兵變者的責任換取部隊的回營。但下級軍官中的激進派則認為，兵變就算失敗了，也要用我等的鮮血喚醒國民，並主張先消滅一部分國賊，其目標指向了東京的的財閥和削減軍費的政客們。
小磯國昭、岡村寧次、土肥原賢二等軍官的立場則處於兩者之間，他們反對妥協派把命運交給政府來處理，也反對激進派把事情弄到不可收拾，主張保持事態不繼續擴大，但要進一步宣傳此次維新的目標，從而儘可能的避免國民對他們的誤解。
簡單的說，這些穩健派軍官試圖在政治上獲得國民的同情，那麼即便兵變失敗，他們也不會受到太嚴重的處分。不過一些維新派官兵已經向安田財閥和三井財閥下手，這兩家財閥因高利貸和苛刻的工作條件而被社會輿論所批判，一開始就是維新派官兵認為需要解決的目標。
在得知上原勇作和載仁親王都拒絕代表維新派官兵覲見天皇后，暴走的官兵決定先為國家剪除一些國賊再說，於是安田財閥的安田善次郎和三井財閥的團琢磨都被視為了需要除掉的國賊。
此時的林信義已經把辦公地點轉移到了新橋，東洋報業作為東京的三大報社之一，是叛軍的控制目標之一。叛軍佔領了東京的三大報社和東京電台後，就把自己的維新目標進行了宣傳。
雖然林信義這邊已經得知了上原勇作和載仁親王拒絕了維新派官兵的要求，但皇宮中遲遲不能傳出平亂的命令，也讓堂本等人焦慮了起來。
堂本就擔憂的向林信義詢問道：「要是叛軍天亮後選擇撤回兵營投降，這事情恐怕就不好收場了吧？」
林信義卻還是相當冷靜的，他對部下們說道：「我們的第一目標至少是實現了，國民對於陸軍叛亂的關注很快會壓倒對於海軍貪污案的關注。所以，我們並沒有什麼損失。
接下來叛軍做出什麼樣的選擇，宮中元老們的決定如何，其實關係的是多贏還是少贏的問題，所以我們沒什麼可擔憂的。」
在林信義的鎮定下，堂本等人也是鬆了口氣，他們是認同這種觀點的，至少他們現在解決了海軍的麻煩，接下來要爭的，其實是能否在國策上徹底的壓制住陸軍。
而天亮後傳來的消息，也沒有超出林信義的判斷，叛軍沒有投降認輸，但也沒有做出什麼有效的行動，他們繼續盤踞在皇宮西南的政治中心區域，除了幹掉了安田善次郎和團琢磨幾人外，對於兵變的目標毫無推動。
不過，當叛軍宣布消滅了安田善次郎和團琢磨等國賊的消息後，宮中元老會議的形勢開始有利於山本了。山本拿著叛軍宣布的消息威脅道：「叛軍已經開始動手殺人了，各位還要擔保叛軍不敢進攻皇宮嗎？如果再不下定決心，海軍將不會對此次平亂的後果承擔責任。」
叛軍昨天其實已經殺死了不少警察，不過在元老們眼中，警察是不可以和自己相提並論的，只有安田善次郎和團琢磨這樣能夠和自己討論國家事務的才是人。叛軍既然敢殺他們，就意味著叛軍已經開始失去控制了，接下來誰也不能確定叛軍會不會繼續保持理智了。
在這種壓力下，山縣也終於退縮，接受了井上和松方提出的建議，由軍人道德委員會來負責平亂。雖然東條英教大將是陸軍出身，不過東條和長州派的關係並不好，但此時的東條英教已經成為了各方能夠接受的平亂指揮人選。