德國駐武漢總領事保爾·羅爾巴赫博士向武漢方面抱怨，認為日本方面在巴厘島事件中的處理有獨斷專行的意思，違背了聯盟一致的原則。
武漢方面知道，德國人的言外之意，就是想要把巴厘島事件上升為亞洲聯盟和英荷之間的矛盾，從而引發雙方之間的對抗。只是這件事本就是武漢和林信義溝通後的決定，林信義當初就認為不能讓德國人參與這件事，否則德國人一定會搞擴大化，最終逼迫英國下場。
英國人或者能夠忍受巴厘島和蘇拉威西的獨立，但絕不會讓德國人發起對爪哇島的進攻，畢竟南洋諸島最適合於農業的就是爪哇島，這也是荷蘭人能夠依靠爪哇島控制東印度群島的物質基礎。
英國人佔領的馬來半島，就發展程度而言是不及爪哇島的，只不過工業革命提升了海上航運的效率，使得馬六甲海峽的商業價值超過了利用西風航線建立起來的巴達維亞城，使得新加坡確立了控制亞歐貿易的交通樞紐地位，才使得馬來半島的開發程度不斷提升。
英國人之所以允許荷蘭東印度群島存在下去，就是不希望爪哇島、蘇門答臘島和婆羅洲三座島嶼出現和英國敵對的大國勢力。一旦德國人表現出對荷屬東印度群島的慾望，英國人顯然是必須要做出反應的，而不會再忍耐下去。
現在英國對日本海軍的容忍，是建立在維持亞洲聯盟中立地位的需要，避免在遠東陷入一場長期的殖民地戰爭，而不得不做出妥協。英國人擔心的不是在遠東和德國開戰，而是英國和中日開戰的時候，德國卻作壁上觀，這將會讓英國在歐洲的布局出現極大的問題。
因此林信義對於巴厘島事件的後果做出的推測就是，英國只會保證爪哇島、蘇門答臘島和婆羅洲的安全，不會為了巴厘島和蘇拉威西島和日本海軍衝突，把日本變成英國的敵人，更何況在亞洲聯盟的條款下，英國還需要考慮中國和德國對日本的支持，因此這一事件最終會以談判而解決爭端問題。
對於新建立的亞洲聯盟來說，重點不是要戰勝英國人和荷蘭人，而是給亞洲各民族看到一個希望，聯合起來的亞洲人民能夠迫使殖民者做出讓步，從而確立亞洲各民族對於聯盟的信心。
武漢勞工黨是認同林信義的看法的，雖然此時中國內部問題尚沒有進入全面解決的階段，武漢方面就山東、西北和東北三地和北洋展開了激烈的鬥爭。
東北問題在於開發，在北洋的主導下，中國政府打算向美國花旗、英國滙豐、德國德華、法國東方匯理銀行組成的四國銀行團借款1600萬英鎊，用於開發滿洲及蒙古資源。武漢並不反對借款，但反對條件苛刻的借款，和要求對借款使用進行監管，確保錢用在建設項目而不是用於北洋的擴軍上。
於此同時，赤塔共和國境內發現了鼠疫，和沙俄政府不同，赤塔共和國在第一時間向中東鐵路沿線城市進行了警告，並和中國方面建立起了共同防疫的聯合小組，不過這也使得北洋趁機想要截斷通往赤塔、哈爾濱的鐵路運輸，引起了武漢的強烈抗議。
西北地區倒是差不多已經塵埃落地，在洛陽-西安鐵路通車後，西北地區已經很難再脫離武漢的控制，更何況武漢還在主導成都到西安，太原到西安，大同到包頭的鐵路建設，這幾條鐵路每前進一步，都代表著武漢工業力量對西北控制的加強，而北洋只能對著西北地方勢力封官許願來對抗這種工業力量，就連袁世凱都覺得，西北的局勢是拖一天算一天，想要扭轉過來是不大可能了，因為北洋就沒有能夠支持西北勢力的能力。
而山東問題，則是北洋和武漢爭奪最激烈的問題，隨著德國歸還膠澳租借地及膠濟鐵路，北洋理所當然的想要接收德國人在山東的所有財產，不過這自然引發了武漢的反對，因為購買德國在山東財產的資金大部分是武漢籌集的，武漢當然不會允許北洋去佔有這些財產。
更何況北洋雖然藉助國家的名義要求接受鐵路線及青島各項產業，可是北洋治下實際上早就成為了大小官僚的自留地，名義上大清王朝的統治是結束了，只不過這種統治是取消了漢人官僚頭上的滿大人，而不是推倒了滿清的官僚體制重建。
北洋治下的民眾依舊活在王朝時代，除了一些港口城市和鐵路沿線城市外，幾乎感受不到大清王朝結束帶來的改變。
比如1910年春天，山東萊陽遭遇寒霜，麥收無望，糧價飛漲，鄉間斷糧絕炊的農戶「十居其九」。當地的貪官污吏和土豪劣紳，借推行所謂「新政」之名，增設種種苛捐雜稅，向人民肆意攤派，百般勒索，致使人民的負擔「驟增至數十倍」。
這種滿清治下的常態在北洋治下沒有任何改變，山東受災民眾成立「聯庄會」，要求官府發還過去繳納的防備災荒的「積穀」，還遭到了官員和鄉紳的拒絕，一度引發了民眾暴動。最後還是武漢反對北洋的出兵鎮壓，並調撥糧食救災，才平息了山東的民亂。
而1910年受災最嚴重的其實是長江中下游，夏天時兩湖地區遭到了大水，夏末則安徽等地連續大雨，江淮之間幾乎都變成了湖泊了。也就是在這個時候，武漢初步建成的工業基礎發揮了巨大的救災能力，不僅對江淮地區的災民進行了救助，還有餘力應對山東災民和支援赤塔地區的鼠疫。
相比之下，北洋政府幾乎無所作為，反倒是派出了一個慰問團前往日本，對日本水災的災民進行了慰問。因為北洋政府對山東災民和北滿地區的鼠疫防範的不聞不問，反而去慰問日本災民的行為，極大的遭到了社會輿論的批評。
北洋上下反而覺得這些報紙記者簡直是不知所謂，畢竟在大清時期，救助災民的體系早就崩潰了，丁戊奇荒，北方五省受災，死亡人數超過一千萬，但當時誰會批評朝廷救災不利？而現在這些報紙倒是敢批評官府救災不利了。
北洋團體認為這是武漢在背後操縱輿論攻擊自己，因此雙方之間的關係更加惡化。只是，不管雙方關係再怎麼惡化，這一次武漢在應對災荒所顯示的調動資源和人力的能力，讓袁世凱等北洋高層不得不保持了冷靜，就算是對武漢最為反感的王士珍，也認為武漢在救災中表現出的實力已經不是北洋能夠抵抗的力量了，此時和武漢爆發衝突，不過是自取其辱。
而武漢雖然把精力放在北方及江淮地區的救災和恢複生產上，但也沒有對西南地區棄之不顧。1910年滇越鐵路通車，雲南這個內陸省份有了一條便捷的出省通道，但是這條通道卻掌握在法國人手中。因此武漢方面開始抓緊勘探成都到昆明的鐵路線路，並對東南亞的局勢報以關注。
雖然此時的中國並沒有餘力在東南亞發揮什麼力量，但是武漢勞工黨也還是認同了林信義的主張，亞洲民族獨立運動將會迫使列強進一步分散在中國的力量，最終降低列強對中國革命的干涉可能。而今天的中國雖然無力對東南亞革命做出有效的支持，但是等中國革命勝利之後，就必然會要求解放東南亞被殖民的民族，從而打破列強對中國革命的封鎖。
和孫文等民族革命主義者不同，武漢勞工黨所認同的革命已經不僅僅局限於民族獨立，更重要的是對封建小農社會的全面改造，以建立一個工業社會。而工業社會的基礎是勞動交換而不是自給自足，這樣一來，民族主義者試圖革命勝利之後關門搞建設，顯然是行不通的。
過去這些年來，依託於德國的資本和技術，武漢工業取得的成果超過了滿清近三十年的洋務運動，特別是鋼鐵產業上的發展，武漢終於不再只是擁有一個漢陽鐵廠，而是一整個鋼鐵產業，從礦石冶煉到鋼鐵製成品，武漢都可以在本地完成了。
這種產業集群帶來的影響就是，五六月間的大水雖然給武漢帶來了重大損失，但是僅僅在43天之後，這座城市已經完全恢複了生產和生活，這在農業時代是無法想像的，假如是過去的武漢遇到了這樣五十年一遇的水災，那麼沒有兩三年是恢複不過來的。
工業基礎帶來的巨大物質供應能力，使得武漢勞工党進一步認可了工業化而非重農經濟，而伴隨著工業化帶來的全球無產階級的聯合思想，也進一步清理了黨內的一國完成革命的主張。因此德國人對日本海軍的不滿並沒有獲得武漢的認同，武漢表明了支持日本海軍不擴大事端的立場，從而壓制住了德國人。
而德國人也意識到，雖然太平洋聯邦只是德國在亞洲的影子政府，但只要德國無法利用自己的聲音發聲，那麼太平洋聯邦就沒法迫使日本和中國服從自己的意願，畢竟太平洋聯邦自身的力量太弱，失去了日本和中國的保證，壓根就不能獨立和周邊各國對抗，而德國如果強行對太平洋聯邦進行保護，又等於打破了太平洋聯邦的中立地位，令太平洋聯邦失去了外交空間。
第一次遇到這種外交問題的德國人，首先內部就爆發了爭論，畢竟德國不是英國，英國本土和英國海外自治領有著豐富的外交鬥爭經驗，而這些經驗正是來自於美國的獨立。德國人還沒有學會如何管理自治領，也不知如何讓海外自治領利用自己的獨立地位展開外交，所以在巴厘島事件上還是為日本人掌握了主導權。
牧野伸顯雖然對海軍動搖外交主導權感到不滿，海軍在巴厘島製造的事端，顯然是突破了海軍的權力，但是因為有著亞洲聯盟協議的背書，海軍逃脫了日本憲法的約束，使自己的行動變得合法了。不過對於外務省來說，海軍的行為依然是一種違憲行為。
只是，海軍也給外務省留下了足夠的發揮空間，這起事件不單單是日本和荷蘭的交涉，同時也代表著新成立的亞洲聯盟對各國的表態，日本外務省藉助巴厘島事件，獲得了通過亞洲聯盟干涉亞洲事務的權力，這就使得牧野不得不為海軍處理善後問題。
對於巴厘島事件最感受傷的還是日本陸軍，特別是陸軍中的長州派，因為長州派打壓的陸軍中將東條英教在這一事件中被歐美報紙吹捧為了人道主義的捍衛者，在荷蘭人的武裝部隊面前，東條英教冒著生命危險和荷蘭軍隊展開了戰場交涉，保護了登巴薩王城，從而等到了日本海軍的求援。
歐美報紙的吹捧，很快就被日本國內報紙所引用，並給東條英教加上了一個頭銜，日本軍人的道德典範，並質疑陸軍大臣不推薦東條英教出任軍人道德委員會候選的緣由，海軍大臣河原適時的補了陸軍一刀，表示東條中將作為海軍陸戰隊司令官，海軍也是有權力推薦其成為候選的。
這些報道不僅揭開了東條中將在陸軍中被打壓的經歷，還讓國民對軍人道德委員會這個內閣下的輔助機構產生了興趣，從而讓長州派陷入了為難的境地。長州派此前雖然接受了軍人道德委員會的設立，但本質上並不願意承認其有干涉軍中事務的權力，因此一直主張臨時化機構和降低任職人員的條件，試圖將之變成一個可有可無的官僚機構。
但是現在對東條英教的輿論推崇，使得軍人道德委員會的社會影響力開始上升，陸軍想要壓制這個新機構影響力的圖謀，差不多就破產了。
山縣有朋召集了陸軍高層商議對策，在會議上拿出了吹捧東條的報紙甩在眾人面前氣憤的說道：「東條什麼時候能夠代表陸軍的形象了？田村，你是陸軍大臣，陸軍省官佐接受報紙採訪時，為什麼不進行否認？」
田村對於山縣的憤怒其實也是有預感的，他保持鎮靜的說道：「記者當時詢問的是，陸軍認為載仁親王和東條中將兩人，誰更具有陸軍需要的軍人道德，陸軍省只能選東條中將，至於報紙上宣稱東條是陸軍認為的軍人典範，顯然是誇張之言，並非陸軍省的看法。」
長谷川好道聽完就插話問道：「既然如此，陸軍省為何不追究記者胡亂報道的責任？」
桂太郎聽到這裡都忍不住為田村辯解道，「那樣恐怕不妥，本來報紙上就在說，東條中將是被我們長州派趕出陸軍的，如果我們因為這點誇張之言去控告記者的話，只會引來更多不實謠言，這對陸軍的名聲不好。」
田村雖然沒有出聲，但心裡卻不以為然，認為桂太郎口中的陸軍應當改成長州派才對，因為東條的名聲在國民中獲得了廣泛的傳播，過去長州派對東條下的評語自然就被視為了不實之言，長谷川好道對東條所謂「不通兵法的書生」一語，反而變成了長谷川大將心胸狹隘的表現，也難怪長谷川如此不滿了。
桂太郎和寺內正毅雖然反對東條，但他們比長谷川大將的腦子稍稍靈活一些，知道陸軍不可能和報紙全面對抗，這隻會讓輿論界進一步倒向海軍，從而讓陸軍，特別是長州派的名譽掃地。
山縣有朋顯然也是了解這一點的，所以在表達了對東條英教的不滿後，立刻就收縮了討論範圍，表明了今天會議的重點，「你們對巴厘島事件是怎麼看的？海軍的行動有沒有逾越之處？」
田村立刻回應道：「海軍的行動肯定是違憲了，按照憲法的規定，海軍的行動必須要獲得天皇的准許，但是這一次海軍的行動卻援引了聯盟的救助條款，藉助緊急救援的處分權，採取了自主行動，並差點就和英國軍艦爆發了衝突。這種行動非常的危險，有將日本拖入戰爭中的風險，我認為應當就此事在天皇面前對海軍的行為提出質疑。」
不過此時寺內正毅卻提出了一個疑問，「如果海軍提出駐朝鮮軍採取的自主平亂權，那麼我們該怎麼反駁？那樣是不是就表示，今後軍隊的行動都需要得到內閣的監管，光憑天皇的命令也是不夠的？」
寺內的疑問，讓陸軍高層都陷入了沉默，海軍今次的行動跳過了天皇統帥權，但實際上由內閣通過的國際協作協議作為保證，雙方的質疑很可能會加強內閣和天皇對軍隊的監管權，也就是說軍部的權力會縮小，這顯然是陸海軍雙輸的局面。