1910年11月1日，林信義在巴塘登上日本商船前往上海，然後預備從上海返回國內。他之所以要乘坐商船離開巴厘島，是因為同荷蘭人的談判並沒有結束，但是國內已經不希望他停留在南洋，生怕他繼續搞出什麼大動靜，因此電令其回國彙報巴厘島事件的詳細經過。
堀悌吉和高野五十六前來為其送行，堀悌吉還有些擔心林信義這一次回國會受到上層的質疑，畢竟這一次林信義可是承擔了所有的責任，雖然一些海軍上層默許了此事，但他們不會承認自己事先知道這件事，於是此事就變成了林信義這個海軍參謀的專斷之舉。
不過一旁的高野五十六倒是和林信義談笑風生，還要求林信義回國後把在巴厘島拍下的照片寄給自己幾張以做留念。而林信義自己看起來也沒什麼擔憂的，他臨上船之前還對兩人說道：「巴厘島可真是一個風景優美的地方，你們待在這裡的時候可以找一找地方，看看什麼地方合適修建一個海軍療養院，日後可以讓海軍軍官過來度假…」
在林信義登船後，堀悌吉終於忍不住對著高野五十六說道：「這一次和英國軍艦對峙，高層應當不會承擔責任吧。你就不擔心林君回國後會被問責嗎？」
高野五十六依然是一副滿不在乎的神情，他對這位同窗回道：「你學問確實是同期最好的，但是同期中最出色的為什麼是林君而不是你，你知道原因嗎？」
堀悌吉其實不太想討論這個問題，不過在巴厘島事件之後，他不得不澄清一下自己的立場，因此還是簡單的回答道：「總有人說我對林君一直是不服氣的，但這都是謠言，林君作為海兵32期最出色的畢業生，我對此從來沒有否定過。」
高野五十六停下腳步看著堀悌吉笑著說道：「你可真是嚴肅，這就是林君比你出色的原因所在。林君自己都不在意高層的反應，我們替他焦慮什麼。從他入學那天開始，他就一直都在反對別人制定的規則，並建立自己的規則，直到今天為止，你看他失敗了幾次？
我們在規則之內，但他卻在規則之外，所謂的高層的憤怒對他有多大的影響力，我深表懷疑。說起來，這種不受規則約束的自由，可真是讓人羨慕，可惜我們都辦不到。」
對於高野的感慨，堀悌吉也是陷入了沉默，被高野這樣一說，他也頓時醒悟了過來，林信義在和英國軍艦對峙期間確實過於淡定了，所以在英國人沒有反應過來之前做出了決斷，利用英國人對破壞英日同盟的猶豫，斷然發起了對荷蘭人的攻擊，而日荷衝突爆發後，英國人就更加沒法決斷了。
換了任何一名海軍軍官，都不可能冒著和英國軍艦爆發衝突的情況下對荷蘭軍艦下達攻擊的指令，而遲疑的後果就可能導致英國人以談判的名義阻止日本和荷蘭軍艦的交戰，那麼荷蘭人佔領巴厘島就會變成事實，最多也就是保護島上的日本人和外國人不受侵犯而已。
巴厘島事件，實際上說明了英國軍艦的指揮官比林信義更遵守規則，才被規則給約束住了。林信義既然不願意遵守規則，自然對高層的指責不會放在心上，如果海軍的規矩能夠把林信義束縛住，那麼林信義就不可能出現在巴厘島。
在堀悌吉陷入沉思時，高野看著遠處的大海已經把心思轉到其他方向了，「巴厘島確實是個好地方，歐洲人在亞洲的統治，開始崩壞了啊。林君打開的局面，我們絕不能再讓出去。」
聽到高野充滿野心的話語，堀悌吉雖然在研討會中持和歐美共存的溫和派立場，但在這一刻也沒有反駁高野的言論。他確實反對和歐美爆發正面衝突，因為他認為日本並無勝算，但是如果日本在這種衝突中獲得了勝利，那麼自然又另當別論。
在林信義發動巴厘島計畫之前，海軍研討會中大部分人是持反對意見的，因為大家都認為荷蘭人身後站著英國人，而日本不要說對付大英帝國的全部力量，就是對付大英帝國在印度洋的海上力量都未必能自保，因此此時去撩撥英國人在南洋的利益，顯然是一種極大的冒險，更何況美國的大白艦隊就在太平洋，要是英美因此聯合起來對付日本，那就更加得不償失。
高野是少數幾個支持林信義的，高野和其他人一樣看不到巴厘島計畫成功的可能性，但是他認為美國大白艦隊的全球航行路線說明了美國和英國之間沒有達成互信，否則美國艦隊的第一站應當是訪問大西洋對面的英國本土。既然美英沒有建立互信關係，那麼日本在這個時候挑起同荷蘭的衝突，即便失敗也不會有多麼嚴重的後果，畢竟英國還需要日本在太平洋方向圍堵美國海軍的勢力擴張。
只是高野也沒想到，林信義居然能夠拉出一個亞洲聯盟作為日本的後援，這就使得日英衝突的幾率大大的下降，而美國人也終於忍不住對東印度群島產生了野心，和日本海軍在巴厘島事件上達成了默契，這個曾經被研討會認為不可能成功的計畫，卻被林信義完成了。
巴厘島事件帶來的最大影響就是，英國在南洋地區所建立的地區秩序，實際上已經破產。此前英國人保證了荷屬東印度群島的存在，並迫使各國不得以武力奪取荷蘭對東印度群島的統治權。但是現在么，各國藉助人權問題對東印度群島上的原住民進行了關懷，雖然各國沒有否定荷蘭對東印度群島的統治權，但卻承認了原住民有反對荷蘭暴政的自衛權力。
現在英國人的立場就比較尷尬，如果他們認可荷蘭人對群島土著有武力征服的權力，那麼就代表各國也有武力奪取殖民地的權力，而反抗暴政這也是英法對德的一個道德高地，法國人認為德國人強佔了阿爾薩斯和洛林，而英國人則認為德國支持義大利和奧匈帝國在北非、東歐的擴張是不符合道義的。
相比起維護歐洲秩序的重要性，遠東地區的勢力範圍劃分顯然是次等的，英國人如果還是處於強大的維多利亞時代，自然想怎麼制定規則就怎麼制定規則，畢竟沒人能夠挑戰皇家海軍的威嚴。
但是現在是無畏艦競爭的時代，各國都在新的強大軍艦技術上進行競賽，英國過去一百年中所積累的海上力量，隨著無畏艦的出現正迅速被淘汰掉。雖然英國人還保持著無畏艦製造技術及數量的領先優勢，但英國皇家海軍和各國海軍之間的差距正迅速縮小，特別是德國的公海艦隊已經真正具有了威脅英國海上優勢的力量。
在這樣的局面下，英國人已經不能依賴武力壓制全球的競爭者，他們只能把自己的主要力量用來對付距離自己最接近的對手，而試圖和次要的對手建立和平關係。
巴厘島事件的意義就在於，打破了英國皇家海軍在南洋地區的威懾力，讓各國意識到這個地方已經不是皇家海軍說了算的地區，相關國家都有權力提出自己的利益要求，從而在大家的同意下重建地區秩序，否則該地區就不會有和平可言。
英國人顯然也是讀懂了林信義釋放出的信號，所以在無法威懾日本海軍放棄對於巴厘島的保護後，也不得不同意讓荷蘭人同巴厘島土著王國在聯盟和自己的見證下進行和平談判。這一行動其實就是表示，英國人在南洋秩序上做出了妥協，承認各國在南洋的利益應當得到承認。
這樣一來，原本在大英帝國保衛下壟斷了東印度群島利益的荷蘭人，現在就變成了各國眼中的新獵物，荷蘭人可以繼續統治東印度群島，但是東印度群島的利益不能由荷蘭人決定。如此日本海軍在南洋的局面就被打開了，海軍對於南洋的野心自然也就從紙面變成了現實。
堀悌吉澄清自己沒有和林信義競爭的意識，也是因為這一事件極大的提升了林信義在艦隊官兵中的威望，過去艦隊軍官們只是覺得林信義是個有才能的參謀，但終究沒有上過艦，因此並不能將之視為真正的海軍領袖，但是此次事件令林信義的決斷力在艦隊中傳播了開來，於是林信義也從參謀的形象轉向了艦隊指揮者。
東鄉平八郎之所以能夠得到艦隊上下的認可，就是因為東鄉指揮了對俄作戰，在東鄉之前還沒有一位日本海軍將領認為日本海軍可以擊敗一支白人海軍。而林信義今次則是打破了海軍對於英國皇家海軍的恐懼心理，對於這位老師，海軍上下都是誠惶誠恐，壓根不認為自己能夠挑戰對方。
如果林信義只是坐在辦公室里擬定計畫，估計大家還沒多大感覺，但是林信義站在了第一線並親自承擔起了下達命令的責任，這就使得他的聲譽迅速的在艦隊中上升了。堀悌吉要做出澄清，也是知道林信義因為巴厘島事件在海軍中的威望將不斷上升，他並不願意成為對方的陪襯和小丑，才會這麼做。
高野的猜測其實大差不差，返回東京後的林信義只是被單獨關押了幾天，責令其就巴厘島事件的原委寫一份詳細的報告，然後就被放了個年假，讓他回去休息了。
雖然海軍方面似乎對林信義的膽大妄為做出了處置，不過這種處置並沒有傷及林信義在海軍中的影響力，革新社在巴厘島事件之後進一步加強了在海軍中的影響力，並因此獲得了對於亞洲聯合海軍建立的更多的建議權。
河原在元老重臣會議上為林信義的行動做出了辯護，反對山縣和陸軍對於林信義行為的指責，認為這就是一起突發事件，林信義做出的決定雖然有些草率，但都還是符合規範的，海軍沒有理由對其進行追究責任，河原還進一步嘲諷道：「如果林信義中佐的行為是大逆不道，那麼陸軍衝進朝鮮王宮侵犯並處死朝鮮王后的舉動算什麼？相比之下，海軍至少維護了日本的榮譽。」
海軍拿明成王后事件當擋箭牌，確實讓山縣和陸軍受到了挫敗，而包括伊藤在內的其他元老，也不願意追究海軍的責任，畢竟海軍主導的亞洲聯盟的建立，極大了擴張了日本在亞洲事務上的發言權，這個時候追究海軍的責任，顯然是不合適的。
當初日本政府包庇陸軍在朝鮮半島上發動的政變，而且還失敗了，就是因為征服朝鮮半島是日本的國家意志，自然不會去懲罰作為直接行動者的陸軍。現在的局面也和當初類似，海軍的南下政策實際上已經獲得了政界和財界的支持，不要說海軍在這次事件中獲得了成功，就算是失敗了也不應當受到懲罰，否則政界在陸海軍之間就沒法平衡了。
而且新登基的英王喬治五世顯然無意在遠東搞出什麼爭端，因此英國在巴厘島事件之後所表現出的妥協立場，也讓日本政界更加傾向于海軍的南下路線，因此對於海軍在巴厘島事件中的追責最後不了了之。但是海軍雖然沒有背負責任，山本領導的內閣卻遭到了山縣猛烈的批評，認為山本領導的內閣縱容了海軍的妄為，要求其負其責任來。
山縣對於山本內閣的反難倒是獲得了伊藤等元老的支持，無他，海軍這幾年在政治上勢力發展太快，已經引發了陸海軍勢力的失衡，政界大佬們雖然支持山本內閣的政治路線，但也不能忍受海軍繼續擴大在政治上的影響力，否則日本就真的變成海軍的一言堂了。
山本權兵衛面對這個局面也是始料未及，他沒有想到這件事居然還能讓自己承擔起責任，他雖然不想承擔這個責任，因為實在是有些荒唐，連英國人都已經開始妥協了，沒人追究的情況下，他負啥責任？
但是山縣、伊藤等元老認為他對海軍管理不嚴，才會導致海軍出現越矩的行為，因此他還是應當承擔起責任，以嚴肅海軍的軍紀。松方正義比山本權兵衛清醒，在私下裡他勸說山本首相，「並不是真的要你承擔什麼責任，而是亞洲聯盟的建立和千葉縣土地改革、工業中心的建立，都在海軍手上完成了，要是你現在不下台，等到成績出來之後，海軍在政治上的影響力就沒法控制了。所以，你現在下台，可以讓政界的力量恢複平衡，這是應有之意…」
山本權兵衛是很難理解這個政治平衡的應有之意的，但是他現在確實沒法對抗的了陸軍和伊藤系的壓力，特別是因為擔心千葉縣土地改革會擴散到其他地區，國會形成了一個反山本內閣聯合的團體，正借著巴厘島事件將會引發日英同盟破裂為借口，要求山本內閣總辭。
新薩摩一系的政治和財閥勢力並不想在這個時候和其他派系開戰，因此也勸說山本權兵衛體面下台，然後等待時機再捲土重來。
立憲政友會的原敬看到了機會，第一任西園寺內閣的失利使得原敬認為必須要實現徹底的政黨內閣，否則就沒法改變藩閥政治，因此在西園寺內閣下台後，他就開始致力於統一政友會內部各派系，為政黨內閣的建立做好準備工作。
不過原敬還是明白日本政治的實質的，如果沒有軍部的認同和財界的支持，那麼光憑民主的口號是沒法讓政黨政治變為現實的，所以他一直對古河財閥加以影響，並交好三井、三菱財閥。
當意識到山本內閣的政治基礎已經動搖後，原敬立刻聯合三井、三菱這些大財閥，表示要考慮在日本的工業計畫中加大財閥的作用，從而贏得了這些大財閥對政友會組閣的支持，接著他又推動西園寺公望和桂太郎結盟，以贏得陸軍的支持。
桂太郎和長州派都清楚，山本權兵衛即便宣布辭職，陸軍也不可能出面組閣，因為之前的朝鮮問題上，陸軍已經丟了臉，海軍都因為巴厘島事件失去了內閣，這個時候怎麼可能讓陸軍上台組閣，所以西園寺公望代表政黨組閣，是一個能夠獲得各方接受的現實。
同時，原敬也和山本權兵衛進行了私下交易，表示西園寺公望內閣一旦維持不下去，那麼政友會會支持山本權兵衛捲土重來，海軍的亞洲聯盟及在千葉縣的利益，政友會不會去觸動。在這樣的政治交換下，山本權兵衛終於在1911年一月宣布辭職，西園寺公望於一月底宣布組閣。