近衛第一師團師團長閑院宮載仁親王被陸軍大臣田村約談後是滿臉鐵青的走出大臣辦公室的，不過長期的軍中生活使其壓制住了怒火，沒有在大臣辦公室和田村翻臉。
載仁親王並不是來軍中作秀的，雖然作為皇族他得到了許多照顧，但是他確實在一線部隊和官兵共同戰鬥過，特別是在秋山好古手下完成了太子河右岸深遠迂迴的騎兵第2旅團的側擊行動，因此獲得了戰功，並得到了陸軍內部的認同。
對於陸軍中長州派獨大的行為，載仁親王雖然不滿但還是保持了中立立場，這是皇室對於長州、薩摩兩閥的基本立場，不去觸動兩派在軍中的權力，以避免被兩閥所嫉恨。
載仁親王其實也清楚，長州派是不會允許他進入中央衙門擔任主官的，以避免皇室直接管制陸軍，所以長州派一直把他放在一線部隊中，就是為了避免他對陸軍產生太大的影響力。
不過這一次長州派也做的太明目張胆了，載仁親王認為田村不過是長州派的傀儡，沒有山縣的首肯，田村這個陸軍大臣是不敢向自己提出，讓自己來承擔這起佐倉聯隊案子的責任的。
載仁親王並不覺得自己對於這起案子的處置是錯誤的，因為陸軍的潛規則就是禁止一切下級對上級的冒犯，這是在竹橋兵變後陸軍為防範類似事件發生而建立起的軍紀原則。
不管那位軍曹受了多麼大的委屈，他敢於向一名少尉動武，就是大錯。如果軍曹的行動可以原諒，那麼《軍人訓誡》、《軍人敕諭》還有什麼意義？是不是陸海軍不滿天皇的話，也能對天皇動武了？
帶著這樣的憤怒，載仁親王前往了皇宮向明治天皇進行了申訴。不過此前山縣已經聯合伊東向天皇進言，認為皇室擔任一線部隊的主官恐怕不太適合，因為干好了大家認為是理所當然，干差了則會損害皇室的聲譽，因此陸海軍請求將皇室將領調動到天皇的侍從隊伍中，成為天皇在軍事上的參謀，而不負責具體軍務。
陸海軍的姿態其實已經表明，軍部並不認同皇室對於軍隊加強控制的方針，陸海軍中都有皇族將領，這也是竹橋兵變之後，軍部為了加強軍人的服從性而接收的，畢竟為了證明這是天皇的軍隊，有幾位皇族將領更加能夠加強軍人的服從意識。
但這也是一種應急之舉，畢竟在日清戰爭之前，軍部的功績只有鎮壓西南士族叛亂，而這些被鎮壓的士族實際上才是維新政府建立的功臣。所以西南戰爭之後，軍中思想是極為混亂的，這才導致了僅僅因為賞賜不公平就爆發了近衛師團的叛亂事件。
不能用倒幕聯軍時所用的攘夷口號統一人心，那麼就只能抬出天皇來作為軍人的信仰了。不過在日清和日俄兩場大戰的勝利後，皇族將領的作用已經沒那麼大了，相反軍中對於天皇的崇拜已經開始影響到長州、薩摩兩派的控制力。
只不過山縣等長州派沒有借口清理軍中的皇族將領，而海軍這邊的皇族將領還沒有上升到威脅程度，因此還存有藉助皇室壓制長州派的想法，才使得皇族將領在軍中的影響力不斷上升。
不過現在么，海軍已經不需要藉助天皇的名義牽制陸軍，而長州派也擔心軍中反長州派的勢力團結在皇族周邊奪取陸軍的權力，因此雙方也就在林信義的策划下，達成了一致的看法，消除皇族將領在軍中的影響力，以確保陸海軍的獨立性。
載仁親王的傾訴雖然也讓明治天皇感到惱火，但他也只能勸說對方接受陸軍的安排，因為當前的日本需要穩定，皇室必須要先做出表率，假如皇室不肯做出這樣的犧牲，那麼穩定局面一旦打破，皇室損失的就不僅僅是軍中的影響力了。
明治天皇之所以選擇忍耐，就是因為陸海軍達成了一致，即便是他也不可能去正面挑戰軍部，因為公開決裂將會讓皇室和軍部兩敗俱傷，他或者可以暫時壓制住軍部，但他之後的天皇肯定壓不住軍部的反撲，到時皇族在軍政上的影響力必然會引來全面的清算。
明治天皇很清楚，自己的兒子嘉仁太子實際上並無執政能力，他如果去世，那麼政權必然會掌握在元老們的手裡，這也是他願意逐步放開黨禁的原因。當初被長州、薩摩兩閥排擠出去的政治勢力，現在已經和民黨結合在了一起，成為了在野勢力。
想要維持天皇的地位，那麼就必須把這股力量重新放回政治中心來，利用他們對於元老政治的憤怒，平衡日本的政局。天皇可以統而不治，但是不能成為某一派系的傀儡。
明治天皇最為擔心的就是山縣有朋，雖然伊藤博文是對天皇權力限制最積極的元老，但是伊藤並沒有扶植私人團體，伊藤肯脫離長州派另組政黨，這一行為就獲得了明治最大的信任，因為政黨至少是為了某個政治理念存在，而不是搞個人崇拜，不會搞出什麼政變陰謀。
但是山縣有朋就很不讓人放心了，這位把天皇掛在嘴邊的陸軍元老，一邊自封為陸軍之父，又極力在軍中、政界搞長州派的小團體，阻擾伊藤脫離長州派，這種行為其實非常的令人不安，一旦讓山縣有朋控制了嘉仁，長州派豈不是成了新幕府？
此前明治大力扶持海軍，甚至不惜默許為西鄉隆盛平反，就是希望在軍部中出現一個能夠和山縣抗衡的聲音。應該來說，西鄉和山本其實做的都是不錯的，海軍對於長州派的警惕，使得明治掌握住了軍部的基本盤。
不過日俄戰爭結束後，海軍的行動完全脫離了明治的預料，這也使得明治開始失去了對於軍部的掌握，而陸海軍之間的爭鬥也開始逐漸擺脫了過去的元老會議的限制。這一次陸海軍突然達成一致，更是對明治造成了極大的衝擊。
在勸說了載仁親王接受陸軍的意志後，明治還是召來了伊藤公爵，向他詢問起了軍部當前的動向到底代表著什麼。
伊藤博文對於明治的詢問其實也很難解釋，因為他知道明治十年以來的體制其實已經趨向於瓦解，財閥和民黨的勢力崛起，加上國民的受教育程度的提升，使得元老政治和藩閥政治已經難以為繼。
確切的說，新一代年青人不滿於當前的老人政治，試圖重新構建日本的政治環境，其中最有代表性的就是林信義，林信義不是個別人，而是這些年青人中的佼佼者。
思考再三後，伊藤博文向明治解釋道：「日清、日俄兩場大戰，深刻的改變了東亞的格局，同時也改變了日本人的認知。過去我們這代人所追求的開國攘夷目標，現在基本已經實現，當下日本需要重新樹立一個目標，以確定日本接下來該往何處去。
在臣看來，當前日本主流的觀點其實只有兩個。一個是效仿西方，脫亞入歐，成為列強的一員，讓日本參與到帝國主義對於世界的爭奪戰爭中去；另一個是興亞主義，主張復興亞洲對抗歐美列強，通過協助亞洲各民族的獨立，而恢複歷史上東西方對峙的局面，日本在這一過程中形成為亞洲的領頭者。
這兩個觀點的最大支持者分別是陸軍和海軍，這就是日俄戰爭爆發後，陸海軍發生對立的原因。不過歐洲英法對德國的對抗，使得脫亞入歐論者難以選擇站隊，日英同盟雖然讓日本獲得了對俄戰爭的勝利基石，但是日本並沒有在這場戰爭中獲得實際的利益。
如果日本繼續按照日英同盟去對抗德國，那麼就可能引發日本和中國的全面對立，畢竟中國和德國的合作僅次於同盟關係。我們試圖佔領德國在亞洲的利益，必然會和中國發生衝突，這對於日本和中國來說都是災難。
而興亞主義所支持的日中合作，不僅可以迫使德國讓出亞洲的利益，也給了日本南下的空間，這就是黃海軍演的用意所在。
在對於日本的新目標的樹立上，海軍已經佔據了先機。陸軍現在除了調整方向之外，已經別無出路。陸海軍請求皇族退出一線部隊，臣以為是為了避免皇族和接下來的國際局勢變化沾染上太多關係，從而被迫負起責任來。」
明治覺得伊藤博文的解釋並不全面，但他也不得不承認，開國攘夷的目標已經無法統一當前國內的人心，不能給出一個新的目標，那麼政治上的亂斗確實會越來越嚴重。他之前同意山縣的請求，讓陸海軍共同協商軍部的新戰略，實際上也是為了樹立一個新目標，以穩定軍隊。
只是陸海軍在新戰略上分歧顯然差的太遠，最終形成了陸軍擴軍和海軍縮軍的爭論，而陸軍最終在爭論中失敗。明治以為，陸軍或者是從這個時候起對自己產生了不滿，因為他沒有支持陸軍的擴軍主張。
不過明治並不認為自己的行為有什麼過失，畢竟按照之前的潛規則，他也只是將陸海軍的爭論結果變為法令實施，而不是直接向陸海軍表明自己的立場，這就是軍部支持憲法的默認原則，名義上統帥軍隊的天皇，實際上並不能行使統帥權。
山縣敢於要求皇族將領退出一線部隊，實際上也是按照這條潛規則，這一潛規則雖然限制了天皇的權力，但也避免了讓皇族承擔起戰爭責任。
明治只能向伊藤請教道：「那麼皇室應該怎麼回應陸海軍的請求？」
伊藤思考再三後說道：「陛下應當考慮，讓陸海軍的年青將校和嘉仁皇太子接觸，建立起皇太子和軍中年青一代的聯繫。這樣，皇族雖然退出了軍隊的一線，但依然可以獲得軍中年青幹部的效忠。」
明治猶豫了一下問道：「嘉仁能夠獲得年青將校的效忠嗎？朕以為，或者老成將領更適合輔佐嘉仁，比如乃木。」
伊藤知道明治擔心嘉仁和年青將校接觸後，會讓這些年青軍人失去對於皇室的崇敬，畢竟太子並非常人，難以樹立起君主的威嚴。乃木雖然為人古板，但是對於天皇的愚忠卻是其他人所不及的，此次戰爭中即便死了一個兒子，但也依然保持了對於皇室的忠誠，沒有表現出對於戰爭的不滿。
因此明治任命乃木取代了下田歌子，成為了學習院院長，承擔起了對於皇孫的教育。明治認為，乃木對於太子的忠誠是不用懷疑的。
伊藤直言不諱的向明治說道：「乃木大將雖然是軍人之典範，但是他無力左右陸海軍之未來。嘉仁太子未來想要穩定住軍隊，依賴乃木這樣的老將是不夠的，需要有年青將校中的領袖協助鎮壓軍中的異論，方才能保證軍隊的忠誠。」
明治沉默了片刻後說道：「你是說海軍中的林信義這樣的年輕人嗎？」
伊藤博文點頭道：「林信義不僅在軍事上頗有建樹，其在政治和外交上的見解也是出色的，只要他支持太子，那麼海軍中就不會出現什麼異論。」
明治對於林信義其實也是關注的，他點頭道：「林作為海軍中的年輕將校，確實給朕留下了深刻的印象，不過他是不是過於熱衷政治了？山縣元老已經多次指責海軍中有人干涉政治，甚至點名過林信義的名字，朕都不好將之調到近側來。」
伊藤博文知道明治的意思，自從林信義在海軍中的影響力越來越大，連山本權兵衛都想把林信義弄出海軍了，不過適合林信義的位置並不多，畢竟林信義在海軍中的支持者並不少，不可能將其流放到什麼荒島去，所以最合適的還是把他弄到宮中當侍從武官，不過這一建議遭到了山縣的極力反對，山縣拒絕讓林信義和天皇、太子發生聯繫，以避免海軍的影響力繼續擴大。
一開始山縣是想過把林信義弄出海軍，把他弄到宮中和海軍隔離的，不過那個時候山縣擔憂的是林信義整合海軍派系的能力，等到林信義掌握了海軍的主導權後，山縣反而開始擔心海軍通過林信義擴大對於皇室的影響力了，畢竟林信義的破壞能力有些大。
不過現在陸海軍的鬥爭需要讓位給政權的有序接替了，所以伊藤認為嘉仁太子想要在明治之後控制住軍部，除了林信義之外，幾乎其他人不可能辦到。陸軍或海軍的其他人只會利用嘉仁太子擴大陸海軍的勢力，從而破壞政治的平衡，但是林信義不需要這樣做，在現有的權力架構下，林信義已經能夠把所有力量整合到一起了，所以他有什麼理由再去破壞這個權力格局。
伊藤於是對明治說道：「這也是一種交換，既然皇族要退出一線部隊，那麼讓太子接觸軍中年青將校就是必要的，否則今後太子豈不是完全不能了解軍中事務了？」
明治沉默許久後，終於點頭說道：「伊藤公說的有理，那麼陸軍有什麼年青才俊可以讓嘉仁親近嗎？」
伊藤聽這個問題陷入了長久的思考，最終只能對著明治說道：「陸軍中的年青將校，臣不是很熟悉，不如讓田村推薦一批。作為陸軍大臣，他應當比臣更了解陸軍中那些年青將校是有前途的。」
明治只能笑著說道：「聽說林信義是你的弟子，朕還以為是傳聞，現在看來倒是實話。要不然，你怎麼只推薦了林信義呢。」
伊藤並沒有否認，而是對著明治回道：「臣對於林信義的教導其實不多，他的才能主要還是天授。臣推薦他並無私心，不過是為了皇國的穩定而言。」
明治天皇思考了片刻，就徵求道：「那就讓陸海軍派出幾名年青將校，為嘉仁講講各自的軍略，這樣嘉仁可以了解一下陸海軍的真實情況，也能增進他和陸海軍之間的聯繫…」