間島事件的發展很快就出乎陸軍的預料了，雖然此前盤踞在朝鮮東北部的大韓義勇軍牢牢控制住了山區和鄉村，但是這種控制是因為日軍沒法依靠少數警察來維持對該片區域的統治，朝鮮東北部的多山地形也讓日軍難以快速移動，而採用少量軍隊分散於鄉村，又容易遭到義勇軍優勢兵力的圍殲。
所以日軍只能把兵力放在交通樞紐和靠近海邊平原的城市，依託海上通道來完成各海岸城市之間的快速調動，這就形成了義勇軍控制山區和鄉村，日軍控制城鎮和主要交通路線的局面。但是日軍對於大韓義勇軍的評價是，雖然義勇軍要比普通的義兵組織要更有組織性，但也依然不能和軍隊正面對抗，哪怕是那些朝鮮禁衛軍出身的義勇軍部隊，其戰鬥力也就比警察強些，遇到大隊以上規模的戰鬥，幾乎就沒有指揮可言。
陸軍對於義勇軍的頭疼就在於，由於沒有當地朝鮮人的通風報信，他們抓不住義勇軍的主力位置，所以不得不採取了讓出山區和遠離城市的鄉村的做法，以重點確保城市及周邊平原地區的秩序。
相比之下，南方的義兵就好對付多了，因為南方的義兵都是地區性的，他們之間缺乏配合，甚至有的義兵一旦越界，自己就會先打起來。所以在南方，陸軍完全可以先畫出一個個區域，然後集中兵力分區剿滅義兵，壓根不用擔心這些義兵會亂跑，被打散了的義兵，一旦離開家鄉就失去了民眾的支持，只能成為孤狼，這個時候幾個警察就能對付這些流亡的抗日分子了。
而且，因為南方的義兵大多以兩班地主為領袖，所以他們都是反對土地改革的，許多地主實際上是因為日本採取了對朝鮮土地進行的整理，才轉而投身於抗日行動。所以日軍在南方可以收買到許多朝鮮人為自己提供情報，那些什麼都沒有的朝鮮人，顯然不認為保護兩班和皇帝的朝鮮是自己的責任。
而伊藤博文和陸軍的明石元二郎對於朝鮮的統治都傾向於文治和法治，反對採用高壓統治的武斷政治，因此伊藤博文雖然極力鎮壓朝鮮義兵，但是在殺人上一直都很謹慎，這種統治方式雖然看似縱容了朝鮮上層的反日行動，但是卻也成功避免了朝鮮人和日本人走向全面對抗。
在朝鮮兩班地主的統治下，朝鮮人實際上已經接受了秩序下的生活，哪怕這種秩序極端的不合理，但只要朝鮮的兩班地主還能遵守自己制定的秩序，那麼朝鮮人幾乎都不會去試圖反抗這種秩序，因為那些反抗者都被兩班地主殺光了。
日本對韓國的保護條約，雖然是強加給朝鮮人的不合理秩序，但是感覺到這種不合理的實際上只有兩班地主，至於普通的朝鮮人雖然認為日本人無禮，可是秩序就是秩序，他們只能服從，而不是起來挑戰秩序，這就是過去千年以來，朝鮮兩班地主灌輸給朝鮮人的秩序意識。
因此，各路的義兵團體的帶頭人，實際上都是兩班，很少有純粹的平民，而日軍一旦抓住了帶頭者，或是逼迫其悔過，或是殺了他，都會導致這些義兵團體的解散。所以，朝鮮的義兵運動，實際上是朝鮮的兩班地主維護自己特權的行動，其國家主義、民族主義幾乎是不存在的。
當然，這種義兵運動給朝鮮人提供了一個範例，就是秩序是可以被反抗的，過去老爺們所說的，下等人只能無條件服從上等人制定的秩序，其實只是一個謊言而已，從而刺|激了朝鮮人的自主意識，讓朝鮮人萌發了反抗不公的意識。
而北方的義勇軍，則通過土地改革，打破了朝鮮王朝過去一直強調的社會等級差異，直接讓北方朝鮮人產生了國家和民族意識，因此日本很難在朝鮮東北部的朝鮮人那裡獲得義勇軍的情報，因為這裡的朝鮮人已經和義勇軍產生了我們意識的聯繫。
田中義一也好，負責間島行動的朝鮮駐紮憲兵隊司令官兼朝鮮統監府警務總長立花小一郎也好，他們都把此次行動的關注放在了中國人身上，而不是義勇軍身上。
應該來說，其實他們的看法也不算出格，陸軍很好的預判了中國軍隊在綏芬河、雙城子的增兵行動，以極為迅速的布防遏制了中國軍隊在雙城子一帶發起進攻的可能性。如果事情只是到這裡，那麼接下來軍事行動就會結束，然後轉入到日中談判階段。
日本人確實打不起再一次的大陸戰爭，可中國人正積極的謀劃對於滿洲的開發建設，同樣不會因為朝鮮人而選擇和日本開打。所以，陸軍認為最壞的結果，不過是日本對中國方面做出一點賠償，然後公開承認間島屬於中國領土，了解了這件事。
這樣結束雖然對日本政府的聲譽有著極大的打擊，但這正是陸軍希望看到的，他們認為山本內閣將會因此倒台，那麼國內政治就可以重新洗牌，陸軍將會扳回現在對自己不利的局面。
只是陸軍沒有預料到的是義勇軍的戰鬥力已經不是他們之前所遇到的那支義勇軍了，在過去的一年中，安重根雖然壓制住了義勇軍內部的反對，和日軍達成了妥協，但是這一年裡他可不是什麼都沒做，對於義勇軍的內部編製的改革，對基層軍官的抽調|教育，使得義勇軍已經從此前的近代軍隊轉向了武漢工農紅軍的建設方向。
雖然在師團級別的指揮上，義勇軍還需要得到武漢軍事委員會的支持，才能建立起參謀指揮體系，但是在團級以下的戰鬥上，義勇軍終於擺脫了依靠熱情戰鬥的缺陷，開始依賴於官兵討論和規範條例來組織戰鬥了。
於是在咸鏡道的日軍很快就發現，在大隊以下規模的戰鬥，他們已經失去了優勢，義勇軍的表現不像是過去的朝鮮義兵，而更像是一支正規軍隊，而朝鮮北部山區的地形，其實最適合於大隊規模的單位移動，這就意味著除了少數平原、河谷地區外，日軍都要擔憂義勇軍發起正面進攻了。
立花小一郎於行動之前在羅津等地增派了半個旅團，使朝鮮東北部兩道的兵力達到了六個聯隊之多，如果加上警察部隊，那麼就和一個師團的兵力相近了。不管是立花少將還是朝鮮駐紮軍的其他將領，都認為這一兵力已經足夠應對義勇軍的反撲了，只要中國軍隊不越界。
此時朝鮮半島駐軍2師團，濱海邊疆區駐紮1個半師團，庫頁島駐紮半個師團，陸軍能夠動用的海外駐軍也就這四個師團，國內兵力調動必須要得到天皇的允許。所以，立花少將其實已經相當重視義勇軍的戰鬥力了。
但是，當咸鏡南北兩道的義勇軍開始集結並發起反擊後，陸軍很快就發現，如果不儘快放棄山區和鄉村，那麼他們駐紮在各交通要道上的軍隊就會被義勇軍包圍殲滅了。於是在安重根宣布大韓義勇軍改名為朝鮮獨立軍，宣布要解放祖國，將日本侵略者趕出朝鮮半島後的半個月內，陸軍就失去了整個咸鏡北道、兩江道的控制權，慈江道和咸鏡南道的內陸也脫離了大韓帝國的統治。
陸軍在朝鮮東北部的據點，就剩下了羅津、清津、咸興和元山幾個港口城市，而朝鮮北部地區的民眾為獨立軍的氣勢所感染，正不斷地投入到獨立軍麾下，支持獨立運動。1909年八月初，朝鮮駐紮軍司令官上田有澤向陸軍大臣發電，表示朝鮮北部的獨立運動已經不是朝鮮駐紮軍可以處理的問題，要求國內給與指導意見。
上田有澤的電報里充滿了怨氣，因為這一次的行動其實並沒有徵求他的意見，是上一任駐朝鮮司令官長谷川和參謀長立花的秘密商議，然後得到了山縣和參謀本部的支持。也就是說，在他上任之前，這個剿滅朝鮮東北地區的反日分子基地的方案，實際上已經是定案了。
如果這一次的行動能夠成功的話，上田自然可以睜一隻眼閉一隻眼，反正他也能夠領到一份功勞，又不必得罪長州派。但是現在事情鬧大了，讓他來給長州派背這口黑鍋，他當然是不滿的。
田村對此也很驚訝，因為他沒有預料到，事情在不可能出岔子的地方出了岔子，他設想過濱海區或者會因為中國人的進攻遭到一定的挫折，畢竟日軍在濱海區的根基太不牢固了，完全等於是在敵人的統治區駐紮。
但是他沒有想到，朝鮮駐軍事前所保證的，只要中國軍隊不越界，那麼朝鮮駐軍就能應對義勇軍的反撲居然只是一句大話。這就讓陸軍挑起的間島事件變成了一個笑話，不僅沒能震懾住朝鮮人和中國人，反而表現了自己的軟弱。
田村不得不向內閣及天皇做了間島事件的完整彙報，並強調中國軍隊一定越過了圖們江，駐朝鮮軍不是在和朝鮮的義勇軍作戰，而是在和中國軍隊作戰，所以才會猝不及防，丟掉了朝鮮東北大部分地區的控制權。
不過在御前的陸海軍會議上，伊東祐亨代表海軍向陸軍提出了一個尖銳的問題，「陸軍此前鼓吹大陸政策的時候，強調中國軍隊的訓練素質不能和陸軍相比，一個聯隊的陸軍就能和一個中國混成旅團對抗，現在只有少部分中國軍隊偽裝進入朝鮮東北地區，按照陸軍之前提交的情報，延邊地區的中國軍隊不可能超過一個師團的規模吧？所以，陸軍是在同等規模的對抗下失敗的嗎？如果是這樣的話，那麼對華戰爭，我們要動員起多大的規模才能贏？」
面對這個問題，田村失聲了，因為他確實答不出來。只不過伊東並不打算到此為止，他繼續說道：「據我所知，前清時期，中國打算組建36個常備鎮，也就是36個師，雖然前清退位時並沒有達成這個目標，但是在中俄戰爭爆發時，中國各地的武裝力量已經超過了百萬人，其中北洋六個師，而武漢在戰時的編製甚至達到了18個，戰後中國內部各方勢力通過和談削減兵力，全國正規武裝大概有25個師。
我記得陸軍為大陸政策準備的軍備計畫是平時25師團，戰時50師團。假如按照陸軍的估算，一個陸軍師團抵得上中國兩個師，那麼我們還具有一定的優勢，但如果這只是陸軍的自以為是，戰時雙方的戰鬥力只是1比1，那麼貿然挑起日中戰爭，難道不是自殺行為嗎？」
伊東祐亨的質疑獲得了松方正義、井上馨兩位元老及大臣們的認同，他們過去反對陸軍的大陸政策，但如果陸軍能夠表現出自己執行大陸政策的能力，那麼他們倒是不會強求把勝利果實還回去。但是如果陸軍堅持實施大陸政策，卻又不能承擔自己造成的後果，那麼他們自然是反感陸軍這種破壞規則的行動的。
山縣有朋見狀不得不出面，因為他擔心伊東再逼迫下去，田村就不得不辭職了，而現在的陸軍內部不管誰上去都解決不了問題，最終只是上去背黑鍋而已，因此還不如讓田村坐在大臣的位置上直到問題解決為止，這樣也就不用再損失一個人。
「陸軍制定戰略的時候，考慮的只有國防安全和國家利益，對於敵人的實力雖然出現了些許誤差，但並不代表戰略方向是錯誤的，就當前的局面，日本不往大陸發展，難道真的要去南洋挑戰英法列強嗎？海軍難道以為，英法的實力不如中國和朝鮮？我以為，陸軍的大陸政策實際上已經很保守了，至少大陸政策失敗，我們也不至於有亡國的危險，可要是在南洋失敗，日本還能生存下去嗎？」
山縣有朋這番話，等於是把陸海軍之間的戰略矛盾公開了，過去陸海軍之間雖然因為戰略產生了分歧，但是在對外擴張上至少是站同一立場的。而現在山縣卻表明了反對海軍南進戰略的姿態，這實際上代表了山縣不願意和海軍再維持什麼表面和平了。
同意的，反對大陸政策的日本高層，其實也不支持海軍的南進政策，簡單的說，只要當前的生活還能過得下去，這些政客們都主張維持現狀而不是冒險。所以山縣有朋表態之後，大家都默不作聲了，顯然他們也是不願意去支持海軍的南進戰略的。
山本權兵衛見狀不免就出聲反駁了山縣有朋，不過他的立場是站在海軍的角度，所以自然激起了田村、大山和桂的反擊，於是作為海軍大臣的河原、軍令部總長的齋藤也加入了混戰。御前會議於是變成了陸海軍之間的大爭吵。
明治天皇不得不下令暫停會議，並單獨詢問了伊藤博文的意見，伊藤博文雖然知道陸軍挑起間島事件其實是違憲的，但是作為朝鮮總督，他卻不得不站在駐朝鮮日本人的立場上對陸軍加以維護，「陸軍的行動雖然冒失，但並不能算是隱瞞了內閣的軍事行動，這只是正常的治安維護。
當然，這種治安行動也試出了中國人，主要是武漢方面對於帝國是不懷善意的，臣認為這也算是意外之得。假如我們把武漢當做是帝國的朋友，毫無防範的和武漢合作下去，到時武漢給我們背後一刀，我們的損失就巨大了。
相比較而言，和控制南滿的北洋團體才是帝國所需要的執掌中國的力量，只要北洋依舊佔據著中國中央政府的名義，那麼我國和中國之間的衝突就會被極大的淡化，而如果讓武漢上台的話，雙方的關係估計會迅速惡化。
所以臣的意見是，我們應當加大對於北洋的扶持力度，確保北洋政權不垮台，然後通過北洋政權加大對於南滿的投資，從而使南滿變成日本商業的獨佔市場。帝國和北洋就能互惠互利。
至於今次間島衝突引發的日中矛盾，臣以為應當採用談判的手段處理，避免日中雙方走向武力衝突，這對於帝國並無好處，帝國也沒有勝算。而從陸軍今次的行動來看，朝鮮總督還是應當選一位文官比較合適，若是陸軍掌握了這個職位，國內壓根控制不住朝鮮駐軍的行動。」
明治認同了伊藤的處理方式，也認為這場衝突不能升級為日中戰爭，畢竟他已經身體不大好了，需要國內安靜的渡過權力交接，如果再次爆發戰爭，不僅帝國有可能會輸，也將極大的打擊皇室的威信，也是明治再次召開會議後，就表示這件事應該交給朝鮮總督府來處理，內閣提供支持就可以了。