對於海牙密使事件，日本政府是驚慌失措的，山本權兵衛更覺自己完全成了背鍋俠，因為朝鮮事務他根本插不上手，伊藤博文的朝鮮總督還沒有正式卸任，加上朝鮮駐軍又是陸軍管理，山本不管是作為內閣首相還是海軍大將，都沒法過問朝鮮事務。
而最令山本不滿的一點是，陸軍為了接替伊藤之後的朝鮮總督一職，把朝鮮半島的消息對內閣實施了封鎖，因此內閣對於朝鮮王及民眾的思想狀態一無所知，他們和國民一樣，只能從報紙上了解朝鮮發生了什麼，這樣的情況下讓山本來承擔海牙密使事件帶來的惡劣國際影響，他顯然是不能接受的。
在內閣擴大會議上，也就是在重大事件上邀請元老參與決策，這種會議的規格幾乎和御前會議相當，只不過御前會議是元老們用來制衡內閣的流程，也就是說，內閣擴大會議上制定出了符合元老意願的決策，元老們就不會請求召開御前會議推翻，畢竟在御前會議上內閣就佔一票，元老們則佔據人數優勢。
在本次會議上，除了海軍方面試圖把責任推給陸軍之外，其他各方倒是難得的站在了陸軍一方，認為這件事不應當讓陸軍出來負責，而是應當由政府出面解決問題。大家都很默契的沒有追究伊藤博文這個朝鮮總督的責任，因為陸海軍都不想讓伊藤博文站到對面去。
但是保住朝鮮半島的利益最終還是壓倒了日本對外形象的維持，所以海軍試圖通過糾正對朝鮮政策的調整來緩和日韓民族之間的矛盾，最終被各方掩蓋矛盾的主張所壓倒。
伊藤博文和外相牧野伸顯商議後，指示日本駐荷蘭公使、萬國和平會議代表都築馨六質疑密使身份，要求萬國和平會議向漢城發電求證密使身份，在伊藤博文的安排下，李完用以大韓帝國政府的名義代大韓皇帝回電，否認了派出密使。
於此同時，日本駐英公使向英國政府請求在此事上進行幫助，英國只是為了敲打日本，並製造日中矛盾，而不是要幫助朝鮮獨立，密使事件已經在萬國和平會議上發酵，中國與會代表表現出了對朝鮮密使的同情，並支持了朝鮮密使在大會上發言，英國人認為自己的目的已經達到，因此也就不再繼續刺|激日本。
所謂的萬國和平會議，本質是英法俄為了維持當下的歐洲和平實施的外交策略，實際上這個會議的主要議題，都是英法俄德奧意在閉門會議中完成的，就連美國人都沒能參加這些核心問題的討論，至於歐洲之外地區的和平議題，也就是讓大家提出來討論一下，並無實質性的決定。
因此，朝鮮王試圖通過萬國和平會議來約束日本吞併朝鮮的進程，不過是一種不切實際的妄想，除了被英國人利用打擊了日本的國際形象外，沒有給朝鮮爭取到任何權利。當英國人放棄了朝鮮人之後，會議上的各小國代表雖然同情朝鮮人的遭遇，可依然阻止不了大會將朝鮮密使驅逐出去。
中國參加萬國和平會議的代表是宋教仁，對於此次和平會議，中國內部出現了兩種相反的意見，一種是孫文、黃興、宋教仁等資產階級革命派的主張，認為這次大會能夠開創一個新的時代，中國應當積極的參與；一種則認為當今世界還是一個弱肉強食的世界，這個和平會議對世界和平不會有什麼幫助，畢竟召開了和平會議的俄國在一年後就對中國展開了入侵行動。
當然，雖然認為萬國和平會議沒意義，但武漢和北洋的出發點是不一樣的，北洋的出發點是保留了前清政府對第一次萬國和平會議的看法，及東亞戰爭後日本強行吞併朝鮮半島，各國的無動於衷，所以北洋對列強保護世界和平的理念也就失去了大部分信心。
而武漢是基於資本主義私有制下國家之間的和平是沒法保證的觀點，從而認定此次萬國和平工會不過是帝國主義用來欺騙各國民眾的一個把戲。
正因為存在這樣兩種不同的意見，中國對於參加此次萬國和平會議並不積極，最終宋教仁作為代表參加了會議。不過在對待朝鮮密使的問題上，宋教仁做出了同情的支持，因為他認為俄國退出遠東之後，日中關係必然會圍繞朝鮮和滿洲展開激烈的對抗，所以保持朝鮮的獨立，可以遏制日本對滿洲的野心。
而武漢方面堅持馬關條約所主張的朝鮮獨立立場，同樣是宋教仁所認可的，因此當朝鮮密使出現在會場外時，宋教仁不顧北洋政府的電令，還是放棄了中立立場，選擇了支持朝鮮密使參加會議。
不過宋教仁很快就發現，他所期待的公理並沒有戰勝強權，日本雖然是新興的有色人種列強，可終究也是列強的一員，在對待殖民地民族的問題上，一向抱有種族歧視的歐洲列強，這一次也還是站在了日本的一邊，從而讓朝鮮民眾的代表失去了代表朝鮮的資格。
在宋教仁看來，朝鮮密使的身份其實不重要，朝鮮密使說明的日本對於朝鮮民眾的壓迫是不是事實才是會議應該關心的，但是在大國沒有表態之前，大家還能同情朝鮮民眾的遭遇，可是當大國表態支持日本之後，這些代表們卻又認為他們是騙子，所以無權站在會議上代表朝鮮人民發言了，這顯然是違背了公理。
在朝鮮密使被趕出會議後，宋教仁以私人身份去探望了三位密使，其中李儁因憤怒而卧床不起，另外兩位密使也心灰意冷，認為朝鮮被日本吞併已經不可逆轉。
看到朝鮮人的悲傷和憤怒，宋教仁只能勸慰道：「我國對於貴國人民的境遇是持同情立場的，根據馬關條約的規定，朝鮮之獨立是不可動搖的，我歸國之後一定會向國會強調這一點。請兩位返回朝鮮後，也將中國人民的立場告訴朝鮮人民。」
只是兩位朝鮮密使已經無意返回朝鮮，他們對於中國的承諾也缺乏信任，年紀較輕的李瑋鍾對宋教仁懷疑的問道：「可是中國方面不是一直在主張日中和解，並在此基礎上建立亞洲聯盟嗎？宋先生真的能夠說服中國國會支持朝鮮的獨立地位？在我看來，這只是您的一廂情願，並不能代表中國的立場。」
倒是年紀較長的李相卨比李瑋鍾更為親近中國，他並不願意讓宋教仁難堪，於是從中轉圜道：「朝鮮和中國的友誼並非始於一日，萬曆時期，大明就幫助我國抵抗了日本的入侵，所以我們對於中國是心存感激的。
當然，在滿人入關之後，中國文明呈現了後退之勢，所以歐洲人才能在東亞橫行霸道，因此我們相信，中國一旦重新崛起，那麼必然是會幫助朝鮮恢複獨立地位的。
但現在的問題是，武漢和北京究竟誰才能代表中國？如果這個問題不解決，那麼中國就不可能在東亞事務上發出自己的聲音。我們對中國抱有極大的期待，但是我們不認為現在的中國會把注意力轉向國外，因此我們不會期待中國現在出面保衛朝鮮的獨立，能夠遏制日本野心的，現在也只有美國了…」
對於朝鮮人的看法，宋教仁發覺自己居然沒法回答，現在中國的局面就如朝鮮人所言，自保有餘而向外發言還不足，畢竟中國內部還沒有真正決出一個統一的中央政權，按照中國的傳統歷史，這就代表著中國當下還處於衰弱時期，各方勢力都會把精力放在爭奪統一的機會上，而不會去干涉周邊小國的政局。
畢竟按照中國傳統的天下觀，只要天下歸於一統，四周的藩屬小國除了向中央王朝獻出忠誠之外，就不可能有其他出路。當然，現在是三千年未有之大變局，機器的出現使得這種舊時代的天下觀出現了裂痕，說到底就是機器極大的彌補了周邊小國和中國之間巨大的體量差距，農業時代那種碾壓式的國力壓制，當下已經不存在於東亞地區了。
宋教仁思考著，三千年未有之變局對華夏天下觀的衝擊時，他在海牙的行動已經遭到了日本方面的強烈抗議，牧野伸顯指示駐華公使向國務會議抗議，認為中國代表在和會上對朝鮮密使的袒護是對日本在朝鮮半島權利的挑釁，並以此提出了日本在南滿地區的利益問題。
東亞戰爭結束後，武漢反對日本在滿洲擁有所謂的特殊利益，堅決收回南滿鐵路和關東州，面對武漢毫不妥協的姿態，赤塔共和國成立後和中國達成的和平互助協議，加上朝鮮義兵運動在朝鮮半島的興起，日本政府最終做出了讓步。
不過日本政府的讓步，是放棄了日本在滿洲地區的政治利益，對於日本商人在滿洲的經濟利益，日本一直都在和中國方面糾纏。北滿地區到還好，日本在戰時就沒怎麼控制該地區，當武漢和赤塔共和國達成協議後，日本陸軍只能後撤至濱海邊疆區，因為陸軍沒法在黑龍江、松花江流域對抗中俄的軍事壓力，日本在該地區壓根找不到補給區域。
但是在南滿地區，因為背靠朝鮮半島及大連、丹東等港口，日本在戰爭期間幾乎建立了一個日本控制下的地方民政系統，之後北洋軍雖然接收了南滿，但是日本人所任命的基層官員及設立的基層機構被大量的保留了下來，和北洋所恢複的前清時期的一些衙門構成了南滿的統治政權。
在這樣的南滿局勢下，日本商人大量的侵佔原俄國人的財產及中國人的財產，也就成為了極為常見的問題。北洋政府需要日本在軍事上的援助，英國雖然口頭上支持北洋，但不捨得投入，把很大一部分責任推給了日本這個盟友。
而日本本身又不是什麼有實力的列強，他給北洋支援的每一分大洋，都想著能夠收回兩倍以上的本息，而且今天給貸款，明天就要利息，這些利息自然就是滿洲的礦產資源和商業利益。
所以北洋官僚大言不慚的吹牛，向日本借錢不用還，實際上日本人借出的款子早就從這種經濟利益的侵佔上拿回去了，只不過還錢的不是北洋集團而是南滿的普通民眾。
日本戰後在滿洲積極掠奪的資源主要是林木、鐵礦和煤礦，但是日本人很快就發現，只要南滿鐵路和大連港不在他們手中，他們就不能以低費用的運輸方式把這些資源運回國內。所以藉助和會上宋教仁支持朝鮮密使一事，牧野外相再一次向袁世凱提出了合辦南滿鐵路及大連港的建議。
所謂再一次，是指在日本政府不得不放棄把南滿鐵路和關東州算做戰利品後，日本政府一直試圖以商業合作的方式取得對南滿鐵路及大連港的控制權。
袁世凱對此局面也深感頭疼，在他面臨著西北發生變局的情況下，日本又開始在南滿問題上發難，這讓他有一種腹背受敵的感覺。
北洋的內部會議上，段祺瑞、王揖唐等主張和日本合作，因為南滿被日本陸海軍直接威脅，真要發生衝突，他們覺得北洋守不住南滿，如果和日本打個兩敗俱傷，豈不是讓武漢撿到了便宜。
不過唐紹儀、馮國璋等人反對和日本合作，認為日本對南滿的野心極大，現在日本在南滿的工礦業投資已經超過了其他各國，漸漸有一家獨大之勢，再讓日本控制了鐵路和大連港，那麼南滿到底是中國的，還是日本的？
唐紹儀、馮國璋等人的背後實際上是英美資本，他們同意日本在南滿地區享有一定的特殊利益，但反對日本獨佔南滿的利益，特別是美國人，剛剛才和武漢方面談妥開發滿洲的計畫，這是美國資本準備通過對海外投資來刺|激國內生產，從而走出經濟危機的大計畫，美國人當然不能容許日本人把進入滿洲的通道給佔了，那樣美國資本還開發個屁的滿洲。
而在這種微妙的局勢下，第二件對日本不利的事件出現了。年六月，日本軍警向所謂的朝鮮義勇兵的巢穴間島地區發起了清查反日分子行動。
間島原名假江，系圖們江北岸吉林省延邊地區和龍縣光霽峪前的一處灘地，本屬中國領土，准「韓民租種」。在日本和俄國爭奪朝鮮半島控制權的時候，日本人對這一問題並不關注，但是隨著俄國在遠東失利，掌握了朝鮮半島控制權的日本就把這些和中國有爭議的地方記錄了下來，預備作為和中國交涉的條件。
應該來說，間島問題的實質就是兩班把朝鮮土地都佔領了，使得朝鮮無地農民不得不越過國境墾荒，因為朝鮮地主不敢跑到宗主國的地盤上收租，所以這些越過國境的朝鮮農民反而獲得了一些自由。
而對於中國方面來說，因為滿清搞柳條邊，大片的滿洲土地都荒蕪著，因此邊境上的土地被侵佔，滿清根本反應不過來。俄國多次修約侵佔中俄邊境領土，就是採用這種移民開墾，然後再以開墾土地來索要領土，因此最終滿清不得不放開了滿洲移民禁令。
間島問題其實和中俄邊境的爭端沒啥區別，只不過朝鮮作為中國的屬國且還是一個弱國，都敢侵佔宗主國的領土了，所以才讓滿清官員有了抗爭的慾望，若是換了俄國人，滿清官員說不準就認了。
此前日中雙方不欲在邊境生事，因此對間島問題採取了擱置，中國方面承認朝鮮可以派人管理墾民，但該地區是屬於中國軍隊管轄的。為了確保不發生日中之間的正面衝突，中國方面要求義勇兵不得進攻朝鮮口岸及聯繫朝鮮口岸到羅津港的公路，這是為了確保吉林地區的商品外運。但是這一次日本偷偷的把軍隊弄到了邊境，並實施了武裝行動，破壞了雙方的約定。