不過袁世凱很快發覺，想要和武漢和平共處也是不可能的了。1909年4月，洛陽到西安鐵路通車，這對於陝西人民來說是一件好事，但是卻打破了西北的權力格局。
此前武漢並沒有和北洋爭奪西北的控制權，但是北洋也沒有徹底拿下對於西北的控制權，因為當地的滿人勢力和地方勢力，在武漢沒有奪取西北的行動之前，都對北洋試圖完全控制西北地區感到了不滿，因此抱團對抗北洋駐西北的最高軍政官員-楊士驤。
楊士驤雖然是袁世凱最重要的支持者，但實際上他在北洋團體內的地位要比其他人高的多，因為他是李鴻章提拔的，也是李鴻章安排協助袁世凱在小站練兵的助手，北洋後勤制度正是他一手開創，相比起他的弟弟楊士琦，楊士驤可不是依靠袁世凱才有的現在的地位。
所以楊士驤指揮北洋軍隊是毫無問題的，這也是袁世凱讓其前往西北的一大因素，其他人要麼指揮不動北洋，要麼就是有了地盤之後可能獨立出去，但是楊士驤作為北洋團體的股東，顯然是不會因小失大的。
而楊士驤本人在實際政務上也是出色的，他代替袁世凱擔任山東巡撫，很好的保持了北洋對山東地方的掌握，而地方上對其評價也比袁世凱好的多。這樣一個有兵權又有能力的官員主政西北，想要壓制西北地區的地方勢力，其實難度並不高。
只是，楊士驤進駐西北的時候，正是滿人失去權力的當口，這就使得地方勢力試圖觀望局勢，不想輕易下注在北洋身上。而西北的滿人勢力，把西北當成了滿人的後路，也不願意把權力讓給楊士驤，便支持這些地方勢力反抗楊士驤。
雖然之後因為俄國向中國宣戰，武漢軍隊北上抗俄，使得西北政局稍稍平穩了一些，一方面是國戰期間反對中央顯然會失去大義，另一方面是武漢的政策比北洋要激進太多，所以西北地方勢力和滿人勢力都消停了下來。
但是在平靜的局勢下，暗地裡的鬥爭卻從來沒有停止過，因為地方勢力不可能容許楊士驤把手伸到基層的治理上，就算是大清朝，除了陝西之外，甘寧青都是地方自行管理的，畢竟這裡是許多民族的聚集地，中央政府壓根沒有這麼多精力來調解各族群內部的矛盾，只能讓他們自行管理，官府只負責大的族群之間的衝突。
這樣的統治方式就意味著，中央政府對於西北地區的管理是粗曠的，且需要從內地調撥大量的錢糧來養軍和收買地方勢力，但是在失去中央的統一財政之後，北洋駐西北的軍隊就不能完全指望從內地調撥錢糧過來，而試圖在本地重建財政系統，以本地的錢糧養活自己。
北洋的這種做法自然是激怒了地方勢力和西北的滿人，畢竟這部分地方錢糧按照傳統是養活他們的，北洋打著中央的旗幟拿走這些錢糧，他們吃什麼？西北又不是內地，這裡土地貧瘠，除了有水源的地方還能有些收穫，那些乾旱地區能養活農民自己就不錯了，所以想要增加稅收，就是逼當地民眾起來造反。
於是，在武漢勢力沒有大舉進入西北之前，北洋和當地勢力已經斗的不可開交了，而09年4月洛陽到西安鐵路的開通，實質上就代表武漢勢力正式進入了西北。這條鐵路的效果也是很明顯的，鐵路沒有修通之前，西安城裡其實還是滿人說了算，鐵路通車後，武漢派出的人員就下令西安滿人自行拆除城牆，並且要求滿人提交人口資料。
滿城面積佔西安府城四分之一強，人口約為西安府城人口近四分之一，除滿城內有八九千滿蒙軍隊外，漢城內還有五六千綠營，西安雖然最後接受了清帝退位詔書，但是滿人依舊掌握著這座城市的武裝力量。
這也是前陝甘總督升允被革職後逗留西安不走的原因，因為他認為滿人還能依賴西安城以對抗北洋和武漢，從而穩固西北的形勢，但是他沒有料到西北的漢人及回民都拋棄了滿清，在清帝宣布退位後立刻宣布支持民國，所以西安就變成了孤城，在北京的嚴令下，升允不得不返回北京，放棄了和北洋、武漢兩大軍事集團對抗的想法。
不過即便升允離開，西安城內的滿人也不願意服從北洋派駐西北的最高軍政官員楊士驤，面對滿人的抵制，一度想要把西北政治中心移駐西安的楊士驤也不得不放棄了這個念頭。
國家統一時，陝甘總督駐紮蘭州是為了維護甘寧青地區的治安，並確保和新疆溝通的河西走廊的安全，但是在這個南北爭鋒的大爭之勢，北洋控制西安當然要比控制蘭州重要。
但是因為滿人不接受北洋軍進駐西安城，而武漢也堅決不同意把西北軍政中心轉移到西安，表示北洋要是不肯去控制蘭州，那麼武漢將不再接受北洋控制西北的局面，這才迫使北洋不得不繼續向西進駐蘭州。
而北洋軍離開西安後，西安立刻就恢複了老樣子，雖然一部分漢人士紳獲得了一些管理民政的權力，比如修路和開廠，但是政治權力和司法權力基本還是在滿人和親附滿人的漢人官僚手裡。楊士驤下達的命令，西安也是愛理不理。
在鐵路沒有修到西安之前，西安城內幾乎和前清時期沒啥區別，依然是滿大人說了算。但是鐵路修通之後，武漢就毫不客氣的讓滿人拆城牆，並提交人口資料，顯然是不允許滿人繼續掌握這座城市的權力了。
和北洋軍入陝西時，西安城內的漢民無動於衷不同，北洋軍不宣傳革命，軍紀雖然比普通清軍要好，但是作派和普通清軍沒啥區別，除了不搶劫強|奸外，拉夫派差依然是傳統的。所以在這些西安市民眼中，北洋軍和滿城的大兵其實是伯仲之間，可好歹滿城的大兵是西安人餵飽了的，這新來的北洋軍天知道是什麼德行，所以他們在滿人和北洋發生衝突時選擇了中立。
武漢雖然此前沒有派兵進入陝西，但是在對俄作戰中的勝績，在內地推動的土地改革和對帝制的聲討，使得西安市民很清楚的知道，武漢軍隊是革命的，也是要打倒滿人特權的，所以當武漢軍隊坐著火車進入西安後，立刻受到了西安市民的歡迎。
武漢軍隊進入西安的並不多，原則上這支軍隊是為了保護鐵路運營，而不是派駐陝西的駐軍。但洛陽到西安鐵路開通之後，兩地之間的行程從七天縮短為12小時，且能夠攜帶大量裝備，西安城內的滿人將領當然意識到這代表什麼意識，此前他們試圖以地利抵抗漢人武裝進入陝西已經不可行。
他們的反抗只會讓武漢藉機出兵西安，從而導致荊州、武昌滿人的慘劇重演。在新疆滿城和南方滿城一一被清理掉之後，西安滿人實際上已經沒有一開始聽到南方滿人的下場那麼激動了，過於懸殊的實力，和國會成立後對滿城處理的法律化，使得西安城內的大部分滿人都主張服從命令，相信國會頒發的法律來解決滿漢之間的問題。
時西安將軍文瑞是從山東青州調任而來，辛丑之後文瑞傾向於變法，認為過去的八旗制度已經沒法維持，因此在青州時效仿漢人開工廠、興學校，調任西安時也如法炮製，不過西安久處閉塞之地，西安滿人要比山東駐紮的滿人保守的多，所以成效遠不及青州滿城。
當鐵路修到西安後，文瑞就知道西安城市保不住了，當他收到了武漢代表送來的要求，和左右商議後，決定服從武漢的命令。
文瑞對某些保守頑固分子是這麼說的，「鐵路一成，從漢口到西安可以直行，俄國人尚且不是武漢之對手，憑藉我們這數千缺乏訓練的老弱，怎麼擋得住武漢一擊？
北洋於我尚有香火之情，我們和北洋爭辯一番，不怕他們翻臉。但是武漢於我是有深仇大恨的，若是我們拒絕，恐怕武漢是不會和我們談判，而是直接宣布我們叛亂了，到時大家就連退路都斷了。」
文瑞的判斷不錯，蔡鍔此時已經帶兵進駐洛陽，只要西安出現叛亂，他就預備進入陝西平亂，這樣就可以避開北京的阻擾了。對於武漢來說，此前之所以不和北洋爭西北，是因為中原地區尚不穩固，且中原和西北之間交通不便，分兵顯然是削弱了自己的力量。
但是洛陽和西安鐵路開通之後，形勢就出現了變化，此時山西境內的大同-蒲州鐵路正在建設中，成都-漢中鐵路也在建設，這就意味著陝西成了西南和蒙古地區聯繫起來的樞紐，那麼武漢自然是要把陝西納入控制的。
四川、陝西、山西、河南的鐵路網一旦聯通，那麼就等於武漢控制區變成了真正的一塊，不再如之前那麼的分散了。按照林楓同志對於中國工業化的設想，工業化就是對地區資源的重新整合，所以不能建立起一個快捷的交通網，就不能推動工業化的發展。
四川、陝西、山西、河南四省交通網的建立，可不是讓武漢多了四個省的地盤，而是讓武漢多了一片經濟腹地，今後武漢就不僅僅只有武漢一個經濟中心和工業中心了。僅僅依賴於一個武漢工業中心，勞工黨就已經擁有了壓制國內各方勢力的物質基礎，那麼再多幾個這個的工業城市，其他勢力壓根就沒有挑戰武漢的機會了。
而林楓同志對於先修鐵路到西安，而不是先爭奪陝西的控制權，現在也被證明是正確的一步，因為鐵路剛剛修到西安，陝西人就完全倒向了武漢，壓根就用不著什麼武力。
之所以會出現這樣的情況，就是現在的陝西已經不是唐代的陝西，唐代的陝西是真正的天府之國，三百里秦川足夠養活陝西人了。但是清末的陝西幾乎就是災害不斷地貧瘠之地，過度的開發使得陝西地區的植被幾乎下降到了極稀少的程度，不要說土塬上很難儲住水，連號稱三百里秦川的關中平原，都出現了頻頻的乾旱。
陝西適合種植棉花，質量是中國最好的，但是陝西地區的棉布卻不能自給，只能從外地運入。鐵路沒有開通之前，甘肅一百斤麥子價值制錢一千文，但是一斤重的棉布價值七八百文，一戶農民種地一年，就算是風調雨順的年景，也不能給家裡每人置辦一件棉衣。
所以，陝西大部分土地在清末都改種了煙土，相對於煙土的高價，高昂的運輸費又不算什麼了，不管官府如何嚴禁，也很難阻止農民種植。所以當鐵路開通之後，陝西人立刻就傾向了武漢，不僅僅因為武漢有著強大的實力，更重要的是武漢能夠把鐵路修進陝西，這將解決陝西的災害和民生問題。
於是袁世凱愕然發現，武漢不過就是修通了洛陽到西安的鐵路，就把北洋控制的西北地區挖去了一大片，還是西北最為精華的地方。那麼北洋在蘭州做什麼？讓武漢全面控制陝西後，甘肅、寧夏顯然也保不住么。
因此在接到了楊士驤的來電後，袁世凱立刻向武漢提出了抗議，要求武漢把軍隊撤出陝西，且不得干涉陝西的民政和軍政。不過武漢方面卻和北洋踢起了皮球，秦力山代表武漢工農兵委員會回電國務會議，表示武漢並沒有派出軍隊駐軍進入陝西，那是鐵路警察部隊，為了維護鐵路安全設立的治安武裝。
秦力山又在電文中表示，拆除滿城和要求滿人提交人口資料，這是國會對各地滿城下達的決議，北洋作為西北地區的實際控制者，一直不執行國會的命令，現在反倒是對執行國會決議的人員橫加指責，這顯然是政府越界了，而不是他們的問題。
秦力山在電文里繞了半天，就表達了一個意思，讓武漢的人撤出陝西是不可能的，陝西人民有發展的權力，國務會議不應當橫加阻擾。袁世凱還沒來得及對武漢的通電進行反駁，有一個壞消息傳來了，楊士驤暴病去世了，這下北洋在西北的控制權更是搖搖欲墜。
袁世凱一方面需要從北洋內部挑一個合適人員去蘭州接任楊士驤的權力，一方面還要和武漢爭奪陝西的控制權，這其實對他非常的不力。因為當初北洋和武漢是達成了默契而非書面協議，楊士驤是國務會議提名，國會通過的西北軍政最高長官，不是北洋內部的調派。
這就意味著，袁世凱和武漢繼續爭奪陝西的控制權，就有可能遭到武漢對西北主政人選的阻擊，國務會議的提名不能得到國會的通過，那麼袁世凱的任命就無效，估計北洋內部沒有那個會冒這麼大風險接受任命，因為一旦被武漢認為是非法任命，西北搞不好要開戰，沒人會覺得北洋在西北能打得過武漢軍隊。
於是中國的內政因為陝西及西北的控制權出現了矛盾激化，一時之間中國社會的輿論都把目光聚焦在了武漢和北洋的衝突問題上，對於中國和日本的合作的關注大大的降低了。
而在09年六月，朝鮮卻連續爆發了兩個事件，使得中日關係重新變得緊張了起來。第一個事件就是第二次國際和平會議的召開，兩次和平會議的召集人都是俄羅斯帝國，不過第一次和平會議俄羅斯人還沒有在遠東挑起戰爭，所以歐洲各國還是很給俄羅斯人面子的。
但是第一次和平會議之後，俄國就在遠東挑起了戰爭，這一度讓國際和平會議變成了笑話，所以在遠東戰爭結束之後，俄國再次提出召開國際和平會議時，歐洲已經沒啥人願意理會俄羅斯人了。不過波斯尼亞危機，讓英法認為國內對戰爭尚未準備完成，因此保持歐洲和平是有利於自己的，這才改變態度支持俄國召集的第二次國際和平會議。
此次和平會議的舉辦地點還是在荷蘭海牙，雖然名義上是和平，但實質上依然是大國之間的協調，09年六月召開，因為歐洲的緊張局勢，使得大量小國參加了會議，比第一次會議足足多了17個國家代表。
會議開始十天後，三名朝鮮人出現在會場，表示自己是朝鮮國派出的代表，要求在大會上發言，控訴日本對於朝鮮的壓迫。由於各國承認日韓保護協議的合法性，朝鮮沒有獨立外交權，因此三位朝鮮代表的資格不被認可，但是英國人出於破壞日中合作的需要，默許了其他各國支持朝鮮代表在會上發言的提案，於是就出現了海牙密使事件，給日本外交以猛烈一擊。