隨著河原要一逐漸坐穩海軍大臣的位置，海軍內部的爭鬥終於緩和了下來，於是林信義的精力開始集中在了革新團體內部的架構整理上。
雖然在林信義的主張下，革新團體建立起了總評議會和分評議會這樣的上下級組織結構，雖然對於軍隊內部的規則來說已經違規，但是評議會作為一個討論會議的模式，對於成員並沒有強制性的約束力，只是能夠把不服從會議決定的成員開除出會議而已，這個組織的集權程度大致還在海軍上層的容忍範圍之內。
當然，既然組織已經建立起來了，那麼組織的權威自然也就產生了，雖然革新團體主張自己是志同道合者集結在一起的討論會議，並不是什麼真正的政治團體，但實際上大家心裡清楚，會議決定對於成員來說還是有著一定的約束力的，因為你不接受的話就等於是自動離開了組織。
對於日本人來說，加入一個團體其實很難，要麼是血緣關係，要麼是學校的前後輩關係，要麼是工作中的上下級關係，撇開了這三種聯繫之外，一個人很難和另一個陌生人發生聯繫，這就意味著你能加入的團體其實選擇的餘地不大，這也是長州和薩摩兩個派系雖然有著顯赫的倒幕歷史，但是其新生血液卻並沒有支撐起兩個派系的發展，因為這兩個派系的上位者能夠挑選的後輩人才範圍也狹窄的很。
而日本的社會結構其實在明治維新幾十年里並沒有經過大的改變，無非是新貴取代了舊的權貴，上層以內閣體製取代了幕府體制，而在鄉村基層中，村這一基本的社會單位幾乎就沒有變動，畢竟倒幕時期藉助了草莽之力的倒幕聯軍，在維新政府成立的時候又背叛了農民，不肯履行對於農民的承諾，把土地分給農民，而是承認了原來的村頭及商人佔有土地的事實。
維新政府這麼做，一方面是為了儘快的消除幕府的支持者，另一方面則是為了能夠獲得這些地主對維新政府的支持，畢竟給農民分了土地之後，並沒有立刻建立起一個有效的稅收系統，而只有依託原來幕府時代成熟的稅收體制，維新政府才能儘快的拿到稅收，維持自己的生存。
在舊的鄉村體制下，每個村其實就是一個封閉的人情社會，村子裡的人必須要互相幫助才能在高稅收和災荒下生存下來。所以每個村的地頭，雖然有著代表官府向村民收稅和維護治安的權力，但也負責向活不下去的村民發放貸款或救濟。
所以村落在日本鄉民眼中其實和家庭一樣重要，一旦失去了村落的庇護，那麼一家大小必然會失去生存的希望。因此，日本人從小就被灌輸了團體意識，嚴格來說和中國的宗族關係是相類似的，但是日本的村落意識因為不是依賴血源凝聚的，因此會更加認同團體的意識。
於是，加入了革新團體的軍官們壓根不會主動退出，即便是被開除也會讓他們感覺是難以接受的，因為這會壞了自己的名聲，並且很難被其他人所接受，而失去了其他人的認可，在日本這種人情社會中，也就等於是死亡。
能夠無視這種規則的，要麼是有著顯赫家世而不必在意人情關係的，要麼就是自己有著一群鐵杆追隨者，當他離開團體時，不是以個人的名義離開，而是一群人的退出。
比如東條英教，雖然以陸大一期首席而在陸軍中有著不弱的聲望，可當他被長州派趕出陸軍後，他的社會關係差不多就等於被斷開了，這也是東條對於長州派恨之入骨的重要原因。如果不是海軍重新把東條轉回現役，東條除了在家和朋友聚會之外，已經不可能有什麼其他正式的社會活動了。
所以，革新團體改革之後，原本只是一個俱樂部式的革新派聚會，迅速的向一個有著上下級關係的組織轉變了。由於有著林信義的加入，所以這一組織並沒有成為前輩和高級軍官佔據核心的軍隊組織的複製版本，而是變成了以理論提出者和軍中有聲望者佔據核心的模式。
老實說，這一模式其實有些復古了，畢竟在倒幕時代，倒幕志士正是拋棄了門第和上下級武士的地位，以倒幕這個主旨重新組合在一起武士組織。但是在西南戰爭之後，為了進一步加強對於軍人的管束，山縣有朋提出的一系列整頓軍紀的法令，使得幕府時代上下級之間的嚴格等級差異被重新恢複，軍中的高層是沒法在任何場合向下級軍官表示敬意的。
所以，如果沒有林信義的加入，那麼革新派的重組很自然的會按照資歷和軍階來建立核心，但是林信義作為革新理論的提出者，加上有著一批年輕軍官的支持，就使得其他人不得不放棄了按照軍隊的地位來組建革新團體，轉而形成了以海軍三參謀為核心的組織模式，而其他資歷深厚的軍官只能居於核心區域。
當然，這一組織新模式能夠穩定下來，還在於林信義一開始就建立起了自己的威望，推動了亞洲聯合事業的發展。其他人雖然也主張革新海軍，但是他們的目光僅僅只能看到海軍內部，壓根沒有想過自己能夠在海軍之外發揮什麼影響力。
而林信義通過一連串的謀略，卻成功的把海軍內部的革新團體的影響力發展到了海軍之外。至少秋山真之、佐藤鐵太郎、有馬良橘、山路一善這些中高級軍官，之前最大的設想，也就是對海軍大臣和海軍總長施加影響力，從而讓革新團體的一些理論付諸實踐而已。
但是林信義卻撬動了日中印三方合作，並以此成功的穩定住了山本內閣的執政，從而讓日中和解成為可能的選項，那麼接下來針對德國的海上軍事演習一旦真的迫使德國做出了退讓，理論上的亞洲聯合艦隊的建立也就有了可能性。
革新派內部之前對於林信義的亞洲聯合艦隊的設想，一直是覺得不現實的，因為這一聯合艦隊的成立，實質上代表著日本在東亞海上霸權的建立。雖然日本海軍在戰勝了俄國海軍之後，取得了俄國海軍在東亞的控制區域，但並不代表各國就承認東亞海域歸日本管理了。
不管是德國的東亞艦隊，還是英國皇家海軍和法國東亞艦隊，都不會承認自己在東亞的航行是受到日本的保護的。頂多，大家也就是認可日本海軍在東亞海域和他們有著同等權利而已。可一旦亞洲聯合艦隊建立，那麼不管列強是否承認，日本實際上都宣告了自己對於東亞海域的管理權。
那麼列強如果不否認的話，日本領導的亞洲聯合艦隊就在名義上獲得了干預亞洲事務的權力，這對於海軍所主張的南進方針來說，實是巨大的進步。也正因為如此，大家才會覺得不可能，因為不確定的因素太多，只要有一個地方出現問題，那麼就等於是前功盡棄了。
只是現在林信義搞定了三國合作的部分，也搞定了國內的政治和輿論，大家赫然發現，林信義的計畫其實已經解決掉了開頭部分，現在已經可以進行到下一步，就是如何聯合東亞海軍向德國東亞艦隊施壓，迫使德國人放棄山東勢力範圍。
只要這一步能夠過得去，哪怕最終亞洲聯合艦隊沒有建立起來，日本也至少把德國的海上勢力從東北亞地區驅逐出去了，這就意味著上海以北的海域，只剩下日本海軍一支海上大艦隊了。日本周邊的安全範圍，可謂是大大的向外擴張了。
不過就在大家興奮的策劃著如何實施這一場針對德國東亞艦隊的海上演習時，林信義則已經把目光轉向了亞洲合作組織建立的問題上，並以此問題開始了對於革新團體內部的思想整頓。
海軍革新團體中除了一部分大東亞主義者之外，還有一部分則是崇尚大英帝國的帝國主義者，他們的立場其實和陸軍中的大陸擴張主義者沒啥區別，只不過他們主張由海軍而不是陸軍來主導日本帝國的對外擴張行動而已。
這些海軍中的帝國主義者，對於海軍革新的目的就是，讓日本成為東亞的大英帝國，然後把中國變為日本的印度，但是他們又承認日本並無這樣的實力，所以需要先聯合亞洲其他民族的力量把歐洲列強從亞洲驅逐出去，然後日本再順勢建立起對於亞洲的統治。
林信義當下做的事情，就把這些帝國主義者從革新團體內甄別出來，能改造的就加以思想改造，不能改造的就將其邊緣化。而他用以改造革新團體成員思想的工具，正是對於亞洲合作組織建立的思想理論的討論。
在林信義沒有提出這個問題之前，革新團體內部都想當然的認為，亞洲合作組織必然是以日本為頭領的國家合作組織。不過這種想法顯然是一廂情願，因為抱有這種想法的人都沒法解決一個問題，就是亞洲各民族為何要同日本聯手趕走列強，僅僅是為了讓日本人取代歐洲殖民者的地位，這顯然是沒法讓亞洲各民族認同的合作理念。
雖然有人指出，既然是日本幫助這些民族獲得了獨立，那麼這些民族自然也該對日本感恩戴德，他們要是忘恩負義的話，大日本海軍也會施以懲戒，震懾那些試圖反抗日本的背叛者。
不過林信義卻直白的駁斥了這種說法，他提醒這些盲目自大的軍官們道：「日本要是有獨自趕走列強佔據亞洲的實力，那麼我們也就無需建立一個亞洲合作組織。建立亞洲合作組織的根本原因就是，日本不能單獨對付整個西方世界所制定的世界秩序，所以才需要獲得亞洲各民族的幫助而已。
在對抗西方列強的問題上，沒有日本幫助其他民族一說，只能說大家是為了抱團自救而已，因為如果其他亞洲民族被西方列強消滅了，那麼日本也就失去了存在的價值和反抗的能力。
另外，甲午年間我們以恢複朝鮮獨立為由和滿清發起了戰爭，但是朝鮮人民真的感激我們了嗎？當我們表現出想要吞併朝鮮的意圖，朝鮮人寧可投向俄國，也不肯向日本妥協，這就是一個典型的事例。
有朝鮮的例子在前，認為我們協助亞洲其他民族完成獨立，就能獲得對這些民族統治的權力，這顯然是不現實的。至於中國，哪怕沒有我們的幫助，中國以其龐大的人口，遲早會覺醒過來，並把列強從中國的土地上驅逐出去，認為我們可以給中國以自由，這就是盲目的自大了。
所以，以日本本位主義去建立亞洲合作組織，我認為這就是一個不可能實現的幻夢。你想要多大的權力，就得承擔多大的責任，合作意味著日本也將受惠，那麼怎麼能夠說成是日本單方面施加恩惠給其他民族？
我們面前有兩條路可選，為了亞洲合作組織的建立，我們必須要放棄日本本位主義，從亞洲的立場看待這一組織的未來；又或者，為了日本帝國不可冒犯的權威性，寧可單獨面對西方列強，也不需要亞洲其他民族的支持…」
對於這些海軍軍官們來說，林信義的這番話確實很難讓他們接受，畢竟他們從軍的目的是為了強大日本而不是為了解放亞洲。但是對於那些了解林信義在印度經歷的軍官們來說，倒是有些明白為何林信義能夠在英屬印度政府調動了全國軍隊的情況下，居然還能扭轉完全不利的局面，成功的打出了一個東北三邦自治區來。
但是總評議會成員中，除了山屋他人之外，其他人都不願意和林信義正面對抗，山屋他人反對林信義也只是局限於放棄日本本位主義一說上，山屋對於海軍的榮譽感有著較強的維護心理，他認為日本海軍在對抗西方列強上必然是在第一線，因為其他國家都不可能有實力和列強海軍對峙，日本承擔了這樣大的風險，自然就應當獲得更多的利益。
但是除了有馬良橘願意出聲支持他幾句，秋山、佐藤和山路最終都選擇了支持林信義，就算是有馬在最後的表決中也還是支持了林信義。之所以會出現這樣的結果，因為大家都清楚的知道，亞洲合作組織的建立，實際上已經成為了革新團體能否取得對海軍革新主導權的關鍵。
如果革新團體成功的主導了亞洲合作組織的建立，那麼不僅在亞洲聯合艦隊上他們將獲得極大的發言權，也可以藉此推動海軍內部的革新，以適應亞洲合作組織這個機制。而這個項目要是幹不成，那麼革新團體就得退回到之前的位置，雖然在海軍中有著不小的聲勢，但想要讓海軍跟著革新團體的步驟走，多半是不可能了。
那麼能幹成這一件事的會是誰？顯然是林信義而不是主張日本本位主義的山屋，雖然山屋說的很好，但是這些理由只能說服日本人，不能說服亞洲其他民族。事實上，在聯繫日中印三國合作的問題上，其他人壓根就找不到插手的機會，完全是林信義一人促成的，要是林信義甩手不幹，大家除了開會扯皮外，就拿不出什麼合適的計畫來。
所以在現實的利益面前，核心成員果斷的放棄了日本第一的想法。山屋他人雖然反對，但終究還是表示自己服從會議決議，即不會堅持自己的主張而不接受會議決議。山屋既然不能堅持自己的原則，下面那些激進的帝國主義者自然就更加鬧不出什麼風聲了。
而在這一次的會議決議上，林信義也連續開會提出了自己對於亞洲合作組織的一系列設想，比如他主張應當把亞洲合作組織分為三個半獨立的系統，類似於人的大腦、骨架和血肉。大腦指的是各國能夠坐下討論的安全會議，該會議決定了亞洲合作組織的政治和軍事方向；骨架指的是亞洲聯合艦隊即附屬武裝力量，用於亞洲安全問題；血肉則是指亞洲聯合艦隊的後勤系統及安全會議下的具體部門。
林信義主張安全會議分為核心成員及非核心成員，核心成員具有一票否決權及軍事指揮權，對於重大問題可以召開閉門會議以進行小範圍的討論。非核心成員擁有發言權和表決權，但不能反對核心成員的否決權。
這一主張極大的吸引了革新團體的成員，至少佐藤鐵太郎就半公開的評價道：「林中佐看起來要給其他國家民族以平等，但實際上他設置了一個無效的平等表決，在重大事項上，其實是核心成員說了算…」