當林信義退下之後，會議室內的諸人看著他留在牆上的地圖一時都陷入了沉思。全程沒怎麼出聲的松方正義認為，這場會議的結果已經在林信義提出大陸縱貫線計畫後就註定了，除了陸軍外，其他各方都能從這個新計畫中受益，這就意味著大家至少不會再反對海軍的主張。
於是海軍手上就拿到了兩張牌，繼續維持對外擴張的路線，那麼海軍的造艦計畫就會獲得優先權，如果轉入國內建設路線，那麼現在海軍提出的充實重工業基礎的方案最為成熟，如果陸軍真的要選擇一條國內建設的路線，也必然要選擇優先重工業化的路線。
這樣一來，海軍就站在了不敗之地，而陸軍所面臨的選擇就很困難了，一意孤行只會讓陸軍更加激起國民的反感，屈從於海軍的主張，也就意味著西南戰爭以來陸軍所建立的對海軍的優勢地位不復存在了。陸軍的面前已經看不到什麼勝利的路線，只有小輸或大輸的局面。
想到這裡，原本還想先觀望一下形勢的松方正義終於出聲打破了會議室內的沉悶氣氛說道：「海軍提出的大陸縱貫線計畫，我認為是合理的。如果沒有其他方案的話，我看不如就以此計畫作為基礎，進行討論吧。」
井上馨遲疑了一下，也點頭附和道：「確實，海軍提出的方案至少是目前唯一可行之策，若無他策可做比較，那麼不如就專註於此案之討論。」
在國民對私鐵國有化方案如此反感的輿論下，井上也覺得短時間內私鐵國有化方案應該是實行不了了，而大陸縱貫線計畫至少可以挽救一部分私人鐵道公司，並將日本的鐵道資本向大陸輸出，這至少是一失一得的局面，而支持陸軍繼續蠻幹，則完全看不到希望，井上自然不會為了陸軍的面子而損失自己的利益。
山縣有朋掃視了一眼寺內正毅和其他長州派官僚，但發覺這些人都避開了他的目光，一時內心也是百感交集。躲開山縣目光的寺內正毅也是真的無奈，倒不是說他被林信義的計畫說服了，而是他從林信義的講述中意識到了海軍反對繼續戰爭的堅定決心。
只要海軍對於繼續戰爭還有半點猶豫，那麼他都還能再爭論一番，畢竟到了最後也不過是陸海軍共同承擔責任，國民總不能同時追究陸海軍的責任吧？可海軍現在的舉動已經表明了和陸軍的切割，這就意味著繼續戰爭只是陸軍一家的主張，那麼接下來戰爭落入不利形勢的話，海軍聯合政府對陸軍進行清算，他可承擔不起這個責任。
究竟是屈服於軍中將校的意見向政府表示強硬姿態，還是服從於政府的建議而壓制軍中將校之不滿，這取決於雙方誰更能打擊他這位陸軍大臣，而不是在於哪一方更有道理。這可不是寺內正毅的個人看法，而是山縣有朋所塑造的陸軍個性就是如此。
《軍人敕諭》這種東西雖然有利於山縣控制軍隊，但也徹底摧毀了這支軍隊的責任感和道德感，在這種緊要關頭，寺內理所當然的把決定權留給了山縣元老，到底要不要從清水寺的高台跳下去，這當然是山縣有朋才能決定的問題，下面的人只要盲從就好。
山縣有朋畢竟是老邁了，面對林信義拋出的大量新思想和新術語，他也只能勉強記個大概，並不能很快的理清這個計畫背後所代表的真意，但憑藉過去的人生經歷他也能意識到，海軍必然有用這個計畫打擊陸軍的意圖，不僅僅只是明面上否定了陸軍的大陸政策。
但是寺內存在的顧慮他也同樣存在，否定大陸縱貫線的計畫並不困難，可否定這個計畫之後才是他和陸軍最困難的時候，陸軍若是拿不出一個可以解決當下內外困局的新方案，那麼當大陸戰爭再度爆發且陸軍處於不利境地時，陸軍就會被排斥出決策圈。
山縣有朋還是明白一點的，他和陸軍之間的緊密聯繫就在於他是陸軍在帝國決策層的代表，一旦他被排擠出帝國的決策圈子，那麼他對於陸軍的影響力就會迅速衰退下去，陸軍內部的長州派和非長州派將校就會出現分裂。
為什麼他一直堅持增加陸軍師團的編製，其實理由和山本權兵衛的造艦理由是一樣的，就是為了安置那些軍中的少壯派，軍校的設置給陸海軍提供了大量的軍事人才，但是這種成批培養軍事人才的教育模式，顯然不是過去藩閥軍隊的人事關係能夠處理的，比如林信義這樣的年輕軍官，難道能夠忍受不如自己的同期位居自己之上嗎？
不願意對舊的人事關係進行變革，那麼就只能創造新的崗位來容納這些年輕人，否則就會出現下克上的事件。日清戰爭之前的竹橋事件，就是負責警衛皇宮任務的近衛炮兵部隊發生叛亂，起因不過是因為工資和福利被削減。
山縣有朋衡量再三，最終也只能說出一個字「可」。元老們一致同意在海軍的方案上進行討論，對於西園寺公望來說無疑是一個好消息，他其實已經打算辭職，但是他不希望和桂太郎一樣灰溜溜的下台，至少也要解決從大陸撤軍的問題，那麼本屆內閣至少不是一事無成，下一次還可再捲土重來。
會後，西園寺寫信給朝鮮的伊藤博文，除了彙報今次會議的結果外，對林信義也給與了極高的評價，但也不無擔心的提道：「海軍中能夠出現如此具有國際視野的人才確實是國家之幸，但是海軍中再出現一個類似西鄉隆盛式的領袖，對於皇室的權威卻也是一種威脅，如元老這樣具有左右國政力量的人物，當隨著我等老去而自然消失於政治，後人當在我等所制定的政治框架內行事，國家才能安定久治…」
西園寺給伊藤寫這封信的意圖，就是希望藉助伊藤博文的智慧，一方面拉近林信義所代表的海軍新生代力量和皇室之間的關係，另一方面則是希望能夠在海軍內部扶植不同的聲音。西園寺知道，這些都是自己做不到的事情，所以只能把難題上交給伊藤博文了。
西園寺首相把林信義看成是海軍中的小西鄉，其實山縣有朋也有同樣的感覺。在會議結束回去的路上，和他同坐一輛馬車的寺內正毅向他表示了對於海軍動向的擔憂，山縣有朋心神不寧的回道：「林信義確實比山本權兵衛和伊東祐亨更加的危險，他和西鄉一樣，具有讓海軍歸於一的力量…田中不如他啊。」
寺內正毅認同山縣有朋的判斷，田中義一的能力雖然不錯，但也只能做一做計畫，他身上缺乏一種必定能成功的精神力量，這也是他和桂太郎不看好田中的原因，這個人缺乏領袖的氣質，只能做個參謀之類的輔佐人員。
當然，這種領袖氣質也不是隨便哪個人身上就有的，只有真正敢於承擔起責任的人，經常的做出獨立的判斷的人，才會有那種讓人信服的精神力量。所以在倒幕戰爭期間，倒幕派這邊英傑輩出，生生壓制住了擁有著強大軍力和人力資源的幕府軍，幕府軍這邊不是沒有人才，而是缺乏敢於承擔起責任的領袖。
隨著明治維新政府走入正軌，軍隊在思想上和制度上都進行了嚴厲的整訓，於是擁有獨立判斷的將領就越來越少了，唯上命是從的軍官倒是成為了主流，想要反抗上命和軍中制度，只能拿起忠君這塊遮羞布了。是否忠誠於天皇並不是獨立思考，而是比誰更加的服從天皇的真正心意。
就算是寺內正毅，有時也不得不屈服於陸軍、長州派、自己小團體的利益，畢竟像他們這樣功成名就的人物誰沒有一大家子要養呢？伊藤元老都快把家裡變成藝妓館了，而松方元老甚至連自己有多少個子女都搞不清。現在已經不是孤家寡人去拼明天的時候了，想法設法保住現在的地位才是第一要務。
仔細考慮了一下陸軍中年輕的一輩，寺內正毅也只能點頭贊同道：「陸軍中或者有不畏懼犧牲的年輕人，也有長於謀劃的年輕人，但兼具兩者且能領導他人的人物確實沒有。以他三十不到的年紀，至少在海軍中能幹上三十年吧，這對於陸軍來說確實是個大、麻煩啊。」
山縣有朋沉默了好一會，方才緩緩說道：「若是讓他入宮，你覺得怎麼樣？」
寺內正毅遲疑了一下道：「擔任陛下的侍從嗎？陛下應該會把他安排給皇太子吧？雖然這可以讓他暫時離開海軍，可是皇太子繼位之後，也許會變成更加麻煩的局面。要是能夠讓他去擔任外交武官就好了，即可以避免他在海軍中擴大影響力，也不至於和宮內建立關係。」
山縣有朋嘆了口氣道：「若是山本權兵衛不看好林信義倒還有可能，不過就今天的會議來看，山本和伊東應該是達成了什麼協議，外交武官對於林信義來說就是放逐，除非他自己主動要求，否則就不可能通過這樣的調動命令。也只能再等等看了…」
5月9日，宮內對西園寺首相提交的會議紀要進行了答覆，西園寺內閣於當日晚向北京公使館發出了長電報，第二天上午駐華公使林權助向中國政府提交了撤兵通知書。
不過林權助同時向外交部長唐紹儀錶示：日本撤兵並不是畏懼和中國開戰，只是不忍東亞大地再度陷入戰火，從而破壞了日中兩國的友邦關係，因此日本不會放棄自己在戰爭中應當獲得的利益，日本也有能力維護這些利益。
對於林權助的威嚇之言，袁世凱並沒有往心裡去，日軍願意撤退對他來說就是當下最好的消息，這就意味著他不必時時擔心被日軍和武漢夾擊了。
當然，袁世凱也對唐紹儀這樣講：「日本人在東北丟下了這麼多人命，想要讓他們兩手空空回去也不現實。日本和中國雖然不是日本人講的友好鄰邦，但和平共處總比身邊有一個時時想要打過來的惡鄰強，領土主權不可讓，其他方面讓一步倒是無妨。」
雖然日軍走的心不甘情不願，還留下了不少關於東北利益的爭端，但是對於中國社會各階層來說，日軍的撤離代表著戰爭終於結束，意味著中國自鴉片戰爭以來，第一次拿回了被列強強佔的利益，這可真是破天荒的頭一回，對於滿清的消亡一時也無人再關心了。
在和平消息的刺|激下，國民大會議也終於通過了新國家的組成的決議，即22行省，2府，5特別行政區，4地方和3地區。外黑龍江地區、濱海地區、琉球地區、南海諸島為地位待定。這裡的兩府指的是北京和武漢，5特別行政區為川邊、熱河、綏遠、察哈爾及山南。
在國號的取名上，以孫中山為首的同盟會提出的中華民國贏得了多數人的支持。一在於孫在美國發表演講時最早提出了中華民國一語，因此對於革命黨人來說，推翻滿清建立中華民國已經形成了一种放射性的本能；二在於，武漢方面的章太炎發表了《中華民國解》一文，從歷史文獻中證明了此國號代表中國最佳；三在於袁世凱不願意讓武漢提出的人民共和國成為新國號，因為他把武漢當成了北洋的首要對手。
勞工黨內部經過商議後，最終在國號上做出了妥協，以便儘快完成創建新國家的程序，好進行國家發展方向問題的討論。在這一問題上，武漢和孫文帶領的廣東同盟會達成了一致，就是重工業優先，鐵路建設優先。
同盟會雖然名義上是一個組織，但是實際上隨著滿清朝廷的倒台，同盟會已經四分五裂，重新恢複到了各自為戰的地步。除了江浙滬和廣東的同盟會還有些抱團，其他各省的同盟會甚至連省內都團結不起來，畢竟在滿清垮台之後，同盟會就失去了共同的奮鬥目標，眼下大家都想要在新政府內謀求一個職位，自然誰都不願意被人代表，只想代表著其他人。
所以，在中華民國建立之後該怎麼發展，各省同盟會代表都是意見不一的，許多人甚至都傾向於北洋的維持舊制，然後對工商業進行鼓勵，但政府不做經營上的干涉。江浙一帶的代表則主張對農業進行和平的改造，優先發展紡織業和糧食加工工業。
只有廣東的孫中山等人，因為見識過美國的工業發展速度，因此提出了鐵路優先的工業發展路線。當然，孫中山等人對於美國的工業發展也只是浮光掠影，壓根沒有深入的進行過研究，因此只知道發展鋼鐵工業、鐵路建設比較重要，但不知該如何去發展。
在這方面，武漢才是真正具有建設經驗，並真正的提出了一條具體的以重化工工業優先的工業化路線。設立4個國家級別的工業中心，以確保國防安全和領導國家工業的技術水平；設立一批地方工業中心，以帶動地方經濟的發展。建設鐵路幹線，將以上工業中心和資源產地、市場及港口相連接。
4個國家級別的工業中心，武漢主張設置於哈爾濱、瀋陽-遼陽、北京-天津、武漢。鐵路幹線則以三橫：大連-哈爾濱-海蘭泡；天津-北京-張家口-庫倫-貝加爾湖；連雲港-洛陽-西安-蘭州-烏魯木齊-塔城；四縱：海參崴-哈爾濱-庫倫-烏魯木齊-伊犁；琿春-吉林-長春-赤峰-張家口-大同-西安-漢中-成都-貴陽-昆明；丹東-瀋陽-天津-北京-鄭州-武漢-長沙-廣州；天津-濟南-南京-上海-杭州-金華-南昌。
三橫四縱鐵路幹線已經覆蓋了中國內陸的絕大多數地區，除了青海、西藏、山南地區，但這已經是一個相當龐大的建設規劃，滿清和俄國人此前所建設的鐵路線，充其量只能滿足一橫一縱而已。不過這依然比孫中山提出的全國鐵路網計畫合理，孫以公平公正的方式，把全國各大中城市都用鐵路連在了一起。
最終武漢提出的工業優先發展方案獲得了通過，但是想要推動這一龐大的工業和基礎建設歸化，光憑國內的資本是難以維繫的。因此武漢方面又推出了籌措建設資金的三個方案，第一個方案是縮軍，並對軍費的使用進行預算決算審計；第二個方案是推動土地改革及稅收改革；第三個方案是組建國家工業投資基金會，向海內外發行建設公債。
除了第二條遭到了大多數人的反對外，第一條和第三條都得到了多數人的支持。袁世凱對於縮軍則是有喜有憂，雖然他不指望自己能夠指揮到武漢的軍隊，但至少對軍隊的整頓，使得所有正規軍都在名義上隸屬於國家，他至少能夠干涉下其他地區的軍隊人事。且武漢的財政要比北洋良好的多，任意擴軍的話，北洋肯定是比不過武漢的，武漢願意縮減軍隊，倒是極大的減輕了他的壓力。不過他所擔憂的是，這樣一來他也沒法擴充軍隊以提升北洋的實力了。
不過袁世凱思考再三後還是決定和武漢達成妥協，只要武漢願意把軍隊裁到和北洋相同的數量，那麼他就接受武漢的裁軍建議。這可正中武漢的下懷，和袁世凱對於正規軍的看重不同，武漢這邊其實更注重對民兵的訓練，因為此前職業軍官們表現出的反動性，讓勞工黨覺得只有民兵才是無產階級最可靠的武力，要不是許多技術部隊必須要以職業軍隊才能保留戰鬥力，勞工黨一度試圖在平時只保留少量的職業軍官和後勤部門，戰時才予以擴充軍隊。
袁世凱想要壓縮武漢的軍隊數量，對於勞工黨來說真不是什麼壞事，不少軍隊完全可以就地轉為建設兵團，在邊疆一邊建設一邊保衛家園。所以雙方很快就達成了一致，北洋和武漢各保留六師，其他地區保留七師，總計編練19師，比滿清的36鎮計畫減少了近一半。
這樣一來，陸海軍的軍費也就降低到了不到7000萬元，也就是國家財政收入12%不到。中國方面宣布縮軍的消息，進一步刺|激了日本的國民，許多人都認為，只有中國人口十分之一的日本，陸軍的兵力卻幾乎和中國相當，這實在是有些窮兵黷武了。