11月中旬，國會就戊戌政變一案做了一個調查結論，認為此次政變是一次個別人員的在私慾下驅動的叛亂行為，國會否認了太后有指揮軍隊干涉國政的權力，也不承認其非法獲得的訓政權力。
國會認定榮祿與慶親王奕劻為主謀，參與者為懷塔布、立山等人，提出了剝奪榮祿一切加恩，並沒收其全部家產，奕劻廢為庶人，取消慶親王一系爵位，凡參與者一概廢除爵位及革去職位，並要求生者三日內離開京城，終身不得回京。隨即國會提出了廢除慈禧尊號的議案，以作為其發動戊戌政變之懲罰。
秦力山為戊戌六君子翻案的舉動並沒有遇到多少抗議的聲音，因為在之前數個專案下，不要說後黨，滿人在京的勢力幾乎都被一網打盡了，這一次判定戊戌政變為叛亂行動，實際上不過是給後黨蓋棺定論，重要的不是追究後黨的責任，這些後黨之前就被拿走了位置，現在則是給他們的棺材板上釘上了最後一顆鐵釘而已。
不過對於秦力山提出的廢除慈禧尊號的議案，還是遭到了一部分守舊力量的抵抗。暫時國會的名額約為400餘人，朝廷指定的大約為200餘人，武漢方面推薦了五六十人，地方上挑選了一百五六十人。而朝廷指定的這200餘人中，宗室王公世爵、外藩王公世爵、滿漢世爵、宗室覺羅、各部院衙門官、碩學通儒、多額納稅議員就達到了98人。
雖然此前通過專案，有五六十名貴族議員被解除了議員身份，但也還有一百多效忠於朝廷的守舊派議員，只不過之前武漢打著皇帝的名號清理後黨，這些人也不敢跳出來，因為後黨的名聲已經完全臭了，站過去不過是給武漢送人頭而已。
但是等秦力山把目標轉向慈禧身上後，這些守舊派終於坐不住了，他們拿出了三綱五常中的孝道為武器抵抗武漢對慈禧的清算。
守舊派之所以要保住慈禧的尊號，因為他們很清楚，清算慈禧並不是武漢的真正目標，一旦慈禧這面大旗倒下了，那麼接下來被慈禧所提拔的人員，或是在慈禧訓政時沒有提出反對的人員，這一刻都成為了有失道德立場的逆臣。
有了這樣的大義在手，本就傾向於對有產者進行嚴厲打擊的武漢，就等於掌握了道德上的制高點，他們甚至都無法拿三綱五常來辯解自己的行為是正當的。哪怕是那些一直和守舊派不合的立憲派，對於是否廢除慈禧尊號一事，也表現的相當慎重。
只是袁世凱在這個問題上保持了沉默，不管是皇帝或是太后他都背叛了，此時出面去阻止武漢對太后的清算，不過是更加增添了光緒對他的厭惡，也不會得到慈禧的諒解，難道慈禧翻盤後還會饒過他嗎？武漢的出頭，實際上就是在為他解除後顧之憂。
事實上，袁世凱一度都做好了慈禧暴斃的局面，畢竟宮內被國會這樣大整頓了一次後，慈禧要是不明不白的死去，也沒人會跳出來為其抱怨。只不過武漢看起來更想要在政治上殺死慈禧，而不是在肉體上殺死她。
袁世凱的漠視，最終讓秦力山贏得了最後的勝利，11月27日，國會以微弱的票數通過了廢除慈禧尊號的議案，該議案送到光緒面前後，不到一個小時就簽字送出來了。
據說，梁啟超一度想要阻止光緒簽署這一議案，因為他認為光緒和慈禧之間的母子關係是沒法改變的，以子非母，日後史書上恐不好看。不過邊上的康有為則不以為然的說道：「事已至此，那裡還有什麼母子，皇上繼承的是文宗皇帝的皇位，太后不過是庶母，孝貞顯皇后才是嫡母…」
光緒本身就是贊成廢除太后尊號的，他比誰都害怕讓太后再度翻盤，而有沒有這個尊號，對於太后的聲望來說區別是很大的。而且他現在是遵從了國會的決定，他認為自己並不需要負擔起多大的責任。
而在光緒簽署了廢除太后尊號的議案後，秦力山立刻又提出了改組國會案，認為當前國會內的一部分議員既不能代表皇上，又不能代表國民，不過是些出賣了漢人利益的滿人奴才，因此他們不應當站在這裡代表國民。
此次改組並不是解散後重新進行推選，而是按照了廢除太后尊號的表決案，把所有的反對議員一概免去議員身份，然後再進行補選。此次補選並不是按照地域進行的，而是給了各方政治勢力一定的名額，令其自行推薦代表進入議會。
這個各方勢力，實際上就是武漢、北洋、江浙立憲派、革命黨、地方督撫，滿人、蒙人被排斥在外了。北洋和江浙立憲派對於這個改組國會方案表示了支持，革命黨和地方督撫雖然對名額的分配表示了不滿，但最終還是選擇了接受，只有在京城的滿蒙親貴大聲抗議，但卻毫無效果。
就在11月份，關內各滿洲將軍匯聚在了北京，在國會的逼迫下，這些滿洲將軍不得不接受了拆除滿城，以消除地方上的滿漢差異，並對旗務進行改組的要求。
成都滿城被要求作為試點，優先進行拆除，並令成都滿人自行擇業，在給與了一定的補助後，國家不再對成都滿城提供任何旗餉。
雖然消息傳開後各地滿人都走上了街頭表示了自己的不滿，但他們抗議並沒有得到漢人的同情，反而讓各地群眾上街慶祝了起來。面對這一場面，各地滿人這才感到了懼意，紛紛散去各自回家了。而那些滿人中的知識分子，特別是留學東京的滿人，開始自行辦報以宣揚起民族團結來了。
比如旗人在東京所辦之《大同報》，開始積極支持國內實現君主立憲，召開國會以「融合滿漢」，倡導「蒙回同化」等主張。當然，他們並不是因為君主立憲制度先進才支持立憲，也不是認為滿漢蒙回本為一體而主張各民族合一，這些旗人不過是看到漢人的力量越來強勢，而旗人已經沒有翻身的機會，所以想要儘可能的逃過被清算的命運而已。
比如滿人親貴為了應對此種局面就組織了宗社黨，妄圖獲得外部的力量以剿滅漢人之勢力，重新安定滿人之天下，再不濟也當割據西北建立一個新滿洲國。為什麼是西北而不是東北，因為宗社黨並沒有勇氣去同俄人、日人爭奪滿洲主權，他們甚至都不敢要求外蒙的主權，他們倒是覺得自己有資格把西北當成自己的財產。
慈禧尊號被廢除，實際上不僅僅讓後黨徹底垮台，也代表著同治中興以來滿人和漢人督撫聯合統治局面的瓦解。大清國的國號雖然還在，但是大清的體制其實已經破產了，光緒所代表的皇權已經無法對武漢和北洋這樣的軍政集團施加什麼影響力了。
最先反應過來的人其實是梁啟超，當滿人親貴在私下組建宗社黨，鼓吹什麼要割據西北的時候，他突然意識到滿人此時已經沒法再支撐起光緒的親政局面了，因為滿人和漢人之間已經沒法再互相信任了。宗社黨的主張，實際上就是迫使漢人徹底拋棄滿人，因為割據不符合漢人大一統的觀念，偏安一隅對於漢人來說就是慢性死亡，因為任何一個大一統王朝都不可能接受身邊建立起什麼小國。
同治中興的局面之所以能夠出現，就是滿人一直沒有拋棄大一統王朝的觀念，所以漢人和滿人還能在這一觀念下共存下去，假如滿人在太平天國時期就搞什麼滿人的滿洲國，那麼大清早就完蛋了。
去年，梁啟超和革命黨、勞工黨在報紙上進行論戰，最終從開明專制轉向了君主立憲，當時他就意識到，皇帝親政來推動改革的局面已經很難出現了，因為戊戌變法的失敗使得漢人的知識分子正轉向更加激進的暴力革命道路。
像孫文這樣的老革命黨，雖然主張要以暴力革命推翻滿清朝廷，但好歹還表示要保護有產者的利益。而田均一、秦力山這些新革命黨，則已經把中國的落後和愚昧同地主階級綁在了一起，他們不僅要推翻滿清王朝，還要連地主階級也一併清理掉。
在這樣的情況下講開明專制，顯然是不能引起民眾多少興趣了，因為民眾更喜歡革命黨的激進主張。所以，梁啟超在公開的辯論後，迅速的從開明專制道路轉向了立憲君主制度，但還是主張，「夫以吾所忖度，則君主立憲制，非十年乃至二十年以後不能實行。」
梁啟超講這句話的時候，慈禧的地位還是穩固的，他是真的沒想到，中俄戰爭的爆發會讓慈禧這麼快速的失去自己的統治，讓光緒終於從軟禁中掙脫了出來。因此他見了光緒後，就為光緒獻上了「考察憲政奏議」，「凡二十萬言內外」，希望光緒能夠主動提出立憲之議，從而真正掌握住中國的權力。
但是在武漢把慈禧的尊號廢除，徹底的打破了滿漢之間那點政治上的聯繫後，他又改變了想法，向光緒建議，「應當速定憲法，以安國體。」
武漢對於皇權的步步進逼，不僅梁啟超感受到了，袁世凱同樣也感受到了。國會廢除慈禧的尊號後，皇權的威信是大大的跌落了，而國會代表國民的一種形象開始深入人心。哪怕是那些反感勞工黨的立憲派人士，也並不反對武漢對削去太后尊號的操作，他們認為國會還是有這個權力的。
只是這樣一來，袁世凱就感覺自己頭上懸上了一把寶劍。既然國會連太后的尊號都能削去，那麼國會有沒有免去他這個國務會議主席的權力？