1906年7月4日，在日本偷襲了旅順口大半個月後，在太平洋的另一邊，一名巴拿馬商人曼紐爾.阿馬多爾帶著幾十名鐵路工人和消防員組成的所謂起義部隊在巴拿馬城宣布起義。
不過在外人看起來，這場起義更像是一場鬧劇，因為當地的駐軍壓根就沒有朝這些起義部隊射擊，雖然他們是開了槍的，可槍口卻是朝著天空的，難道是當地的駐軍贊同巴拿馬獨立嗎？顯然不是，因為這些駐軍之後並沒有加入起義，而是從曼紐爾.阿馬多爾手中拿走了50美元就放下了手中的武器。
這是一場在法國人和美國人支持下的金元起義，擁有巴拿馬運河修築權的法國公司代表菲利普.博諾.瓦里拉和美國律師威廉.克倫威爾給曼紐爾.阿馬多爾提供了大量的支援，讓這位商人拿錢收買了巴拿馬城駐軍的指揮官和巴拿馬州州長，在起義這天主動被捕。
所以曼紐爾.阿馬多爾發表的獨立講話是這樣的，「昨天，我們是哥倫比亞的奴隸，今天，我們自由了。西奧多.羅斯福總統兌現了他的諾言。巴拿馬共和國萬歲！羅斯福總統萬歲！」
三天後，美國軍隊就登陸了巴拿馬，阻止了哥倫比亞軍隊進攻這裡，這自然引起了哥倫比亞政府的極大憤慨，他們要求美國撤離軍隊但遭到了美國政府的拒絕，美國政府不僅立刻承認了巴拿馬的獨立，並立即就與巴拿馬新政府展開有關運河建設的談判。
哥倫比亞政府試圖向日本政府求援，過去三年里正是日本人保證了巴拿馬地區的安寧，但是日本政府也只能表示了遺憾，因為日俄戰爭的爆發，使得日本沒法繼續和美國就巴拿馬運河問題糾纏下去了。
同樣的，美國人雖然抓住日俄戰爭的機會啟動了巴拿馬獨立運動，但也無意太過刺|激日本人，畢竟在夏威夷群島的問題上，他們已經刺|激過日本人一次了。
而在巴拿馬運河沒有完成之前，美國在太平洋地區的力量太過薄弱，難以對抗日本在太平洋上的力量，再加上加州的日本移民問題及今年4月份的舊金山地震，哪怕日俄戰爭已經爆發，美國人也不敢掉以輕心，生怕日本人真的發了神經的話，他們還真沒什麼好的方式去處理同日本的衝突。
美國人的行動給了日本政府很大的壓力，假如是過去的日本政府，雖然會對美國的行動感到不滿，但也看不清美國在太平洋上的戰略。但是作為海軍領導的現政府，在海軍研討會的研究報告下，已經開始了解美國的太平洋戰略到底是什麼，自然知道巴拿馬運河一旦建成，就是美國海軍在太平洋擴張的開始。
也就是說，美國人放棄了和英國爭奪大西洋的權力，但卻瞄準了日本在太平洋上的權力，美日之間的矛盾開始上升了。舊金山地震之後，美國人借口學校資源不足，把日本學生安排進了中國人和韓國人的學校，這就引起了日本移民的不滿，因為日本人認為自己應當和白種人擁有同樣的地位，而不是和被歧視的黃種人站在一起。
也就是因為現在還在戰爭期間，日本國民把注意力都集中在了對俄戰爭上，才沒有把這一問題上升為日美的外交問題，但在伊東首相等人看來，美國無疑已經開始對西海岸的日本移民下手，打算排擠這裡的日本移民，好在運河開通後往該地區遷移更多的白種人。
不過對於日本外務省來說，日美關係此時還不是日本外交的中心，當前對日本來說最重要的外交還是日中外交，甚至連日英外交都不得不暫時放在第二位了。為什麼日中外交關係突然變得如此重要了，因為中國以黃種人的身份擊敗了英俄兩個白種人的國家。
假如說中國對英國的衝突還不能說是黃種人對白種人的戰爭，畢竟印度人也是黃種人，英國在印度主要使用的還是印度人而不是本土的英國人，所以英屬印度的失敗對於白人世界來說還不夠震撼，但是中國人圍困並迫使一整支俄國軍隊投降，這就是白種人真正的失敗了。
日本駐北京武官橫川省三大佐觀察了俄軍俘虜穿過北京城的行動，「…向來對國家漠不關心的中國平民，在這一刻也突然為之歡呼了起來。
中國人向來有圍觀的習慣，特別是對菜市口行刑充滿了興趣，不過這種圍觀只是一種興趣並不代表他們對犯人的關心，他們所關注的是犯人在行刑前所表現出的各種情緒和劊子手的技術如何。當然這也和清政府嚴厲的言論管制有關，平民不願意關心犯人所犯事由，以避免讓自己陷入麻煩之中。
但是武漢的崛起破壞了清國這種一潭死水的局面，現在在北京的街頭巷尾，百姓越來越喜歡談論國家大事，而清政府則對此無能為力，因為他們的強勢已經為武漢所擊破，中國人喜歡給自己留後路，哪怕是那些滿洲的上層人士，他們也不會選擇和這個老大帝國一起埋葬…
言論的自由帶來了民權的伸張，而這一次武漢的大捷則又進一步刺|激了民眾的國族意識…當成排的俄國俘虜垂頭喪氣的從這些中國人面前走過時，比叫喊一千次排滿興漢的口號更能刺|激中國人的神經…
現在的中國就如同江戶無血開城時期的日本，強大的幕府被推翻了，被幕府所壓制的日本人，突然發覺自己的力量足以改變這個世界，於是明治日本誕生了。現在，一個新的中國也正在我們眼前誕生。」
日本的外交官是第一個感受到這個新的中國在誕生的，駐華公使內田康哉是陸奧宗光所賞識的帝國大學的人才，從1896年前來中國從事外交工作，中間擔任了一段時期的外交次官，1901年又返回中國開始擔任日本駐華公使，一直都是對華外交的主導者。
他也是對華情報網的組織者，甲午戰爭之後，日本的對華情報其實已經陷入了停頓階段。因為日本上層認為對華作戰已經結束，因此對中國的情報也就沒必要再進行統合，於是對華情報就分散在了各個組織手中，這樣一來對華情報的收集就開始變得碎片化了。
內田康哉就任駐華公使後，因為他是支持對俄開戰的外交官，認為對中俄的情報收集工作不能不整合起來，否則就沒法搞清楚中俄之間的關係到底是怎麼樣的，於是便開始主動的把外務省和軍部的情報統合在一起，形成了一個較有效率的情報網。
應該來說，內田康哉的這個情報網對於北洋集團的滲透，對於北京城的滲透，對於北京宮廷的滲透都是卓有成效的，青木宣純之於袁世凱，島川毅三郎之於宮廷，都取得了相當不俗的成績。但是武漢的崛起打破了內田康哉所營造起來的對華情報收集的網路，令其和外務省都對中國政局失去了正確的判斷力。
比如說，在日本加入戰爭之前，外務省和內田都認為，迫使袁世凱和清政府向日本求援是可行的，因為清政府和北洋都需要獲得日本的支持來對抗內外敵人，不止是俄國人，還包括武漢在內。
但是，外務省和內田都沒有預料到，武漢的力量已經超出了他們的預料，而滿人的力量卻是如此之薄弱，這就使得他們所設想的清政府和北洋對抗武漢的局面並沒有形成。武漢以其強大的實力，對俄西路軍的毀滅性圍殲，讓北洋不得不尋求國內的妥協，而清政府的無能，也使得北洋對清政府離心離德。
於是，武漢就開始操縱國會對朝廷發起了挑戰。老實說，其實日本人對於中國的國會並不看好，因為清政府把太多的政治勢力排斥在外，把所謂的良紳納入了國會之內。在日本人看來，這個所謂的中國國會並不能代表中國各方勢力，也不能代表國民，只不過是一群對朝廷唯唯諾諾的應聲蟲。
但是所謂的良紳是因為屈服於朝廷的權威，而不是說他們對滿人抱有多大的忠誠，當武漢表現出自己的力量，而北洋又開始遠離朝廷後，這些良紳們立刻就倒向了武漢。於是，清政府頂著各地開明士紳和革命派罵名組建的國會，現在卻成為了武漢對抗朝廷的地方，這確實相當的諷刺。
不過日本人很快就沒法看熱鬧了，因為這個國會很快就成為了令他們感到頭疼的一個存在。首先袁世凱把邀請日本參戰的議案交給了國會審核，結果國會一直拖到了日本向旅順口發起了偷襲，才匆忙通過了這樣一個對日本參戰的聲明。
「…滿洲和關東州、烏蘇里江以東海岸皆為尼布楚條約所規定的中國領土，我國對這些領土上所居住的平民負有保護責任…我國能夠理解俄羅斯帝國對日本帝國所抱有的那種敵意，也能理解日本帝國向俄羅斯帝國發起戰爭的理由，但我國希望日本帝國向俄羅斯帝國宣戰勿要傷害我國民眾…」
這一聲明令外務省陷入了一個極為尷尬的境地，因為他們不能反駁中國人的說法，否認這些地區為中國領土，這將令日本變成了中國人眼中的另一個強盜，對於尚未取得對俄戰爭勝利的日本來說，這是不理智的回應，可他們也不能認同中國人的聲明，這將意味著日本在戰後將不能得到俄國在這些地區的權利。
內田康哉公使不得不向外務省的小村外相彙報當前對華外交的困境，「過去的清帝國至少是一個統一的帝國，各地督撫雖然對帝國政治有著莫大的影響力，可最終還是在清政府內部達成了一致，列強和清帝國的外交，可以通過朝廷落實到各地督撫頭上，沒有那個督撫有力量對抗清政府和列強的意志。
但是現在，武漢破壞了這一清帝國的運行機制，他們表現出了自己有能力否決列強和朝廷的意志，沒有經過他們的准許，朝廷和列強達成的外交就不能在他們的控制區域內落實下去。於是，統一的清帝國已經四分五裂，清政府已經失去了自己的權威，朝廷的權力正迅速向國會轉移，因為國會代表著武漢和北洋這兩大勢力的博弈場…」