不過看在海軍的面子上，伊東祐亨還是拉了山本權兵衛一把，認為長江沉艦事件不能算是海軍的問題，這不過是下面的海軍將領沒法推掉盟友的要求，是配合外交做出的一定犧牲。
可伊東祐亨雖然能夠幫助海軍省推卸沉艦事件的責任，但對於東亞關係的複雜局面卻也是縛手縛腳，外相小村壽太郎堅持要站在清政府一邊，因為這是日本和俄國交戰時獲得中國支持的關鍵，也是防止清政府同俄國妥協的關鍵。
陸軍的心態比較矛盾，既支持小村外相的意見，但又不希望同武漢徹底交惡，桂太郎在內閣會議上這樣強調：「清政府現在固然代表著中國，但是其本就是以小族臨大國，開國之初殺戮太甚，所以一直為漢人所厭惡。
近世以來，清政府不斷對列強割地賠款，更是刺|激了漢人的民族主義情結，滿漢之別始終是清政府最大的隱患。若是我們站在清政府這邊，無疑就是得罪了中國九成以上的漢人，日後一旦滿人失去政權，日本和中國之間的關係要如何相處？
其次，清政府內部現在也缺乏一個大義的名分，西太后把持朝政，把清帝完全擱置在一旁，就算是滿人內部之間都是難以服眾的。可以說，我們就算站在清政府這邊，都很難獲得滿人的好感，因為當下的清政府無以服眾的，所以武漢兵變才能引發天下震動。
陸軍認為，在中國問題上不能一邊倒，至少要留有餘地，才能為中國出現的變局加以糾正我們的外交政策。當然，日本當前最優先考量的還是日俄問題…」
海軍這邊雖然沒有陸軍那麼的內心糾結，但是軍令部和海軍省的立場是完全對立的，軍令部認為長江事件是海軍被外交政策劫持釀成的惡果，對於日英同盟關係，軍令部已經越來越不以為然了。
在海軍的內部會議上，河原、東鄉都對英國在東亞的平衡政策做出了批評，兩人認為英國對待日英同盟的態度並不真誠，表面上兩國現在是結盟了但是英國對於日本的提防和對待俄國人也沒啥差別了。比如海軍試圖支持日本商人在荷屬東印度群島獲得石油租借地，但卻被荷蘭人拒絕了，而荷蘭人的背後就是英國人。
英國人不僅讓荷蘭人拒絕給與日本商人石油租借地，還支持荷蘭人進一步吞併巴厘島和蘇拉威西島的土著政權，但不過被日本海軍出面給阻止了而已。而英國人還聯合法國人，對日本協助中國修建海南島榆林港一事頗多意見，從這些方面來看，英國人哪能算是日本的盟友呢？
軍令部之所以耿耿於懷，乃是因為軍令部現在已經成為了海軍超越派的天下。自從海軍研討會提出超越先進國海軍的理論之後，海軍內部的派系已經開始重新分化了。
過去海軍內部以地域和是否倒幕來區分派系，薩摩派可以說是一家獨大，因為倒幕的正義大旗在薩摩派手中么。但凡爭論起來，薩摩派來一句，我們和幕府軍奮力抗爭的時候，你們在做什麼？基本上就可以終結討論了。幕府海軍雖然在人力上更勝一籌，海軍本就是幕府所建，但就吃虧在自己的幕府出身，因此完全被薩摩派給邊緣化了。
但是海軍研討會提出了海軍超越理論之後，海軍內部終於可以不用糾結正義與否的問題，而是開始考慮如何超越先進國海軍的道路了。這條道路上拿是否薩摩出身出來進行討論沒啥用，因為大炮可不會因為薩摩派掌權就打不中日本的軍艦了。
薩摩派作為海軍實力者，天然是保守派，自然是反對海軍超越理論的，山本權兵衛對於日本海軍的前途問題其實也沒什麼遠見，不過是保住東亞第一的海軍實力就夠了，在艦隊的發展理論上，他是主張跟從戰略的，就是跟著世界海軍霸主英國人的方向前進就夠了，反正日本挑戰英國是不可能的。
山本權兵衛的理念還是很受海軍內部保守派歡迎的，畢竟現在的日本海軍實質上已經是東亞第一，他們只要保持這一地位就夠了，無需做多餘之事。就算是伊東祐亨，在沒有當上海軍元老之前也是認同山本權兵衛的主張的，畢竟他也覺得挑戰英國海軍是不可能的事情。
但是在當上了海軍元老之後，伊東祐亨就不能接受山本權兵衛的保守戰略了，因為他不能成為山本的應聲蟲，若是拿不出一個新的海軍理論，他憑什麼把海軍元老這個位置坐實呢？同樣的，海軍內部的少壯派也同樣不滿於保守派把持高位的局面。
在甲午海戰之後，隨著日本的國力不斷增強，日本海軍的組織建設也就越來越完善了。這個時候，那些在甲午戰爭中出盡風頭的海軍將官們，在這些海軍少壯派看來不過是運氣好，抓住了比日本更爛的清國海軍揍了一頓，真要論起海軍的戰術戰略，這些半路出家的海軍將官們都不能算是真正的海軍將領。
但是，不管這些少壯派如何在私下詆毀海軍的老人，這些老人也不會乖乖的把位置讓出來。以至於，山本權兵衛這個保守派人物都被少壯派看成是革新海軍的希望了，畢竟山本權兵衛肯造艦，只要擴大艦隊就能出現新的位置，因此山本大臣雖然理論上無法讓少壯派心服，可他的造艦方案還是能夠得到少壯派支持的。
不過等海軍研討會出現之後，山本給出的好處就不能讓少壯派滿意了，畢竟日本的財政能力有限，再怎麼擴張海軍，一年也就造那麼一兩條軍艦，還要留給保守派一些名額，留給少壯派的位置就不多了。但是海軍研討會提出的超越理論，卻可以直接淘汰掉一批守舊派，騰出大量的位置給少壯派上位，自然更能得到少壯派的支持。
伊東祐亨也通過海軍研討會把海軍少壯派團結到了自己身邊，最終把持住了軍令部。此時山本權兵衛雖然還是海軍大臣，又是薩摩派的二代目，但是其在海軍中的影響力卻急劇的縮小了，因為薩摩派本身就不是一個成熟的黨派，不過是舊藩閥政治的延續，而山本權兵衛顯然是不足以取代西鄉家族成為薩摩藩閥的領袖的。
但山本權兵衛又不能放棄薩摩派這桿大旗，這就使得基本是海軍內部的保守派，也會因為地域問題難以全心全意的支持山本，他所能團結的只有那些自己提拔的薩摩人而已。海軍內部的新派系對立也就逐漸成型了，超越派也並不是只會嘴上喊口號，在提出海軍超越的同時，他們也提出了工業超越的理論，也就是要先發展重化工工業，才能滿足海軍超越的工業基礎。
而發展重化工工業的重點就是獲得鋼鐵、煤炭、石油和橡膠的來源，後兩者只在南洋才有，這就是南進戰略的根本。向荷蘭人要求石油租借地，就是要為日本工業和日本海軍獲得一個石油產出基地。但是英國人的拒絕，讓超越派感到了被敵對的刺|激。
在這樣的局勢下，海軍內部的超越派是極力反對和中國發生什麼衝突的，因為他們不能同意把海軍的力量，或者日本的力量分散到中國去，即便不分散日本的力量，想要在南洋有所進展都很困難了，更何況是分散了力量之後的日本。
而放棄南洋戰略的後果就是，放棄超越理論，接受保守派的跟隨理論，那麼這或者對日本來說是條不難走的道路，但是對於超越派來說就是自殺道路了。因此，宇治號事件已經成為海軍內部兩派激烈交鋒的問題，只不過雙方的上層還在投鼠忌器，所以沒有公開決裂而已。
對於山本權兵衛所領導的海軍省來說，宇治號事件決不能就這麼輕易平息下去，因為這不僅讓海軍省在國民和陸軍面前丟了臉，也會讓海軍省主導海軍的地位形成衝擊。在軍令部崛起之後，海軍內部已經不再是海軍省一家獨大的局面，如果在宇治號事件再失分，那麼海軍恐怕也要形成如陸軍三大衙門並立的局面了，這對於海軍省來說是很難接受的。
而山本權兵衛也沒法在宇治號事件上表現的過於軟弱，這將會進一步動搖他在海軍內部的地位，因為軍令部要求南清艦隊司令官武富邦鼎為這件事負起責任來，簡單的說就是調離其職位，過個幾年讓他進入後備役。山本權兵衛不能不保武富邦鼎，否則今後誰還敢只聽海軍省和他的命令？
不過日本內部的這些鬥爭，不管是海軍內部或是陸海軍之間的鬥爭，都隨著中國人打進印度這一事件轉移了焦點。陸軍無論如何都想像不來，中國人是怎麼打進印度去的，要知道他們的記憶中，中國軍隊遇到八國聯軍只會逃亡而已，就算是清軍最強悍的武衛軍，聯軍損失不到1000人也就擊潰並消滅了抵抗最堅決的聶士成部。
陸軍很清楚，進入西藏的湖廣新軍兵力不足500，不管怎麼就地招募藏人，能夠擊敗英軍入侵西藏的部隊已經很神奇了，他們怎麼還能夠打進印度去？英軍的戰鬥力看起來和清軍似乎半斤八兩啊。這種情況下，陸軍就更加反對和武漢進行衝突了。
不過陸軍很快就不用反對了，因為英國人退縮的比他們想像的還要快。新年才過，英國人就呼籲北京和武漢和平談判，並承認武漢有在長江上實施軍事演習的權力。也就是說，英國人認為宇治號不是戰損而是一場事故，日本的輿論頓時轉向，跟著英國報紙中肯的評價宇治號艦長缺乏對戰場的敏感性了，因為合格的軍艦指揮官是不會忽略敵軍使用水雷這樣的武器的，這還是在武漢警告之後。
山本權兵衛可謂是損失慘重，他是海軍內部主張積極跟隨英國的主要倡導者，也是日英同盟的極力支持者。英國人的做法，就是在海軍面前公然打了他一個耳光，讓他沒法再以日英同盟為借口，積極的支持英國長江聯合艦隊的行動了。武富邦鼎被解除南清艦隊司令官的命令獲得了通過。