吳祿貞以為林信義說的是游擊戰，也點了點頭附和道：「確實，利用游擊戰術騷擾英軍這漫長的後勤線路，使其進一步分散兵力，倒也可以為下一次殲滅英軍一部創造機會。」
林信義卻搖著頭說道：「不，奪取控制權不僅僅在於游擊戰，還在於重建地方政權，當前這些地區的基層組織顯然是不適應人民戰爭的要求的，我們需要進一步集中地方上的資源和權力，並把他們納入到軍政委員會的管理之下，不僅僅是讓宗內的俗官和僧官聽命于軍政委員會，而是要落實到差巴身上，讓差巴們明白，寺廟和貴族不是政府，軍政委員會才是。
當前的西藏社會結構，雖然堆窮和朗生佔了一半人口，但是他們佔有的社會資源太少了，很難起來反抗和差巴結合在一起的三大領主階層。要想對三大領主階層有所牽制，就必須讓差巴分享到更多的政治權利，過去三大領主通過活佛轉世和寺廟修行，給了差巴階層一個上升階層的希望，但是這種希望其實不過和做夢差不多，因為高級僧侶和貴族們要先照顧自己的家人，之後才能拿幾個位置出來糊弄差巴階層。
所以，想要獲得差巴階層的支持，就必須要消除他們身上的封建奴役，給與他們一個真正的能夠上升的通道，比如軍隊。達賴方面也在做這樣的嘗試，不過他還未能說服三大寺和貴族們，所以我們可以藉助軍政委員會的名義搶先實施減輕差巴階層負擔的改革，不可使人心歸於達賴。」
吳祿貞聽了還有些擔憂的說道：「這麼做會不會弄僵了我們和地方上貴族、寺廟的關係？沒有了他們的支持，我們未必能夠一邊和英軍作戰，一邊去實施改革啊。」
林信義則搖著頭說道：「我倒是覺得，只有現在才是合適的，因為我們可以把反對改革的打成投降派，然後直接以武力破局。也不用擔心貴族和僧侶會一條心，因為他們也惹不起兩個敵人…」
吳祿貞最終把組建基層組織的問題拋給了林信義，然後專心去整頓軍隊去了。前後兩批部隊的到來，加上當地的藏軍和民兵，他手下的部隊一下就增長到了10個連隊，2000餘人，通過繳獲的英軍武器和兩次入藏部隊攜帶的武器，至少這支部隊可以裝備上六成新式軍械了。
但是，這些連隊還需要進行人員上和武器上的調整，才能平衡裝備並進一步加強組織。畢竟藏人已經達到了近半，如果不進行人員上的調配，那麼很容易就會形成漢、康、藏各自的小團體，對於軍隊作戰來說顯然是不利的。
而在吳祿貞重整軍隊的同時，林信義則在曲水宗進行了政治上的變革，原本宗內由一名俗官、僧官代表官家管理寺廟和貴族莊園，然後寺廟和貴族莊園又管理著當地的差巴階層，堆窮和朗生則為上述階層所管理著，這是個層層下壓的金字塔社會結構。
林信義現在要做的就是，把地方官員及貴族納入到軍政委員會的管制，然後把寺廟和貴族莊園從政府事務中驅離出去，讓地方政府直接和差巴階層發生聯繫，從而削弱寺廟及貴族莊園對於差巴階層的控制。要想達到這個目的，那麼就得禁止濫派差役。
所以，林信義組建曲水宗軍政委員會的名義就是管理地方差役，禁止濫派和私派差役。當他召集了當地貴族和僧侶進行開會後，很快就獲得了眾人的認同。在他的堅持下，一批小貴族和差巴們都成為了差役委員會的核定委員。
差役委員會先核定本地的土地產出，然後計算出一個合理的數字，將之變為固定稅收，然後再以支派差役的時候發給差役個人，從而杜絕了把本地差役都分攤給幾個靠近大路的主要村落的弊端。軍政委員會對差役委員會每年進行審核，每三年對其改選一次，委員從貴族和差巴階層中進行推選，軍政委員會不得干涉差役委員會徵收差役稅的事務。
此外，林信義還對地方官員的薪金進行了改革。西藏每個宗由噶廈任命的一名俗官和一名僧官掌管，任期為三年。宗本的主要任務是按照噶廈要求運送一定量的糧食和稅收到拉薩，至於剩下的東西他們都可以收入囊中。
這種收入對僧官來說尤為重要，因為他們沒有莊園，薪水也不高，所以他們很賣力的壓搾農民繳納額外的稅賦，或者強迫農民以低於市價的價格把貨物賣給他們，然後他們再拿到市場上高價出售，把利潤據為己有。
而貴族雖然吃相要好些，但貴族一般不會親自到偏遠的宗上任，他們會把官職委託給自己的管家，相比起貴族本人，管家的貪慾和僧官們是類似的。
還有一種情況則更糟糕，噶廈政府直接把宗的管理大權出租給了並非政府官員的私人，這些宗本必然要在租金之外獲得盈利，因此壓迫更為兇殘。
林信義乾的就是，直接在當地提拔官員，固定稅收上限，並將超出部分交還給地方，當然不是完全供奉給寺廟，而是分成了三個部分，寺廟、地方建設和救濟窮人。
入藏軍在地方上其實利益不大，本來他們的大頭也是依賴於國家撥款，只有糧食和一部分差役需要地方支出。所以，在這樣的改革方向上，入藏軍主導的軍政委員會不需要如達賴考慮的那麼多，事實上這些改革內容正是藏人自己提出的，而林信義不過是給出了一個更加接近封建時代的方案而已。
禁止了貴族和寺廟擁有對差巴階層的完全管理權力後，又交給他們一部分經濟利益以作為補償，雖然對於那些大貴族和高級僧侶來說，這樣的改革是不滿意的，因為他們的利益被損害了，但是對於小貴族、低階僧侶和差巴們來說，這樣的改革卻是真正獲得了利益。
鑒於駐藏大臣衙門對於噶倫夏扎家族的嚴厲處置，和入藏軍連續兩次對英軍的勝利，曲水的僧俗會議上終究還是沒有人跳出來和林信義做反，於是曲水宗的軍政委員會和差役委員會很快就順利的組建了，林信義並解除了一些已經超期服役的差巴，並給與了補貼，進一步在曲水宗樹立了軍政委員會的威信。
於此同時，被俘虜的英軍廓爾喀第二團也進行了初步的甄別工作，英國人自然是被送往了拉薩，而廓爾喀內的軍官們也被單獨挑選了出來，由從拉薩趕來的自由廓爾喀同盟成員進行了勸說，在林信義的不斷斡旋下，反拉納家族獨裁統治、反十七兄弟勢力，反昌德拉勢力，最終組成了一個較為鬆散的自由廓爾喀同盟。
該同盟的政治主張是：反對拉納家族的獨裁統治，反對英國的政治操縱，建立一個自由的廓爾喀立憲君主國，為廓爾喀人民謀求幸福。
在林信義提出了這一政治主張後，大多數反廓爾喀現行體制的力量都加入到了這一同盟，並開始向原本對本國政治漠不關心的廓爾喀商人群體進行擴散了。
由士官和尉官組成的英軍廓爾喀軍官群體，雖然把在英軍中服役視為了改變人生的機會，在拉納家族的統治下，他們是出不了頭的，但是他們也很清楚自己只能在英軍中獲得金錢，想要融入英軍是不可能的，畢竟廓爾喀人和印度人水火不容，他們正是鎮壓1857年印度民族大起義的有力力量，雖然印度人自己內部也有宗教和地域之分，但是談論起廓爾喀人就不會有什麼好臉色。
而英印軍隊的上層是英國人，中層自然就是印度人，印度人又怎麼可能讓廓爾喀人在這支軍隊中出頭呢？他們永遠都是這支軍隊用來犧牲的炮灰。所以，廓爾喀人要麼拿到軍餉後賭博，免得戰死之前啥也沒享受到，要麼就是寄錢回家買地，來改變家庭的地位。
自由廓爾喀同盟的成員雖然還不知道啥叫政治承諾，但是在林信義的指導下，最終還是抓住了這些廓爾喀士兵所關心的重點，就是土地問題。同盟向這些軍官和士兵們承諾，只要他們為同盟而戰，那麼推翻了昌德拉的統治之後，同盟就會推動廓爾喀的土地改革，把那些支持拉納家族的地主的土地，分給士兵和民眾。
僅僅十天不到的時間，廓爾喀第二團被俘的三個連就有一個半連表示願意為同盟而戰，另外一個半連則還在擔憂自己的服役問題，但是他們對於拉納家族的統治也並無好感。
對於拉薩來說，榮赫鵬上校的被擊斃簡直是一大喜訊，達賴都忍不住想要把這位上校的頭顱拿來製作成法器了，也得虧是被駐藏大臣給阻止了，認為這樣侮辱一名英國上校顯然是不理智的。不過這樣的勝利也讓拉薩僧俗徹底安心了下來，大家都覺得英軍已經不可能再進入拉薩了。
9月1日，漢口國民報登出了榮赫鵬上校被藏人擊斃的新聞，按照這則新聞的報道，藏人通過了浴血奮戰，搶奪了英軍的武器，最終在混戰中殺死了榮赫鵬上校，並俘虜了廓爾喀第二團。
一開始英國人是不相信的，但是新聞上將整個第二團的架構和主官名字都刊登了出來，這就使得其他各國記者紛紛向英國人求證真偽，搞得英國在華外交官狼狽不堪。
他們既不能承認，這樣的失敗太荒唐了，一群拿著石頭的藏人憑藉著愛國熱情沖入了英軍隊伍中奪取了武器並擊敗了他們，這簡直是印度神話么。但是他們也不能否認，要是這事是真實的，那麼現在的否認只會讓大英帝國更加的丟臉。