9月14日，美國總統威廉·麥金萊遇刺身亡，42歲的西奧多·羅斯福接任美國總統，此時的美國因為壟斷財團橫行而使得社會矛盾極端尖銳，威廉·麥金萊被刺殺也同其試圖恢複金銀複本位制有關，這損害了許多東部銀行家的利益。
西奧多·羅斯福很快就意識到，自己最大的敵人不是外部控制了世界的歐洲列強，而是美國的壟斷財團，假如不能把這些壟斷財團拆分掉，那麼美國總統就會成為壟斷財團手中的傀儡，這使得他在外部開始尋求同歐洲列強妥協，把主要精力放在了國內同壟斷財團的鬥爭上。
不過秉持大棒政策的西奧多·羅斯福並沒有放棄美國在東亞的利益，歐亞大陸的西段和中部都已經為歐洲列強所控制，只剩下了東部一個缺口，假如不能在東部獲得一個立足點，那麼美國就會被隔離在歐亞大陸事務之外，也就意味著美國將會成為一座孤島。
只是西奧多·羅斯福並不贊成威廉·麥金萊讓財團控制對華外交政策的方式，美國財團的對華外交理念，正讓美國成為英國的跟班。比如在這一次的義和團事件中，美國人調動了在亞洲能調動的最大力量，但是在對華談判中卻並沒有獲得多少發言權，哪怕是奧匈帝國在談判中的意見也比美國人的意見更有影響力，美國唯一能做的就是不斷的重申門戶開放，各國利益共沾。
但是美國的這種對華外交政策，正激起中國民眾的敵視，認為美國正試圖聯合列強瓜分中國。西奧多·羅斯福認為有必要修正對華外交政策，一方面要緩和中國民眾對於美國的不滿，畢竟美國現在根本沒有多少力量可以用於東亞；另一方面則是專註於巴拿馬運河工程的推進。
威廉·麥金萊總統是一個擴張主義者，除了推動美國對西班牙的戰爭，并吞並了夏威夷群島之後，對於美國在太平洋的防禦問題也非常的重視。因此在他任上，就開始同英國就開發巴拿馬運河展開了多次協商。
美、英兩國曾於1850年簽訂《克萊頓–布爾沃條約》，規定兩國都不得謀取和享有在中美洲地峽建造兩洋運河的獨佔的管理權和控制權，運河將由兩國平等使用。
該項條約原本是美國抵制英國單獨控制中美洲通往太平洋運河而達成的，不過到了18世紀90年代，美國的實力已經不需要採用條約抵抗英國在中美洲的擴張了，該條約反而限制住了美國在中美洲擴張勢力的企圖。
於是1900年2月5日，美國人找英國人重簽了《海–龐斯福特條約》，讓美國獲得了在中美洲開鑿運河的權力。只是布爾戰爭讓英國人的虛弱暴露了出來，美國人覺得自己讓步太大，於是又在參議院否決了該條約，開始重新和英國人談判，謀求美國對中美洲運河的單獨管理權。
在威廉·麥金萊被刺殺之前，該項條約的進展也相當的順利，英國人因為布爾戰爭遲遲不能結束而大丟臉面，加上歐洲均衡也有失去控制的風險，英國人終於同意廢除1850年條約，但是要求美國開鑿的運河對各國統一開放，不得獨佔該運河的通航權。
美國人雖然已經預備向英國人妥協，但是出於對英國人秉性的懷疑，西奧多·羅斯福認為有必要讓運河路線經過的巴拿馬地區從哥倫比亞獨立出來，加入或接受美國控制，這條運河才不會被英國人給搞砸了。而這條運河也被西奧多·羅斯福視為美國通往東亞的關鍵，只有當這條運河建成，美國才有資格和歐洲列強談論東亞問題。
10月初，西奧多·羅斯福指示美國駐華公使柔克義在對華談判中讓步，但要盡量維護美國的在華利益。美國的退讓，讓這場延續了一年的和平談判迅速的走向了尾聲。
日本人很驚訝的發現，德國人根本就沒有和自己溝通的慾望，所謂的列強一致原則，實質上成為了歐洲列強一致原則，說的更明白一些，其實是英德俄法一致。只要這四個大國達成了一致，那麼公使團就達成了一致，其他各國根本就沒有質疑的餘地。
伊藤博文內閣雖然惱火，但是卻對此卻毫無辦法，從某個角度上來說，這也是日本試圖走獨立外交必然要遇到的問題。英國人正用這種方式警告日本，沒有了英國為日本主持公道，那麼日本所謂的進入列強圈子就是個笑話。
外務省的官僚們對於日本獨立自主的外交道路再一次產生了懷疑，認為日本還是需要獲得歐洲列強的支持才能在外交上有所作為的聲音再一次大了起來。
不過就在日本外交官們對伊藤的外交政策提出質疑時，李鴻章卻又向日本提出示好的方案，表示日本若是能夠支持談判早日簽署，那麼清政府將會在其他方面補償日本。
李鴻章的作為，不僅僅是為了讓談判早日通過，其實也是清政府意識到無力讓俄國退讓後，試圖拉攏日本一起對抗俄國。對於日本人來說，李鴻章的行為簡直是不可理喻，一開始把俄國人引入了滿洲，現在又試圖拉攏日本在滿洲對抗俄國，這不是一切又回到了原點嗎？
不過對於陸軍來說，李鴻章的行為自然是令人滿意的。在陸軍看來，滿洲其實和中國已經沒啥關係了，現在是日本和俄國爭奪滿洲的問題，中國人願意主動和日本合作，倒是增加了日本對俄國的勝算。
為了能夠讓中國繼續站在日本這邊對付俄國，陸軍首先向伊藤表示，應該答應李鴻章的請求，讓和平協定儘快通過，從而好讓中國專心和俄國就滿洲問題展開討論，同時也能讓各國把視線從東亞挪開。陸軍再怎麼狂妄，也不可能在其他列強的注視下和俄國打上一場，要是其他列強也加入這場戰爭，日本就不可能取勝，哪怕俄國輸了一樣。
於是到了11月初，清政府和十一國就拳亂問題籤署了協定，達成了各國退兵的問題。和年初的議和大綱12款要求相比，該協定在兩個問題上做了較大修改，並增加了中央銀行建立辦法和關稅協商條款兩個附件。
比如在賠款問題上，原先各國要求中國對各國賠款4.5億兩白銀，價息合計超過9.8億兩白銀，並以關稅和鹽稅等作抵押。新修改的條款則變成了，中國對各國賠款3.5億兩白銀，年息四厘，自1902年1月1日起，至1935年止，每年賠款1450萬兩，35年本息50750萬兩，各省地方賠款2000萬兩不計在內，並以關稅和鹽稅等作抵押。
東南民眾的抗議，使得各國同意削減20%的賠款要求，讓賠款本息減少了4億多兩。當然，另外一億兩的賠款其實並沒有減免，而是變成了對於英德美三國的訂單。
根據新的中央銀行設立的附件規定，前五年中國應付的7250萬兩賠款將自動轉為中央銀行公債，用於大清的貨幣改革，年息5厘。關稅和鹽稅抵押給中央銀行，德國人獲得了對中央銀行設立的顧問權。
該附件還規定，五年內中國方面應當向英德美三國提供不少於一億兩的工業訂單。另外，中央銀行成立後將會在英德法美四國金融市場發行一筆六千萬兩白銀的基礎建設公債，年息五厘。
所以，在公開的協定上列強減少了賠款要求，但是在條約的不公開附件內，主要列強把減少的賠款變成了本國的工業訂單，雖然這看起來需要付出一些工業品，但還是為本國獲得了更多的利益。賠款的總數減少，算是把各省的不滿輿論壓制了下去。
不過，總數高達一億三千萬兩的負債，要如何分攤給各省，同樣是個傷腦筋的問題。雖然這筆錢可以讓各省借用一段時間，但是相比起要還的本息，這顯然是個沉重的負擔。但是在湖廣方面的支持下，湖廣拿走了一億兩的負債，另外三千萬兩則歸於兩江及其他各省。
作為湖廣接受負債的回報，李鴻章不得不接受了讓盛宣懷從漢陽鐵廠、大冶鐵礦、萍鄉煤礦退出的建議，因為湖廣方面需要把這三塊整合為漢冶萍鋼鐵公司，從而吸納資本成為償還債務的主要工業生產基地。同時清政府也讓出了關於關稅制定的權力和管理中央銀行的權力，在沒法還清債務的情況下，這兩項顯然都是極為燙手的麻煩。
這樣一來，湖廣和兩江其實已經取代了清政府，成為了辛丑條約的主要承擔者，這也使得兩地的總督獲得更大的自主權力。列強已經開始承認，湖廣和兩江在清政府之外同樣有著和自己辦理交涉的權力。
第二款修改的主要內容，就是對於關稅管理權的修改。原本列強主張把常關也納入海關管理，並採取統一的值百抽五稅率。
不過在德國的主張下，清政府決定對鋼鐵製品徵收100%關稅，外國進口鋼鐵進口價不得低於漢陽鋼鐵的成本價；對化學製品、機器徵收15%關稅；對粗紗粗布實施配額制，以1900年的進口價值為基準，超出配額數額的粗紗粗布徵收至25%的關稅等。平均關稅提升到了14.7%。
這個關稅水準依舊低於美國和德國，但是已經超過了英國10%的平均關稅。本質上來說，這個差別性關稅是英國和德國對美日商品在華市場上的一次打擊，因為所有增加高額稅收的項目都是美日的優勢項目，或是美日正在取得優勢的項目。
此外，各國和清政府達成協議，成立關稅制定委員會，英德俄法美日各出一人，清國出六人，每三年對關稅進行切實的討論一次。中國算是拿回了部分關稅制定的權力，雖然這些權力依舊受制於英國和德國。