五月二十七日，國民報上刊登了一則關於庚子賠款的各省攤派消息，「最多的江蘇、四川、廣東分別攤賠250萬、220萬、200萬兩，其次江西、浙江各攤140萬兩，湖北、安徽也分攤到120萬、100萬兩，其餘的省分攤30萬至90萬不等，最困難的貴州也攤到20萬兩，總計各省每年共攤賠1880萬兩。」
這一消息很快就激怒了東南各省士紳百姓，東南保護會議在各省的分部向本省督撫求證這一消息的確實性，並要求本省督撫拒絕這一攤派方案。於此同時，蒙古新疆各王公也紛紛去電中央，表示自己從未支持過對萬國宣戰，因此他們不能接受攤派賠款。
此時慈禧和光緒尚未回京，為了確保中央能夠重新運轉起來，光緒27年三月初三日，慈禧以光緒的名義頒發上諭設立政務處。「慶親王奕劻、大學士李鴻章、榮祿、崑岡、王文韶、戶部尚書鹿傳霖，為督辦政務大臣，劉坤一、張之洞亦著遙為參預」，要求各政務大臣「於一切因革事宜，務當和衷商榷，悉心詳議，次第奏聞。俟朕上稟慈謨，隨時擇定，俟迴鑾後切實頒行」。
對於各省及蒙疆王公對於賠款提出的抗議，政務處最終採取了不同處置的辦法。對於蒙疆王公的要求政務處採取安撫，表示不會往他們身上攤派賠款，對於各省提出的抗議，則採取了強行壓制的辦法，警告各省士紳不要干涉朝廷政事。
這一區別對待的方式進一步激怒了東南各省士紳百姓，六月二十三日上海市民罷工罷市向英法列強示威抗議，要求尊重東南保護協議，把東南各省從懲罰性條款中去除。但是市民遊行隊伍在接近英租界時遭到了英租界巡捕的阻擾，很快就變成了衝突事件，英國人下令對群眾開槍，打死打傷三十餘人。
這一暴行徹底激怒了中國人，之後南京、九江、武漢、廣州等地都出現了反對英國的遊行示威活動。原本站在朝廷一邊壓制民眾的劉坤一、張之洞，不得不修正了自己的立場，一邊派人隔離群眾遊行隊伍和各國租界，一邊向各國提出了交涉，希望各國尊重東南保護協議的約定。
國民報刊登了東南保護會議的社評，「滿洲欲以中國為殖民地，以中國之物力取悅各國之歡心，那麼滿洲和中國就應當分離，使滿洲歸滿洲，中國歸中國。所謂4億5千萬兩賠款，完全可以用滿洲、蒙古、新疆之土地充抵。」
一時之間，東南各省獨立的呼聲開始高企，之前主張強硬鎮壓各省意見的榮祿和奕劻開始安靜下來了，他們不斷向劉坤一、張之洞去電，詢問兩總督到底是什麼立場。
劉坤一的電報比較直接，他直言不諱的對政務堂表示了不滿，大意是：就算是民間買賣還有個討價還價的過程，結果你們辦外交連還價都不還，這是真把自己當棒槌了嗎？
張之洞的底氣究竟沒有劉坤一足，他在電報里把問題推給了地方上士紳的不滿，表示自己雖然是站在朝廷一邊的，但是眾怒難犯。
劉坤一、張之洞最終表達的意見都是一個，就是東南互保協議當初是保護了洋人的，現在洋人不能不認賬。他們當初站在洋人這邊為東南互保協議打了包票，現在總不能自己再跳出來反口，就算洋人不要臉，他們還是要臉的。
在八國聯軍佔領了北京之後，中樞的權威其實已經從朝廷轉向了李鴻章、劉坤一、張之洞這些地方實力派督撫手中。李鴻章因為能夠溝通中外，所以才被召到京城擔任談判事宜。
李鴻章轉向支持朝廷之後，東南督撫自然也就四分五裂了，因為劉坤一的身體太弱，而張之洞畢竟是清流出身，實力不足以號召群雄。
但是這個時候士紳的力量開始走上了前台，鎮壓太平天國也好，洋務運動也好，維新變法運動也好，都是地方士紳勢力抬頭的開始。滿清和歷代王朝有所不同的是，它從建立的第一天開始就有一支能夠壓制地方士紳的武力八旗。
但是這支滿人的武力到了1900年八國聯軍入侵之際，終於暴露出了無能虛弱的本質。滿洲根本在幾個月之內就被俄國人給佔領了，還不如一群沒有槍炮的農民抵抗聯軍的久，這個時候所謂的滿人武功神話也就徹底破產了。
而也正是看到滿人在武力上已經無法壓制漢人督撫了，慈禧才迫不及待的拋出了推動新政雪恥的主張，實際上就是為了拉攏漢人中的實力派，讓他們繼續支持滿人的統治而已。
地方士紳的力量雖然在1900年之後上升到了頂點，但是有一個缺陷是怎麼也沒法彌補的，就是家鄉本位主義，他們只關注自己家鄉利益不受損，對於家鄉以外的地區幾乎是不怎麼關心的，這也是東南互保能夠得到這些士紳支持的原因。
但是東南保護會議的出現，給了這些地方士紳一個聯合出聲的機會。在這樣的局勢下，中央的威信已經不足以震懾這些地方士紳，而劉坤一、張之洞這些地方實力派也需要地方士紳的支持，才能對抗朝廷的大義，這也是東南互保協議能夠達成的重要原因。
當這些地方士紳要求地方督撫們兌現東南互保協議的約定時，劉坤一、張之洞自然也不能動用武力把這種聲音打壓下去，因為這和自斷根基也沒差別了。一個地方督撫搞得地方上天怒人怨，還和朝廷爭奪權力，這不是找死么？
李鴻章能這麼干，因為李鴻章覺得自己有這樣的本錢可以壓制士紳們的不滿，但是李鴻章也沒有預料到，他會遭到一整個士紳階層的反對，就連家鄉安徽的士紳也在痛罵他。劉坤一、張之洞的實力不及李鴻章，自然就更加不會步李鴻章的後塵。
說到底，這些士紳對於朝廷的批評和對李鴻章個人的攻擊，都沒有走到造反的地步，要把這樣一群人都推到敵對的立場上去，哪怕是劉坤一、張之洞這樣的封疆大臣也有些吃不消。
而劉坤一、張之洞的不滿也終於引發了一點變化，李鴻章終於承受不住壓力中斷了談判，這下英國人又開始慌了。雖然英國人信誓旦旦的表示，絕不會在同清政府的談判上做出任何退讓，但是英國的力量在布爾戰爭中已經遭到了重大損失，英國人現在都已經開始考慮如何體面的結束布爾戰爭了，自然不會想在遠東陷入一個更大的戰爭泥潭。
之前英國人之所以態度強硬，是因為中國人在俄國人面前太過軟弱，甚至有出讓滿洲、新疆、外蒙的利益跡象，這對於英國來說是難以接受的結果。假如俄國在這三處地方獲得重大利益，那麼不僅東亞的格局將出現一個較大的變化，甚至連印度的安全也受到了威脅，畢竟新疆下面就是西藏。
簡單的說，假如中國人很軟，那麼英國人就會變得很強硬，因為這將會迫使中國人不至於對俄國做太多的讓步。但如果中國人突然變強硬了，對於英國人來說卻又是一個極大的麻煩，因為英國並沒有意思擴大在華戰爭，也無力擴大對華戰爭。
於此同時，各國對華立場也在出現新的變化，原本極力主張擴大對華戰爭的德國，現在也開始後退，主張維持清政府的存在是符合各國利益的，只不過德國厭惡慈禧繼續掌權，傾向於讓光緒親政。
而俄國也開始從拒絕同各國商議滿洲事務轉向了可以同中國單獨討論撤軍事務，俄國之所以會有這樣的改變，自然不是良心發現，而是俄國的財政支持不住了。
為了侵略滿洲，俄國政府一次性就撥出了1.5億金盧布，戰爭期間每三四天就要花掉100萬盧布。1900年1月1日，財政大臣維特宣稱國庫里又現款2.5億金盧布，但是到了12月份，國庫里已經一個盧布都沒有了。
而此時的俄國經濟正處於十年繁榮之後的工業危機當中，大批的工人失業，農民破產，對於沙皇政府在遠東發起的戰爭，俄國國內的知識分子並沒有為之歡欣鼓舞，而是在痛罵沙皇政府打著文明的旗幟做野蠻之事實。
火星報對這場戰爭做出了最為辛辣的評價，「這場戰爭對誰最有利？它對一小撮同中國做生意的資本家大亨有利，對一小撮向亞洲市場傾銷商品的工廠主有利，對一小撮現在靠定期軍事訂貨大發橫財的包工頭最有利，對一小撮身居軍政要職的貴族有利…我國政府為了這一小撮資本家和狡猾的官吏的利益，竟斷然犧牲了全國人民的利益。」
1901年，俄國農業歉收，將近20個省被波及，這進一步加劇了俄國人民對於沙皇專制政府的不滿。在這樣的國內形勢下，沙皇政府也不得不開始緩和同中國之間的關係，以向本國民眾表示自己並沒有擴大戰爭的企圖。
法國人和美國人依舊在邊上打醬油，他們對於擴大對華戰爭沒興趣，但並不想放棄自己應得的戰爭紅利。日本則依舊小心翼翼的在列強和中國之間左右逢源，一邊支持中國在滿洲問題上保持強硬姿態，一邊則對俄國在滿洲的行動含糊其辭。