愛麗絲從破交前線返回PLANT本土，除了幫助父親競選外，另一個任務就是接收和熟悉新式的MS：根據她的能力專門設計的第二代高達。
在世界樹戰役結束後的這幾個月里，扎夫特和東亞共和國間，達成了許多秘密的軍事合作協議。已經決定退出地球聯合的東亞共和國，在這場交易中坑隊友不遺餘力，主動的向扎夫特提供了大量的先進技術。
關於新式的PS裝甲、光束步槍小型化、新式動力包，這三項技術的研究，扎夫特方面和東亞共和國共享了彼此多年的研究成果。在這方面，東亞共和國是拿出不少的乾貨來，扎夫特佔了不少的便宜。
而作為回報，扎夫特軍允許對方的技術人員去船廠「幫助」研究繳獲的大西洋聯盟的戰艦，趁機獲得其太空戰艦製造技術。同時也拿出自己掌握的其他技術作為交換。
扎夫特和東亞共和國互相進行技術交換的結果，就是彼此的軍工工藝同時向前進了一大步。
最終結果，雙方皆大歡喜。
一心想從地球聯合分家的東亞共和國，將扎夫特視為「為王前驅」的合作者，在幫助扎夫特提升戰爭潛力方面是極用心的。
獲得了東亞共和國方面提供的技術的扎夫特軍方，最大的問題是短時間內將技術轉化為戰爭力量的工業實力有所不足。於是在這個關鍵的節點上，東亞共和國暗中幫了大忙。
雙方確定秘密聯盟與合作的兩個月內，大量現成的，由東亞共和國製造的PS裝甲材料，源源不斷地由地球上位於蘇門答臘島的質量加速器運往太空，送入PLANT。作為回報，PLANT則交出了被回收的泰山號和另一艘巡洋艦的艦體，而後其被拖回東亞共和國位於太空的船廠進行修復。
當8月份後帕特里克·薩拉上台，對世界樹要塞基地發動總攻擊時，參戰的主力戰艦身上使用的PS裝甲，基本都是由東亞共和國提供的。
而在MS上使用的PS裝甲由於製造工藝要求更高，無論是東亞共和國還是PLANT自己，目前才剛剛掌握這項技術，大批量工業化生產的技術難關還沒有攻破，目前只能通過實驗室小規模生產。
少量生產出來的MS用PS裝甲，最後全部用在了給愛麗絲和勞·魯·克魯澤製造的MS身上。
愛麗絲和克魯澤接收到的MS，是扎夫特軍方開發出來的第三代MS。這款MS，集成了PLANT和東亞共和國製造技術之所長：終於用上了阿卡菲爾渴求不止的PS裝甲製造技術和小型光束步槍。至於機動龍騎兵戰鬥系統的小型化研究也有所突破。只是光束武器和PS裝甲皆是電能消耗大戶，同時上這兩項系統，在沒有核動力相助的情況下，能源損耗極大。
地月航線的破交戰役中，扎夫特破交艦隊俘獲了大量由地球送往月球基隊的補給艦，其中最珍貴的戰利品，就是第一次破交作戰時繳獲的數十架最新式的莫比斯零式MA。
比起昂貴而落後的舊式MA，自帶多門線導炮的莫比斯零式性能要優異得多。在擁有空間感知定位能力的機師的駕駛下，其完全可以和扎夫特軍的希古對抗——這一發現一度在扎夫特軍中引發了不小的擔憂。
幸運的是，經測試發現，即使是扎夫特軍中，能將這款武器的性能完全發揮出來的機師，僅有兩個半：即愛麗絲和勞·魯·克魯澤，半個是阿斯蘭。這款需要特定的機師才能發出其全部威力的MA，在一般的機師手中，性能相對舊式的MA有所上升，但還是相差扎夫特的吉恩和希古甚遠。
雖然該MA性能不對MS構成威脅，但是其身上裝備的主力武器系統：四門線控浮游炮，其不大的體積卻能達到和龍騎兵系統相近的戰術目的設計，卻讓扎夫特的科研人員眼前一亮，讚不絕口。
雙子星高達的第一代龍騎兵系統，是通過將武器系統和MS分離開來組成。所謂的龍騎兵系統，其本質上，不過是伴隨MS機動飛行的小型MA而已。其是技術儲備不足下，不得不將各種現成的成熟工藝臨時拼湊的產物，付出的代價卻是整個戰鬥系統體積過於龐大。
在世界樹戰役時，三台雙子星高達在空戰雖然表現搶眼出色，但是龍騎兵系統在空戰中被敵方火力的擊毀次數也是多得觸目驚心：三位雙子星高達的機師，在這次戰役中總共被擊毀了足足十八台伴隨機動裝置。全靠後方的補給艦不斷地發射新的龍騎兵系統補充戰損才能維持戰鬥。
但是補給艦和MS間的距離極遠，補充的龍騎兵系統到達戰場有相當長的間隙期，嚴重影響了雙子星高達的作戰效率。而且補給艦本身過於靠近前線，本身也有著被敵方擊毀的危險。隨著雙子星高達在戰場上的活躍，敵方也極易根據從前的教訓採取相應的針對性戰術。
事實上，這一狀況已經在隨後的破交作戰中體現出來。
後來長達兩月破交戰役中，隨著地球聯合方面將更多的防空武器裝上戰艦。在攻擊敵方的戰艦時，用於搭載龍騎兵系統的伴隨機動裝置，每次戰鬥的損失率更是直線上升到難以忍受的地步。
龍騎兵戰鬥系統小型化的問題，早早地就被提上了軍方的議案。幸運的是，在地月航線上扎夫特軍繳獲了莫比斯零式，上面的線控浮游炮給了研究人員極大的靈感。
在愛麗絲和克魯澤主動的要求下，阿菲瑪研究所的科研人員，一邊加緊時間研製新式的龍騎兵系統，另一邊卻是本著現取現用的原則，立刻開始了將繳獲的地球聯合的線控浮游炮和扎夫特的MS對接整合的工作。
他們將從繳獲的莫比斯零式身上拆除下來的線控浮游炮和配套的機載電腦操作系統稍作改進調整，就直接移植到扎夫特的第三代MS身上，僅僅將線控改為無線遙控，就製造出了供三位王牌使用的MS專用機，即第二代高達。
這款整合了地球聯合武裝與扎夫特MS製造技術的王牌機師專用MS，扎夫特軍方命名為「零式高達」。
該機使用PS裝甲，配備一把光束步槍，背上背著四具從繳獲的莫比斯零式拆卸過來的浮游炮。地球聯合將浮游炮的動力系統和光束武器戰鬥系統的整合做得相當出色，得到了「遠在東亞共和國和扎夫特之上」的高評價。而且其體積小，四門浮游炮甚至可以直接掛載在MS後背上，而後者才是關鍵。
其外觀上十分接近外傳里的「勇士高達」，基本可以稱之為，第一部動畫里的神意高達的「劣化縮水版」。
作為核電動系統還未成熟前，神意高達的劣化縮水版，零式高達最大的優點是，改善了龍騎兵系統的伴隨機動裝置體積過大，在空戰中極易被敵方擊毀的弱點。
在測試中，無論是愛麗絲還是克魯澤，對零式高達的戰鬥系統評價都超過了雙子星高達。
但是最大的弱點，依舊是戰鬥續航時間太短，四門地球聯合製造的浮游炮，其每門可在空戰中連續射擊八次，然後就耗盡能量需要額外充能。但返回MS充能時，就要面臨和高達機體搶能源的問題，嚴重影響零式高達的作戰續航時間。
能量消耗過大，始終是使用龍騎兵系統的MS最大的缺點，在核動力小型化技術完全成熟前，這是無法避免的缺陷。
作為解決這個問題對應的「補丁」，扎夫特軍方的解決辦法，是將零式高達的左臂上安裝了充能系統，加掛了一個輔助能源包，以提升其戰鬥續航時間。
8月，帕特里克·薩拉議長在競選中擊敗克萊茵上台後，扎夫特軍方宇宙軍的實力，也隨著大量繳獲的地球聯合戰艦的修復服役，在一場戰役中的MS投入數量增加了足足一倍有餘。而這段時間通過不斷地襲擊地月航線，磨練新人，其MS機師的素質也大大地上了一個台階。
此時的扎夫特宇宙軍，其整體戰鬥力達到了開戰以來的最巔峰。
8月15日，世界樹要塞攻略作戰爆發。
此時的地球聯合世界樹駐軍，因為盟友東亞共和國退出，再加上長期的圍困悶守，士氣已經跌到谷底。長期得不到外來支援的他們，駐守的士兵人人都認為自己是棄子，戰意全無。更要命的是，東亞共和國在和扎夫特暗中勾搭的時候，更秘密提供了該要塞的防禦布置圖和一系列的關鍵數據，令其在扎夫特軍方面前毫無秘密可言。
攻擊作戰開始後不到一小時，扎夫特宇宙軍就根據東亞共和國提供的圖紙，輕易地摧毀了要塞防禦體系上的幾個重要節點，令防禦體系全面崩潰。
而在攻略作戰中，更發生了守軍出擊的MA在戰場上主動向扎夫特軍直接投降的局面。
四個月來不斷地政治宣傳攻勢，令這被拋棄的守軍本身的士氣也低到了極點。攻擊作戰開始後不到十二小時，第一支MS部隊成功地登陸要塞表面。
登陸成功後，扎夫特軍陸戰隊並不急著擴大戰場，而是在穩健前進鞏固陣地的同時，不斷地發動宣傳攻勢。
宇宙登陸作戰和地球重力環境下作戰，最大的不同之處就在於，這裡沒有重力。大量的通信傳聲器代替炮彈，被發射到地球聯合守軍的陣地上，讓處於絕望中的地球聯合士兵撿到。
四個月來不斷地「政治洗腦宣傳」的效果，在這場戰役中體現無疑。早就意識到自己參加的是「藍血調整者和普通調整者」間的戰爭，不想淪為「調整者間戰爭炮灰」的地球聯合士兵，在戰鬥陷入困境的情況下，士氣狂降迅速清零，戰場上大面積的投降情況不斷發生。
開戰後二十四小時，登陸要塞的扎夫特宇宙軍陸戰隊，就包圍了要塞司令部指揮所。金梅爾中將在絕望中下令投降，戰鬥結束。
令其哭笑不得的是，在戰役發生前四十八小時，隨著扎夫特的宇宙艦隊不斷地在外太空聚集，大西洋聯盟從地球首府華盛頓再次發來一封電報，將其軍銜由少將提升為中將，言下之意是：大西洋聯盟從來沒有被俘的中將。
而在戰敗前，來自華盛頓的指示是：要其對要塞進行自爆。
可惜的是，金梅爾「中將」辜負了穆爾塔·阿茲拉埃爾總統的「好意」。
「你這個該死的藍血調整者的走狗，軍工聯合體和金融資本家的代言人！」
在對著藍色地球方向狂豎了多次中指後，金梅爾中將下令守軍集體放下武器投降。
開戰三十六小時後，扎夫特宇宙軍接收了要塞上全部的要害位置。
作為地球聯合苦心經營多年的太空基地，世界樹要塞的倉庫儲備極其豐富。金梅爾中將識時務的早早投降，讓扎夫特軍方輕易地繳獲了全部的補給物資。要塞的倉庫里，除了大量的武器彈藥和能源外，其軍港里更存有大量的太空戰艦補給零件。對於宇宙艦隊中有超過三分之一戰艦是「地球聯合造」的扎夫特軍來說，這是極重要的補充。
世界樹戰役結束後的兩個月，扎夫特軍方在世界樹要塞上安裝了耀斑馬達，將其移動到PLANT附近，成為守衛PLANT的屏障，該要寒被命名為雅金杜維要塞。
對於扎夫特軍方高層的這種做法，阿卡菲爾是嗤之以鼻的，私下裡他對迪蘭達爾道：
「真是愚蠢的資源浪費！當PLANT需要靠這東西保護本土時，說明我們已經被敵人大兵壓境，敗掉了這場戰爭。進攻，進攻，再進攻，這才是我們唯一的出路。」
在他看來，扎夫特軍方在繳獲了世界樹要塞後，應當是將其前推作為攻擊的前進基地，而不是後縮變成無用的守家犬。說到底，扎夫特軍方的上層，到底還是擺脫不了「小國的防禦心態」。
9月初，扎夫特宇宙軍開始進攻地球聯合的各大太空基地。
第一個被攻擊的目標，就是一切悲劇的發源地——月球基地哥白尼市，沒費多大力氣，扎夫特軍方就拿下了哥白尼市。在這次的攻擊作戰中，扎夫特軍方投入了適合重力環境下作戰的獸形機甲，巴古。
月球的重力只有地球的六分之一，陸地型的巴古在這裡動作更是敏捷。低重力的環境，令巴古可以肆意的加厚裝甲。
喪失制空權的地球聯合守軍在防禦戰一敗塗地。而守軍過去糟糕的駐軍紀律，也令其在哥白尼市極不得人心。同樣只用了一天的時間，扎夫特軍就攻入摧毀了守軍的抵抗，完全佔領了哥白尼市。
作為「黑衣」，阿卡菲爾也親臨前線，參加了這場戰鬥——當然，他是坐在旗艦里。他親臨前線，主要關心的，還是軍隊的戰場紀律和佔領紀律問題。拿下哥白尼市後，隨之湧入的，除了扎夫特駐軍外，還有大批的「思想政治指導員」。
這些身穿黑衣的扎夫特政工人員，進入哥白尼後的第一件事就是進行廣泛的宣傳，穩定當地居民的情緒，然後就緊鑼密鼓地進行了「清算」。
清算的目標，就是過去半年裡，在哥白尼市跳得最歡的「藍色波斯菊」分子，以及被俘的地球聯合軍中，對當地居民曾有過犯罪行為的軍人。哥白尼本就是國際化都市，沒有什麼「國家感」。只要穩定居民情緒，注意軍隊的紀律性，清除少量害群之馬，要維持這裡的統治並不難。
按扎夫特高層的設想，哥白尼市未來將被扎夫特「接管」，成為其在月球上最重要的立足點。
發動月球攻略作戰時，一直龜縮不出的托勒密基地的地球聯合守軍，終於在這個時候發動了攻擊。
地球聯合在月球上經營多年，圍繞著托勒密基地為中心，這裡的有隸屬於大西洋聯盟礦產基地翁底米昂，有獨立成套的工業帶甚至是武器工廠。
大西洋聯盟很早就意識到太空的重要性。在可控核聚變技術成熟前，為了減少運輸成本，早早地就在月球基地上進行相關的工業布局，其月球工業基地也是大西洋聯盟軍工體系的重要一環。在地月航線被切斷後，大西洋聯盟通過中立國往月球基地輸送了不少「民間人員」。而其位於月球的工業基地在此期間也是不斷地加班加點瘋狂的生產武器。
扎夫特軍登陸部隊對哥白尼市的攻擊極其順利。
但是在月球的外太空的空戰中，大西洋聯盟投入了一款「新式」武器，卻讓參戰的扎夫特軍方，甚至是阿卡菲爾都大吃了一驚。