當衛宮士郎立志成為黑暗的執法者後不久，一位名叫夜神月的高中生身上也發生了不可思議的事情。
他撿到得了一個筆記本，只要將人的名字寫在上面，然後想著這個名字的面孔，就能夠將名字的主人殺死。
夜神月最初略微惶恐了一陣後，便很快適應事實，甚至產生了自己是神明，創造新世界的念頭。
他想起了不久前，在日本引發的，被媒體稱為「黑暗的公正」的連環殺手，他在短短的幾個月里，使用各種手段連續殺死了三十位臭名昭著的罪犯。
那些死去的王八蛋，除了他們的親人，每個人都為他們的死而叫好。
夜神月好崇拜那位屢行黑暗公正的執行者，中二的少年覺得他好酷，好想成為他那樣的人，然後上天就讓他撿到了那本名為死亡筆記的殺人道具。
在發現了這本筆記的殺人功能後，接下來的日子，夜神月不斷使用著死亡筆記，心安理得的處決著一個個罪犯、逍遙法外的罪人。
電視上報道著犯罪案件時，經常會出現罪犯突然心臟麻痹而死。
在全球各地出現了大量的信徒，也大大震懾了罪犯，惡性犯罪事件更是直接減少了70%。
人們把這位神秘的殺手，稱之為基拉（Kira）。
他的行為，甚至導致「黑暗的公正者」都停止了殺戮。
但是，這也引起了國際刑警和美國政府的注意。
在警察眼裡，無視法律，私自處決犯人，根本就是違法行為。從前在日本出現的「黑暗的公正」已經很讓人頭痛了，現在又多了一個基拉。負責調查此案的警方，目前分裂成兩派意見：一是認為黑暗的公正和是基拉兩個人，二是認為他們是同一個人。
不過由於前後兩位連環殺手殺人的手段有別，執第一種意見的人是主流。
就算殺的都是犯人，也無法掩蓋殺了人的罪行，將其繩之以法立刻成為國際級刑警的目標，但在此之前，將其尋找出來是首要之事。
夜神月並不知道自己的行為已經引起了世界各國警察的注意，依舊在不斷的獵殺罪犯，不過作為一名高智商的人物，夜神月為了保證死亡筆記不被他人得知，採取了極其嚴格的保密性措施。
在得到了大量崇拜他的言論後，夜神月心中得意的同時，也更加堅定自己的做法是正確無疑的。
不過很快，夜神月的得意就被一個叫L的神秘偵探打破，對方只利用了一個被推出來的死刑犯，就推測出夜神月擁有知道對方的姓名和外貌就能殺人的方法。
具體的做法，就是在日本各地的電視台，輪番播放準備好的新聞錄相，讓一位本當被處死的死刑犯扮警方發言人，在新聞節目里向夜神月發出瘋狂的挑釁。
「幼稚的手段，不過如果基拉的真實身份是個中學生的話，會被他挑撥成功上當的。」
當L在電視上展開挑釁時，衛宮士郎也看到了這個節目。
他的身份是東京的地區檢察官，發生了動用神秘手段連續殺人事件，他怎麼可能不會留意到此事，事實上，他很早就留意到這事了。
作為做著和夜神月相似事情的「同行」，他關注此事的原因，倒不是急著想把神秘的基拉繩之與法，更多的是想弄明白，對方是如何做到的，最好自己也能學會這種手段。
今天的衛宮士郎，隨著對體內覺醒的神秘的力量越來越理解，運用越來越純熟，力量也是越來越強。
但是，他再強，也有個上限，在這個世界依然不能超脫人類的範疇。一個普通人，拿著一把槍頂著他的腦門開一槍，還是可以輕易地殺死他。
那些神秘的力量，大概只是讓他大概達到西邊的中國電影里，黃飛鴻一般的武力層次而已，此外還有很敏銳的感知力。而這是一個充滿槍械的世界，最高效的殺人手段，依舊是槍。
他每次殺人，都需要親自動手，或狙擊，或貼近近殺，反正都需要身在現場，效率很低，而且風險很大。
官方已經懷疑，兇手很可能是一位法律界的相關人士，開始重點關注監視這個人群了。
幸運的是，遠程狙擊能力是太過顯眼的技能，而自己明面上的身份，只是一名檢察官，沒有接受任何狙擊的訓練。而負責此案的搜查官們，明顯都把破案的突破點盯在狙擊上，也就是神槍手。
因為辦案方向錯誤，讓他暫時逃脫了被懷疑監控的對象。
「如果那個基拉，真的具有遠距離殺人的能力，電視里這個公然挑釁，有意地在激怒他的傢伙，就死定了。」
正在餐館，陪著自己手下年輕的助理毛利小五郎吃飯，通過電視看到了這段視頻。今天是周六，辦完公事下班後，衛宮士郎請了檢察院的年青同事們一起去當地的飯店吃飯。
身為最年輕的地區檢察官，在同事的眼裡，這個年輕的檢察官上級是令人尊敬上司：辦事認真，行事嚴謹自律，沒有任何不良的嗜好，對部下嚴厲卻不失溫和。雖然他是個工作狂，但是除非有特殊的大案件，否則從來不強迫手下陪他加班。
簡直是個完美得挑不出錯的好上司，唯一的缺點，大概就是他是個清教徒苦行僧式的人物，檢察院里不少年輕的妹子都對這位英俊有為的檢察官暗送秋波，可是全部都是落花有意，流水無情的收場。
「這是官方制定的釣魚行動嗎？」
他對自己的助手小五郎道。
基拉殺人事件，在新聞媒體的反覆炒作發酵下，早已鬧得舉世皆知。身為檢察官的衛宮士郎，也通過自己的同行搜查官，了解到了這起神秘案件的真相。他從內部得到消息，美官方面已經派出FBI專員來日本，開始涉入此案。
「這種把戲，我懷疑是美國方面搞出來的。L這傢伙，背後沒有CIA和FBI站台我才不信呢。電視上出現的那個自稱是L的傢伙，一定是個替身，弄不好還是一個死刑犯的替身。」
很快電視台出現了這樣的畫面：那個在電視直播鏡頭上，公然對基拉公開挑釁的播音員，突然捂胸口倒下了。
「哼！」
正陪著助手吃飯的檢察官衛宮士郎，冷冷地了哼了一聲。
「死了？」
他的助手小五郎則還沒有從巨大的震驚中恢複過來。
而後，電視上的畫面，已經切換成了一個巨大的L字樣。
然後，一個通過變聲器變聲後的古怪聲音出現了。
那個聲音自稱自己才是真正的「L」，前面被殺的那個只是一個註定要被送上電椅的死刑犯，推出來頂包的原因交換條件是可以免得一死。通過這次試驗，L他確認了好幾件事。
一、正式確認了，基拉擁有神秘力量可以不接觸殺人的神秘殺手的存在。
二、這個代號為基拉的人所在的地區就在關東，同時根所他第一次殺人的地點，猜測他可能是在東京新宿。
三、確認他要看到人臉，知道人名後才能殺人。
這個時候，和他一起吃飯的檢察院的同事，則同時對自己上司精明的判斷力佩服得五體投地。
「厲害啊，衛宮君，若您是那個基拉，L可是要頭痛了……啊，當然了，您怎麼可能是這個連環殺手呢？」
小五郎是個大嘴巴，發生自己說錯話了，連連補救。
而在電視里，L更開始對發出各種挑戰式的嘲諷。
「知道嗎，小五郎，對付狡詐的罪犯，最關鍵的一點就是要激怒他。憤怒的人最容易喪失理智，喪失理智，就容易露出破綻，露出破綻，將他們繩之以法的機會就出現了。」
衛宮士郎看著電視對著自己的助手教訓到，而在心裡，則在這時不斷地對自己道：「王不可怒而興兵，士不可怒而拔劍。那個基拉，他被激怒了，這是他輸的第一局。而L在電視里公然對他發出挑釁，如果他愚蠢地接受應戰，則他將輸掉第二局。」
而在另一邊，中二高中生夜神月的家中，發現自己中計了的夜神月，正對著電視怒不可遏，憤怒地嘶吼道：「竟然說要把我送上死刑台，好，L，我接受你的挑戰。」
飯局結束後，衛宮士郎手下的檢察官們，懷著不同的心情，興奮地跑回單位，通過各種手段想去探求這個L是何方神聖。身為檢察官，這方面的資源和渠道很廣。而衛宮士郎則作不為所動狀，雖然他心裡比誰都更想知道L到底是誰。
「這些日子，我也正在一直調查那個基拉是誰呢，想不到L你這半路跳出來的程咬金，一下子幫我縮小了這麼廣的範圍了。」
黑暗的公正，所以在開始殺戮後停止了行動，是因為他已把目標鎖定在基拉的身上。
一心將生命貢獻給公正的衛宮士郎，無懼自己被揭發後上絞架的命運，卻不願意在這個世界還是如此污穢的情況下，結束自己的正義之旅，他同樣也明白，活得越久，才能更持久地維護正義的道理。
「那個，如果基拉是真正的正義之士，我願意和他成為盟友。但是，如果他是個拿了大殺器，就像小孩子一般拿著玩具胡鬧的中二，我則會毫不猶豫奪取他的一切。」
懷著這樣的念頭，衛宮士郎驅車去了當地的教堂，面對著上帝的雕像，跪坐在那兒祈禱著。
「神啊，你賜予我超凡的力量，又賜予我神奇的空間戒指，現在又把這位神秘的基拉送到我身邊，再加上那位同樣神秘的L，這是你對我的考驗嗎？如果這是考驗的話，我會全身心地接受這位試煉……」
那是一座廢棄的教堂，夜裡空無一人。
在教堂里，衛宮士郎從自帶的空間戒指里，取出了一台機器，擺放在地上。
那是一台自製的鞭撻機器，是他通過自己擅長的機械技能自制的，工作的機械手臂上，持著一條帶刺的藤條，刺尖上還抹了特製的藥物，能讓被抽打的人品嘗的痛苦加劇。
然後，衛宮士郎脫|光身上的衣物，裸背趴在機器面前，啟動按鍵開關。
咯吱……機器開始動作起來，機械臂高高的揚起。
「呼！」的一聲尖嘯，帶刺的藤條狠狠地抽打在衛宮士郎的裸背上，一鞭下去，立刻就是一道觸目驚心的血痕。
一鞭，兩鞭，三鞭……十一鞭，十二鞭，十三鞭。
整整十三鞭，每鞭的力道都超過百公斤。換成普通人，挨上一兩鞭就會身體承受不住痛昏過去，但衛宮士郎卻硬生生地承受了下來。
那次覺醒了力量之後，衛宮士郎就發現，自己的身體除了變得越來越強壯外，腦子裡還多了一套神奇的功法，按這套功法修鍊下去，自己除了精神更好，體力更健旺外，額外的好處，就是受傷後的恢複速度很快。這些鞭傷，一晚上過去後就會痊癒如初。
這套功法的名字叫補天訣，開篇的第一句話就是：天道不全，地獄補之。
衛宮士郎很喜歡這套功法，他覺得其和自己現在行的「黑暗的公正」是絕配，是自己行為的最佳寫照。
每當自己殺了人，或者起了貪、嗔、痴這些雜念時，衛宮士郎就會到這裡，用這台機器鞭撻自己，以此來磨礪自己的心境。
佛經里有不嗔，不痴，不怒，不爭，不奢，不貪，不妄之說。
衛宮士郎不信佛，卻努力地要讓自己保持這樣的心境。在心裡，他的理性也曾告訴過他，痴迷於成為正義的夥伴，正義的化身的他，其實也犯了痴，同樣是一種執念。
但衛宮士郎本身卻又對佛家的不爭和無為之說極為不屑，他執著於成為正義的夥伴，但同樣信奉，與天斗與地斗與這不公正的世界斗。
身體忍受著鞭型機器鞭撻打的痛苦時，衛宮士郎在心裡不停地對自己道：
「正義不是跪舔得來的！」
「正義是需要強大的力量去維護的。」
「不光是要擁有強大的物質力量，還要擁有強大的精神力量！」