六月中旬，當奧匈皇儲夫婦正前往波斯尼亞的途中時，山縣有朋為首的長州派終於低頭認輸，寺內正毅、楠瀨幸彥、岡市之助、大島健一四人退出現役，田中義一成為了長州派在陸軍中的領袖。
東京地區被單獨劃分為警備區，該區域內的陸海軍統一接受軍人道德委員會的領導，東京警備區司令及橫須賀鎮守府司令由軍人道德委員會任命。
並且天皇下達詔書，在非戰爭期間由軍人道德委員會協助自己統帥陸海軍。也就是說，陸海軍已經無法自行判斷天皇統帥權是否被侵犯，判定權力歸於軍人道德委員會。
陸海軍中的《軍人敕諭》被封存，大正天皇下詔表示要陸海軍不忘初心，恢複對五條誓約的學習，以避免再一次出現兵變。同時各地的在鄉軍人會被納入軍人道德委員會管理，禁止在鄉軍人之間以官職相稱，無論官兵，退伍之後即為平等之國民，不得行使軍中等級進行壓迫。
文部省也對學校教育進行了改變，明治天皇時代《教育敕語》被封存，大正天皇頒發了新的《教育敕語》，內容只有八個字「好好學習，天天向上」。
取消學校中的奉安殿和御真影，代之以歐洲及明治先賢語錄，久坂玄瑞、高杉晉作、西鄉隆盛的影像、言論都被安置於各學校。並建立教師工會，對中小學教材進行審閱，及提出教師自律原則，禁止在學校內宣揚宗教意識、迷信思想和個人崇拜。
經濟上，內閣開始推動土地改革法和反壟斷法，後者是針對財閥的立法，嚴格來說就是對日本傳統的政商模式進行打擊。
政治上，議會開始推動全民普選進程，並通過了言論自由的保護法案，開始對警察權力加以限制。此次兵變死傷最多的是警察，但警視廳並沒有得到國民的普遍同情，大家反而覺得參與兵變的士兵們是為了國家才不得已動用了暴力。
但實際上卻是國民對警察權力過大產生了普遍性的不滿，議會各黨要求對《治安警察法》進行評估，以修改其中不合實際的部分。這同時也是各政黨對此次專案小組中司法權力的濫用提出的質疑。
不過林信義並沒有對議會的要求進行阻止，雖然司法省的官僚試圖和議會對抗，但林信義則並不支持這種對抗。事實上，如果不是時機還不成熟，他其實是打算把內務省也一併拆解掉的，這個號稱官廳中的官廳，實際上已經成為了政府獨裁的權力基礎。
明治時期軍部用統帥權對抗的就是內務省為核心的司法和行政權，往後推二十年，二二六兵變後軍人政府成立，軍部和內務省的權力相結合，就形成了日本的獨裁體制。所以，在削弱了軍部的獨立地位後，下一步的目標就是拆散內務省，以遏制住政府用司法權力壓制輿論和政黨政治的慾望。
總之，從五月到六月的一個多月內，明治時代的權力核心算是正式退場，新的大正權力核心開始形成。而這種核心是偏向於重工業企業及市民階層的。明治政治的旗幟是開國攘夷，那麼大正政治的旗幟就是工業化和民主化。
伊藤博文注視著兵變以來政府的一舉一動，最終他也沒有看到什麼大的失誤之處，他對井上和山縣表示，「至少犬養毅內閣乾的比我們在明治十年做的事強。」
井上和山縣雖然並不滿意犬養毅內閣推動的全面改革行動，這一改革實際上就是在終結以元老為核心的政治體制，他們可沒有伊藤那麼的順應潮流，但兩人還是認同伊藤的一個判斷，就是犬養毅內閣推動的改革已經得到了國民的支持，他們現在並無能力進行反對。
當然，山縣有朋認為，他們不是沒有能力推翻犬養毅內閣，而是沒法推翻已經掌握了軍部大部分力量的軍人道德委員會，只要這個軍人道德委員會還存在，那麼犬養毅就算下台，換一個首相依然要接受企畫院的建議，將改革繼續推動下去。
犬養毅其實只是改革派推出的一面旗幟，真正推動這場變革的是站在其身後的改革派，而改革派在軍隊和政治上都佔了上風，林信義雖然足夠出色，但支持他的卻是過去二三十年里日本自己培養出來的人才，這些接受了大學教育的年輕人卻因為日本落後的工業體系而陷入了生活上的困境，這使得培養出這些年輕人的藩閥政治備受詬病。
1872年維新政府頒發《學制令》，先前的寺子屋與鄉學被廢除，取而代之的是全國共設小學53,760所。並規定：小學6歲人學，分上、下兩等，學制各為四年，以使入學者接受八年的普及義務教育。
不過維新政府很快發現自己承擔不起這筆費用，所以在1879年出台《教育令》，普及初等教育的年限被縮至四年。1873年日本初等義務教育的入學率僅為28%，1891年則猛增至50.3%，1907年則達到97.3%。
1886年的《中學校令》則為中等教育的發展作出具體規範。1890年，三類中等學校的數目達到190所，在校生約1.7萬人。
1877年東京大學成立，1886年頒布《帝國大學令》，到明治時代結束，日本的小學、中學、大學承接的教育體制已經接近完善。
簡單的說，日本在大正元年時期，教育事業已經先日本的工業化進入了工業時代。這就造成了一個極大的問題，在私有制的社會中，資本家是以利潤為中心來思考的，也就是說資本能用一個人就絕不會用兩個人，而作為一個集權政府，在教育上的思考方式是多多益善。
於是，到了大正時代，即便是帝國大學畢業的法律系學生，如果沒有考上省部文官的資格，帝國大學的畢業生雖然理論上是可以充分就業的，但如果你只想留在東京的省部工作，那個難度就不是一般的高了，於是就有人為了不去外地，而選擇了進入私人企業。
但是，即便是帝國大學法律系畢業的學生，在擔任律師事務所的實習生時，也是沒法靠著薪水養活自己的。這就使得許多大學生都傾向於社會主義，對工人階級的痛苦生活表示同情，因為他們只要沒有考上省部文官，留在東京生活，基本就是和這些工人階級居住在一起。
因此，平民新聞社對天皇體制進行攻擊時，不少大學生表示這是言論自由，反對那些黑龍會的浪人對平民新聞社進行攻擊，也反對右翼分子進入大學對主張自由及民主思想的教授進行騷擾。而在東京爆發的工人罷工運動中，大學生參與的也不少。
可以說，藩閥政治之所以維持不下去，就是因為這些政府的後備人才都轉向了反政府的立場，他們對於那些無能的關係戶佔據政府要職感到不滿，認為國家應當再來一次維新運動。
這一次的兵變更是讓陸軍上層的無能表露無疑，當長州派沒法依賴自己的力量平息叛亂開始，藩閥政治就已經宣告結束了，因為藩閥政治的基礎就是暴力，無法控制住軍隊的藩閥就和無法抵抗倒幕聯軍的幕府一樣，空有名望但已經沒法行使政權了。
所以，在軍部被軍人道德委員會控制下的局面中，長州派壓根不能指望利用軍部以外的力量去奪回政權，因為他們的勢力已經失去了根本，這也是山縣認輸的根源。繼續和海軍、政府對抗下去，那麼長州派就會和肥前藩、土佐藩一樣，徹底從政治上被消除。
山縣和井上清楚自己是怎麼對付政敵的，而伊藤則清楚自己的好學生和自己一樣果斷，一旦協商不成，那麼林信義估計就會採用自己當年的手段，以天皇的名義把長州系的軍政人物開除出軍部和政府，從而瓦解長州派在政治上的影響力。
雖然這有可能導致內戰，但是林信義應該不會害怕這一點，而他們也看不到贏的希望，畢竟海軍、近衛師團、政府都是支持這場變革的，雙方分裂的話，長州派也只能得到關西地區的支持，不包括九州地區，而關東地區必然是支持政府的，這地方對長薩政權早就心存不滿很久了。
而在日本國內的這場政治地震接近結束的時候，就傳來了薩拉熱窩事件。英法也開始要求日本站隊，雖然不是公開的請求，但這顯然是在為戰爭做準備了。
犬養毅內閣為此陷入了爭論，海軍方面主張中立，外務省則主張跟隨英國，陸軍反而保持了沉默。寺內正毅對於薩拉熱窩事件的看法是，可惜太遲了些，否則陸軍就不會陷入這樣的困境。而東條英教也很清楚，自己現在勉強掌握住了陸軍，但並不表示陸軍就完全被自己控制了，一旦跟隨英國對德宣戰，很容易讓陸軍內部的權力再次被長州派奪回，因此他表示陸軍和海軍共同進退。
於是一個很奇怪的局面出現了，軍部對於歐洲戰爭表示了和平主義的立場，外務省這些文官們卻主張在日英同盟的基礎上跟隨英國，從而擴張日本在國際秩序中的話語權。
雙方一時也沒法得出什麼結論，畢竟歐洲戰爭對於日本人來說實在太過遙遠，哪怕是主持追隨英國的外務省，也沒想過日本能夠派出多少軍隊前往歐洲參戰，他們只是希望在這種重大問題上能夠表明一下日本的立場，從而提升日本的國際地位。所以這場爭論主要發生在政府內部，對於民間來說並無多少人關心，大家對如何解決日中衝突的問題，都比歐洲大戰來的重視。
在這樣的局面下，新成立的企畫院提出了亞洲經濟一體化的方案和大陸鐵道縱貫線計畫，林信義對內閣成員這樣解釋道：「日本的工業基礎對於歐美來說都是相當薄弱的，但對於中國等亞洲國家來說，又算是領先一步。日本的工業品在和平時期難以和歐美工業品競爭，因為質次價高。
但是在歐洲戰爭爆發之際，歐洲已經無法向外輸出工業品，這個時候日本至少可以替代歐洲為全球市場服務，其中最為重要的就是亞洲市場，因為我們不可能和美國爭奪美洲市場。
歐洲戰爭對於日本來說，最大的好處是給了我們一個發展時間，所以我們不應當考慮該站在哪一方，而是應當考慮如何趁著歐洲戰爭的機會強佔亞洲市場，並儘快的提升日本的工業基礎，從而在歐洲戰爭結束後保住一部分市場…」
企畫院的建議獲得了內閣一致的贊同，哪怕是試圖提升日本國家地位的外務大臣牧野伸顯，也不得不承認，企畫院的建議更能給日本帶來實際的利益，畢竟支持英國只能在戰爭期間獲得英國的感激，至於戰後日本是否還能獲得英國的尊重那就兩說了。
於是在七月初，犬養毅派出了以外務大臣牧野為首的使團前往北京就日中朝俄四國的懸案進行商議，爭取儘快的解決四方之間的衝突，然後推動東亞地區的經濟一體化進程。
伊藤博文稱讚林信義在這一次維新行動中幾乎毫無破綻，其實就是指這個。林信義利用陸軍發動的兵變實施了自己的政變，但又能掐住時間在歐洲生變之前逼迫陸軍妥協，然後又以歐洲戰爭為借口推動政府和平解決東亞問題，每一步都走在了正確的時間點上，讓人難以反擊。
林信義作為牧野大臣的副手，和使團一起前往了北京，使團是七月十一日抵達北京的，牧野一到北京就被英法駐華公使給糾纏住了，他們要求日本在東亞問題上和自己先取得一致，反對日本單獨同中國政府達成什麼協議。
牧野只能同英法虛以委蛇，他不肯向英法承諾日本和英法在對華事務上的一致立場，實際上就是拒絕了被英法左右外交政策。英法的意圖是，一旦歐洲宣戰，那麼亞洲聯盟應當開除太平洋聯邦，或者解除太平洋聯邦的艦隊，他們認為所謂的太平洋聯邦艦隊就是德國的太平洋分艦隊，因此也在協約國的交戰對象中。
牧野沒法做出這樣的承諾，雖然他認為英法對於太平洋聯邦的判斷是合理的，但是海軍是不可能同意協約國向太平洋聯邦進攻的，哪怕英法以太平洋聯邦的一部分島嶼作為日本的報酬，海軍也不能接受，因為在聯盟旗幟下，日本海軍實際上對整個太平洋聯邦所屬的海域都有巡航權，接受英法的建議反而讓海軍在太平洋上的勢力範圍縮小了。
更何況，英國還試圖把巴厘島的控制權交給荷蘭人，以此杜絕日本海軍進入澳大利亞海域，這實在是沒把日本海軍當一回事了。畢竟荷蘭人現在在南洋的殖民地，在海軍眼中都是不正當的存在，英國人這是逼迫海軍承認荷蘭人在南洋殖民的合法性。
法國人的態度稍稍比英國人強，法國只想要日本明確和德國的對抗立場，並要求日本阻止中國對法屬印度支那地區的威脅。中法關係現在已經瀕臨破裂，中國政府就沙面慘案正式向法國提出通牒，要求法國做出道歉，並決定收回所有法國租借地，及和法國重新簽訂平等條約。
也就是說，法國和中國之間距離戰爭也只有一步之遙，而且法國壓根沒法阻止中國的行動，不僅僅在於法國在中國的租借地，法屬印度支那地區的安全也受到了威脅。法國政府雖然決定對德宣戰，但並不想同時對中國宣戰，英國也反對法國這樣做，因為英國人擔心這會使得中國加入同盟國一方，讓英屬緬甸受到威脅。
日本實際上已經成為了遏制中國對英法動用武力的關鍵，而德國則拚命的勸說中國向英法開戰。所以牧野一到北京就被英法公使給牽制住了，他們不許牧野單獨和中國人進行談判。
但是，真正和中國政府進行談判的其實是林信義和吉田茂，且日本和中國並不是單獨協商，而是在聯盟框架下進行的四國協商。朝鮮北部自治區代表朝鮮，赤塔共和國代表俄羅斯，加上日本和中國，形成了四方協商。