對於山路大佐的質疑，田中中佐幾乎找不到什麼合適的理由進行說服，因為戰略和政略平等的方針，意味著陸軍和海軍之間失去了一個共同的約束力，過去大家是抱著讓日本富強起來這個念頭才能對發動日清戰爭、對俄作戰達成共識。
但是現在，陸軍拋棄了政府對於軍部的約束，把有利於陸軍獲得更多資源的大陸政策作為了陸軍的戰略，那麼海軍自然是不可能接受的。
站在海軍的立場上，有利於海軍的戰略應該是保持大陸和平，只要保住朝鮮半島這個屏蔽了大陸國家進攻日本的通道，那麼日本對於大陸就不該有額外的土地要求，然後全力向南方發展才是正道。
這種想法，從海軍脫離了陸軍的控制之後就已經萌發了，山本權兵衛提出的島帝國理念，正是這種想法變為海軍戰略的初步表現，只不過海軍過去一直沒有解決佔領南洋的英美法等國的辦法，所以山本權兵衛雖然有島帝國的理念，可是拿不出一個完整的海洋政策來，只能空喊南下而已。
但是隨著林信義進入海軍後，對海軍的南下策略進行了具體的規劃，並成功的從美國人手中搶到了棉蘭老島，從而打破了英美封鎖日本南下的通道，島帝國的理念就不再是一種空泛的為海軍爭取預算的口號，而是一個切實可行的方案了。
也正因為林信義對於島帝國理念的具體落實，山本權兵衛才沒法使用權力對其進行打壓，因為他不能否定自己的理念，從而引發海軍內部對他的信任危機。從某個角度來說，林信義確實要比齋藤實更合乎山本權兵衛對於海軍的未來需要，齋藤對於山本來說，也就是權力的繼承者，而林信義則是島帝國理念的繼承者和發揚者。
山路一善很清楚岳父的想法，也知道海軍新的共識是什麼，所以在陸軍面前自然不會去追求什麼預算的分配問題，而是直接點明了陸海軍利益的不同之所在。財部彪大佐就是沒有看明白這一點，試圖用預算上的平均分配來抵擋陸軍在戰略上的強勢，然後就被趕出軍令部了。
田中義一面對絲毫不願意在戰略方向上進行妥協的山路一善也是大感頭疼，去年他和財部彪接觸的時候，對方雖然在戰略方向上不認同陸軍，但是在預算問題上還是有共識的，當然去年兩人的接觸並沒有得到正式的授權，而是在陸海軍高層的默許下進行的個人討論。
以私人會談的方式來討論公事，實際上才是陸海軍進行磋商的正常方式，因為海軍獨立於陸軍之後對陸軍試圖干預海軍內部事務充滿了警惕，所以海軍不會接受陸軍正式提出的磋商請求，這也是山縣有朋需要上書天皇，才能通過天皇的詔書讓陸海軍坐在一起原因，且雙方坐在一起是作為輔佐天皇的機構的協商，還不是陸海軍雙方的協商。
私人會談的方式有一項特別的好處，那就是約定如果出現了問題，陸海軍都可以進行否認，認為這只是幹部的個人行為，不是陸海軍給出了切實的承諾，所以私人會談時說話就沒有什麼顧忌，田中義一很快就和財部彪達成了陸海軍各自擴軍的協議。
但是現在這樣的正式會談就比較麻煩了，所有談話都會被記錄在案，田中不可能對山路大佐的質疑給出清晰的答案，同樣他也不能代表陸軍做出其他什麼承諾，海軍到時要是拿著會議紀要和陸軍打官司，他就成為替罪羔羊了。
於是陸海軍協商會議剛剛翻過了協商機制和陸海軍合作模式的大山，又被戰略方向的分歧給攔住了，不先確定戰略方向就沒法提出下面的擴軍計畫，這樣的協商就算報上去，陸軍也一樣不能以此要求政府增加預算。
直到現在，陸海軍就帝國國防方針進行的協商會議，政府和議院都是一無所知的。陸軍很清楚，一旦讓外界知道了這場會議，輿論恐怕首先會主張維持和平，畢竟擴軍是需要增加預算的，而現在的日本並沒有多餘的預算給軍部。
於是在海軍卡住了戰略方向的問題後，陸軍這邊又變得一籌莫展了，他們既不能說服海軍放棄立場，又不能通過輿論壓力讓海軍做出退讓，協商會議再一次進入了僵局。
還沒等田村想出什麼破局的辦法，陸軍內部卻掀起了一場波瀾，起因正是宮中頒下詔書，要求陸軍調動一批人協助海軍建立陸戰隊司令部。接到詔書的陸軍省是茫然的，他們一開始沒搞清楚這件事到底是否有利於陸軍，然後看到東條英教、山口圭蔵兩人的名字都在協調名單上，軍事課長大井成元非常惱火，拍著桌子大罵參謀本部擾亂陸軍秩序。
大井成元是長州派嫡系，對於驅趕東條英教、山口圭蔵這些威脅長州派的軍中前輩是持積極立場的，畢竟讓東條這些非長州系領導了陸軍，他們這些長州嫡系想要上升就困難了。
軍務局長長岡外史雖然對兩位同學的下場頗為同情，但他在這個問題上也不能違背派系的決定，面對大井成元的激烈反對，他也只好不痛不癢的表示，參謀本部在沒有問過陸軍省的前提下，擅自和海軍軍令部上奏天皇，顯然是有欠考慮。
此時陸軍次官石本新六雖然不是長州出身，但他是寺內正毅的親信，面對陸軍省內長州派嫡系的不滿，他也不敢擅自做主，只能把問題上交給陸軍大臣寺內。
寺內正毅立刻和擔任教育總監的桂太郎進行了通報，兩人對於參謀本部的自行其是都感到了氣憤，桂太郎還懷疑這件事得到了山縣的默許，因為陸海軍協商會議室山縣直接領導的，教育總監和陸軍大臣都不能過問。
原本就對山縣在諸多問題上的決定都抱有不滿的兩人，一個是山縣對長州派三代目的指定，一個是讓參謀本部讓兒玉一系的田村掌握，對桂太郎和寺內正毅來說，這些決定就是山縣在玩弄權術，試圖牽制兩人以繼續把持陸軍。
在兒玉去世之後，雖然桂太郎和寺內正毅對如何使用、分化兒玉一系的人馬還有不同的意見，但是兩人的共識就是，兒玉這個小團體必須被拆散，不容許這個分化長州派的組織繼續存在下去。而要拆散兒玉留下的團體，田村怡與造和秋山好古就是兩個關鍵的人物，前者在軍中頗有聲望，而後者則維持住了長州一系對該團體的好感。
因此桂太郎是反對讓田村接任參謀總長一職的，他認為自己擔任參謀總長，田村擔任教育總監，然後將田村轉入預備役是對長州派穩定陸軍最好的辦法。
雖然陸軍三長官都有向天皇直接上奏的權力，但是三長官在陸軍內部的權力還是有區別的。和海軍省在獨立之後才開始設置教育本部和軍令部不同，早在1872年兵部省拆分成陸軍省和海軍省之前，陸軍內部的三大權力體系已經初步形成。
陸軍教育體系的權力始於引入西法編練新軍，西南戰爭本質上就是學習西法的新軍官階層打敗了舊士族，而陸軍大學的建立，則是留德派戰勝了留法派，藉助普法戰爭法國的失敗，推動了陸軍從法國制度轉向了德國制度。
但是這一次的陸軍內部轉向，並不是簡單的留德派和留法派的對抗，作為留法學生的山縣有朋和大山岩是轉向德制的主要推手，雖然提出者是桂太郎。為什麼把法國軍制引入日本的山縣和大山最終決定放棄學習法軍，當然不是因為普法戰爭中法國的失敗。
而是山縣需要藉助轉向把非長州派的陸軍高層給清理出去，完成長州派在陸軍中的主導地位。西南戰爭打垮了薩摩系對軍隊的控制權，但是受益的並不是長州派，而是那些之前在倒幕聯軍中居於從屬地位的藩閥，如果不能把這批人清理出陸軍，那麼長州派幹掉薩摩、土佐這些同盟，反倒是讓倒幕聯軍中的非主流得到了上升的機會。
正是通過了軍制的改變，這些非主流藩閥出身的將領就被堵住了接替陸軍高層的可能性，這也是陸大一期中幾乎都是關東出身的原因，因為長州派也推不出什麼人才，乾脆把被打壓下去的賊藩出身的軍官挑選了出來。
所以，長州派之所以能夠在陸軍中樹立起統治地位，並不是一開始就有的，而是在打倒了薩摩、土佐等主流力量，又聯合了關東的精英，對倒幕軍的非主流力量進行了壓制，從而建立起了長州派獨大的局面。但是長州派雖然完成了對於陸軍的控制，也打破了陸軍是倒幕聯軍的繼承者的概念，變成了維新政府成立後新建立的國軍，皇軍的思想才會在軍中泛濫。
對於非長州派出身的軍官來說，既然陸軍是維新政府所建立的國軍，是效忠天皇的軍隊，那麼長州派就失去了領導陸軍的正義性，因為大家都是日本國的一員，都是天皇的臣民，倒幕功勞最大的西鄉隆盛都可以被打倒，那麼山縣有朋憑什麼把陸軍當成自家菜地，想種什麼就種什麼？
而在桂太郎、寺內正毅看來，陸軍實際上是倒幕聯軍的繼承者，長州派領導陸軍是由倒幕聯軍推翻了幕府統治的功績所決定的，如果沒有倒幕聯軍，哪裡有什麼維新政府？所以軍部和政府的平等關係也就確立了，實際上不少人覺得，軍部應該比政府更高一些，在政府無力管理國家時，軍部有解散政府挽救國家的使命。
軍中的這兩種思潮，直接演變成了長州派和非長州派的對抗，兒玉的設想則是進行溫和的過渡，即從幕府聯軍過渡到國家軍隊，把長州派對於軍隊所建立的理念擴大到全軍，從而自動的消滅長州派和非長州派的差異性。
桂太郎和寺內正毅所強調的，沒有長州派領導的陸軍不可能成為什麼國家軍隊，只會變成一團散沙，從而讓軍部被政府控制。而要阻止軍隊的國家化，對於參謀本部的控制是至關重要的。參謀本部雖然於1878年才從陸軍省獨立出來，但是陸軍大學是直屬於參謀本部的，而沒有上過陸大是不可能成為陸軍高層的，這是山縣用以控制陸軍的手段。
現在山縣讓田村擔任了參謀總長，不就等於是把陸軍的人事權力轉移出去了么，桂太郎和寺內正毅當然是難以接受的。而田村現在和海軍搞出了這麼一個合作方案，也確實讓兩人不幸言中，桂太郎和寺內正毅當然不能接受。
只是在天皇已經下達了詔令的問題上進行否定，哪怕是山縣也是難以說出口的，桂太郎和寺內正毅上門指出這一問題，並要求山縣讓宮中收回成命，這顯然是讓山縣出面承擔責任的意思，山縣哪怕知道參謀本部提交的報告有問題，這一刻也不會接受兩人的建議。
而在陸軍的內部，田村的主張並不是沒有支持者的，比如上原勇作為代表的薩摩、佐倉一系，就覺得和海軍的交流是可行的，為此讓東條英教轉回現役也沒什麼不妥當，畢竟東條英教被迫退役，顯然是長州派做的過火了。
上原勇作雖然不是薩摩人，但他岳父是薩摩陸軍元老野津道貫，和大山岩、川村景明兩人成為了陸軍中的薩摩代表，當然大山岩要更加接近長州派，和山縣組成了長州派的核心，不過野津道貫更傾向於薩摩身份，所以成為了陸軍中薩摩閥的代表。
田村在戰爭期間是野津道貫的參謀長，所以野津道貫自然是支持田村的，只不過藉助了女婿之口來表明自己的態度而已。哪怕是把東條英教從前線趕回後方的川村景明，對於長州派把東條英教退役的決定也是不滿的，他倒不是對東條本人有什麼好感，而是覺得長州派藉助了自己排斥東條的行為進行了擴大化，讓自己當了一回惡人。
當然，在退役問題上川村是不會說什麼的，反正說了東條英教也不會領情，他為何要為一個自己看不上的人去同長州派交惡？但是當田村站出來對長州派的人事決定進行修正後，他還是跟從野津道貫支持了田村，認為天皇詔書既然已經下達，那麼軍人就該無條件去服從。
寺內正毅轉過頭來突然發現，他對田村的指責不僅沒能讓田村變成陸軍的叛徒，反倒是把他自己推上了風口浪尖，那些被長州派壓制的老人打著天皇詔書應當無條件服從的旗幟，對他進行大肆批評，認為他已經不適合擔任陸軍大臣了，因為他對天皇失去了恭敬之心。
而下面的年青將校也對他對田村的指責不以為然，認為他作為陸軍大臣不想著去考慮抵制政府裁軍的政令，反而整天在搞派系鬥爭，似乎把田村從總長的位置上拉下來，陸軍就不用裁軍了一樣，這是無能者為自己尋找借口。
寺內正毅這才回味了過來，田村對於海軍的讓步雖然讓陸軍的顏面有些受損，但是和海軍的合作卻能夠解決一部分軍官的安置問題，不管是去海軍，還是組建大陸內河艦隊，對於面臨被裁撤的軍官們來說至少是條出路。雖然軍中上下都反對裁軍，但是能夠有力量表示反對的，其實只有軍官而已，士兵們再怎麼不滿，也很難串聯起來，了不起能煽動一個大隊鬧事就不錯了，但是軍官們要是串聯起來，就是以聯隊、師團為單位的。
田村對海軍的讓步雖然丟了陸軍的臉，可是卻保住了一部分軍官的位置，這些軍官當然要站在田村這邊反對他了，反正東條英教的下場已經表明了，只要不是長州人，能力再好也別指望在陸軍中出頭，那麼大家對於長州派自然也就不會有什麼期待了。