由於山本海相不敢承擔起最終拍板帶來的政治責任，主要是東京市民的心理承受能力太差，俄艦不過出現在東京灣的邊緣地區，結果東京市民就開始暴動了。
因此山本海相不得不考慮這樣一個可怕的後果，當一整支俄國艦隊出現在日本沿海時，國民會不會要求他先謝罪負起責任來。那麼哪怕之後聯合艦隊還是圍剿了這支俄國艦隊，但國民並不會把這個功績記在他身上，而只會記得他的決定導致了俄國艦隊有機會攻擊了日本本土。
他之所以讓東鄉平八郎提出一個保守的作戰方案來推翻南下迎戰的計畫，就是對南下迎戰沒有什麼把握，想要讓軍令部來承擔這個決策的政治壓力而已。但是軍令部的做法，卻又把鍋甩給了東鄉平八郎，這個時候他要是站出來支持東鄉平八郎，就意味著兩人的政治前途都系在了這場決戰上。
東鄉平八郎也許還能堅持自己的主張，但山本海相終究還是沒有這種孤注一擲的勇氣，畢竟他實在是看不出自己為何要豁出大半輩子的努力，來堵這一注。按照軍令部的方案走，至少責任並不會全落在他這一派的身上。
山本海相作為派系大佬不肯出來背負責任，東鄉平八郎自然也就後退了一步，接受了軍令部的建議，先看看軍令部情報班的情報網究竟是否有效，假如一周後俄第二太平洋艦隊真的進入了馬六甲海峽，那麼就繼續南下迎戰方案，如果俄艦隊出現了在了其他地方，那麼聯合艦隊就採取保守戰術，在旅順口外守株待兔。
海軍省、軍令部、聯合艦隊三方之間終於達成了海軍內部的一致意見，伊東首相決定把海軍內部的統一方案進呈宮內。雖然這一次的會議看起來開的一團和氣，但是與會的海軍高層都意識到，海軍內部以繼承西鄉-薩摩一系獨大的山本一派，會上被伊東元老為首的軍令部一系給壓制住了。
假如說此前海軍內部的伊東派系，不過是依賴於伊東元老的名望撐著場面，那麼這一次的會議就表明了，軍令部已經形成了自己的獨立意識和力量，哪怕不用伊東元老出面，軍令部也有了對抗海軍省和聯合艦隊的能力。
過去提起陸軍就要提起三大衙門，因為任一單獨衙門都不能代表陸軍，但是提起海軍則只要關注海軍省就好，因為軍令部和聯合艦隊都不能越過海軍省發表自己的看法。
而這一次的會議，軍令部明確的表明了自己的立場和海軍省是不同的，聯合艦隊雖然站在山本海相的立場上對軍令部提出了質疑，但這也意味著聯合艦隊有了獨立於海軍省之可能性，雖然現在還無法體現這一點。
對於山本一系的海軍省官員來說，這一局面當然是一種組織上的混亂表現，但是對於那些被薩摩派邊緣化的海軍將領來說，卻是一種變局的到來，正是他們希望看到的打破組織內部僵化體制的變化。非薩摩派的海軍將領，當然不希望看到自己僅僅因為不是薩摩人，所以在晉陞和職位上都要讓薩摩人優先。
伊東祐亨並沒有意識到這些非薩摩出身的海軍將領的心思，雖然他是主張薩摩人主導海軍的，但是面對已經被西鄉從道樹立起來的薩摩系領袖，他要是不團結非薩摩人壓根就掌握不了軍令部，所以在這一問題上還是做出了讓步。
就算伊東現在是海軍出身的元老，可要是沒有海軍內部一個基本盤的支持，那麼他又怎麼代表天皇掌控海軍呢？結果，不就成為了山本海相推到陛下面前的海軍傀儡了嗎？所以，不管山本海相如何腹誹自己，伊東也是不可能放棄對於軍令部的控制的。
只要看看山縣有朋對陸軍的掌控就知道了，他想讓誰當陸軍大臣就讓誰當陸軍大臣，想讓誰當參謀總長就讓誰當參謀總長，陸軍所謂的三大衙門，在山縣面前就如三位最忠誠的僕從。說句難聽一點的，山縣有朋何止是陸軍之父，他都快成為陸軍的人格具像了。
山縣對陸軍的這種操控能力從何而來，不就是陸軍中高層將領都是山縣親手提拔的長州派么？沒有這些對山縣惟命是從的長州將領，山縣有什麼能力對陸軍人事進行干涉？
正如林信義曾經對他所言，「所謂元老，不在於才高德望，而在於他代表著一股不受天皇控制的勢力。天皇高高在上，垂拱而治，實際治國者乃是元老，元老所治者非國，而是各方勢力之利益交換。所以，近衛篤麿公爵血統高貴，見識也非常人，但不能為元老，因為他不能代表一方之勢力…」
所以，林信義對他主張，即便是接受大命組閣，也決不能放棄軍令部，因為無法控制海軍的元老是無法坐穩首相的位置的。伊東祐亨一開始還不覺得，不過現在卻越來越覺得林信義說的對。
由軍人轉向政治家就應該放棄對軍隊人事的干涉，這顯然是一種迂腐的觀點。假如不能壓制住山本海相，就連海軍都不會支持他所推動的一系列施政，更不用提整天想要給他使絆子的陸軍了。
在會議結束後，伊東首相併沒有立刻離去，他還去河原的辦公室坐了坐，除了關心一下軍令部的現狀，順便還問了問林信義的事。
河原趕緊向伊東彙報道：「我們派出的人員已經和那邊聯繫上了，幾位跟著林信義外出的海軍陸戰學校學員已經返回，東鄉次長把他們安排在了新加坡的辦公室，過段時間再把他們調回東京來。不過林信義學員並沒有跟隨他們一起返回，他倒是寫了一封信讓他們帶回來，我已經讓人通過外交包裹把信件郵回東京，等信件送到，我會立刻向閣下彙報的。」
伊東忍不住撓了撓頭道：「他現在還停留在那裡做什麼？英國不是已經打算和中國進行和解了么。他難道不知道，他在那裡停留的越久，就越容易暴露自己的真實身份嗎？真是讓人傷腦筋。」
河原思考了數秒後說道：「以他現在的身份，也確實不適合突然消失，英國人估計一直盯著他呢。我倒是覺得，他現在在那裡多待一段時間，等英國人真正的放鬆下來，然後再消失比較好。不過，等他回來之後，要怎麼安置他呢？」
伊東沒好氣的說道：「還安置什麼，讓他待在東京安分守己的過上幾年，等別人想不起他，這件事就可以過去了…」
2月9日，羅傑斯特文斯基率領的第一艦隊穿過了馬六甲海峽，雖然英國人並不歡迎俄國人的到來，但還是允許了俄國人在新加坡補充淡水和食物，但禁止俄國人上岸，也不允許俄艦隊在新加坡停留超過72小時。
2月10日，停駐在朝鮮半島鎮海灣內的聯合艦隊司令官東鄉平八郎接到了從東京轉發來的電報，俄艦隊確實按時穿越了馬六甲海峽，並且俄第二太平洋艦隊只有部分主力艦抵達了馬六甲海峽，並沒有攜帶其他輔助軍艦，跟在他們身邊的只有運輸船。
聯合艦隊司令部的各位參謀得到了這個消息後，立即向東鄉平八郎提出了出戰的建議，先任參謀秋山真之對東鄉司令官這樣說道：「俄第二太平洋艦隊分批前來，對於我國來說簡直是天助神佑。
9艘主力艦無輔助軍艦加以防護，讓他們擺脫了輔助軍艦的拖累，行動力大大加強了，可這也意味著這些俄艦很難防範住我軍的突襲。不管他們是前往金蘭灣，或是強行通過台灣海峽，都不可能我聯合艦隊集中力量之一擊。
現在讓我們感到擔憂的，反而是這些俄艦會在南方等待後續輔助艦隊的抵達，那麼我們想要殲滅他們的困難就增加了…」
東鄉平八郎也知，這樣的機會是稍縱即逝的。9艘主力艦，意味著之後的幾批俄分艦隊應該沒什麼主力艦配備了。俄第二太平洋艦隊如此冒險，顯然是抱著強行突破聯合艦隊封鎖進入旅順口的，所以才會讓主力艦拋下較慢的小型軍艦獨自向前。
俄第二太平洋艦隊的司令官拿出了這樣孤注一擲的賭徒心態，東鄉平八郎認為自己恐怕很難在旅順口外攔截住這支分艦隊，更不能縱容其在南方匯聚陸續到來的後繼力量。於是在2月11日，東鄉平八郎下令聯合戰隊第一、二戰隊南下台灣。
2月15日，抵達高雄的東鄉平八郎得到了最新的消息，俄艦隊轉向了越南海岸線方向，於是下令第四戰隊前來高雄匯合，並繼續關注俄艦隊的動向。
老實說，羅傑斯特文斯基抵達新加坡後一度有直接航向旅順口的打算的，不過他很快發現自己的艦隊缺乏直航旅順口的能力，而德國商船拒絕越過北緯17度線，因為日本方面已經向德國提出了正式的抗議，德國並不想捲入這場戰爭。
因此羅傑斯特文斯基只能打消直接航向旅順口的計畫，準備在越南沿岸找個港口補充煤炭、淡水、食物，和俄滿洲部隊取得聯繫，然後再北上。羅傑斯特文斯基也清楚，他所率領的第一艦隊雖然攻擊力是足夠的，但是在持久作戰和應付中日小型軍艦的突襲上又是不足的，所以他需要找到機會和旅順口的艦隊會和，才能考慮和日艦隊爭奪制海權的問題。