庫羅帕特金雖然知道錦州的俄軍正面臨著中國軍隊的反擊，但是他認為即便俄軍攻不下中國人的防禦陣地，也不至於會守不住自己的陣地。因此，錦州的安全至少是能夠撐到遼陽會戰結束之後，只要他這邊擊退了日軍的進攻，就可以再回過身來給索伯洛夫中將一些支持了。
只是遼陽會戰並沒有他所想像的那麼順利，雖然庫羅帕特金依託遼陽建立起了一個相當堅固的防線，但是運氣似乎並不在俄國這邊，先不提日本人在這期間突然攻下了海參崴，不僅打擊了俄軍的士氣，也使得俄軍不得不把兵力用於北滿，讓南滿的俄軍實力受到了削弱。
戰爭期間俄軍的運氣也不怎麼樣，指揮遼陽以東部隊的克列爾中將在視察前線時被日軍火炮覆蓋射擊，意外的戰死了。這使得前線的俄軍指揮出現了極大的混亂，讓日本人連連奪取了幾個要點。
在日軍加入戰爭的初期，庫羅帕特金和大部分俄國人的看法差不多是一致的，日軍也是靠著偷襲才能佔據了一時的上風，只要雙方擺開了架勢，真刀真槍的硬碰一場，獲勝的一定還是俄軍。
但是從遼陽會戰的情況來看，俄軍上下突然發覺，日本人並不是如他們想像的只會偷襲的小個子。假如說和中國人的作戰往往不是在正面戰場出現了問題，那麼日本人是俄軍第一次承認的，在正面戰場也很難取勝的對手，因為對方採取的也是歐式戰法。
打了將近一個月，俄軍發覺自己似乎和在歐洲軍隊作戰沒什麼兩樣，日本人同樣注重炮火壓制，並以密集的人群衝鋒攻擊他們的陣地，俄軍就是在這兩個方面沒法抗住日本人的進攻，才會連連失去遼陽周邊的有利地形。
而困擾庫羅帕特金的另一大問題就是，雖然他手中有著20餘萬軍隊可以動用，但是他完全不明白這些軍隊那些可用，那些不可用。這裡的可用和不可用，就是能否完成司令部所下達的命令，比如像54師這樣的部隊，名義上它有一個師的兵力，但壓根就用不出一個師的作戰能力。
在奧爾洛夫少將帶著54師一部前往增援朝陽失敗後，剩下的駐紮在鐵路沿線的54師部隊完全就成了沒有頭腦的蒼蠅，以至於現在被一群土匪給剿滅了大半。這樣的一個師，真的放到了戰場上什麼關鍵的位置，豈不是給自己挖坑么？
因此庫羅帕特金正從各部隊中一個營一個團的抽調出來重組有戰鬥力的支隊，以確保自己的作戰計畫能夠毫無障礙的落實下去。只是他的重組部隊還沒有完成，這邊錦州又出了問題。
到了這個時候，庫羅帕特金認為遼陽會戰已經沒法繼續下去了，要是讓中國人從側翼攻擊奉天和鐵嶺段的鐵路線，那麼俄軍就等於是把自己的後背暴露給了中國人。
在此種考慮下，庫羅帕特金認為應當把俄軍收縮到奉天附近，然後先打敗較弱的中國軍隊，然後再和日軍於奉天進行決戰。於是在1月16日，庫羅帕特金給遼陽前線的俄軍下達了撤退的命令。
雖然此時遼陽前線俄軍和日軍還處於對峙之中，俄軍並沒有居於明顯的下風，但是俄軍的士氣卻相當的低落。前線俄軍指揮官給庫羅帕特金遞交的報告都充滿了悲觀的論調，或是說這支部隊的彈藥不足，或是說那支部隊的損失過重需要補充有生力量，甚至有個別俄軍指揮官以部隊無力再戰為由自行後撤。
這些前線俄軍指揮官的悲觀看法，也深刻的影響了庫羅帕特金的決斷，讓他不敢在後方沒有得到安全保障的情況下繼續這場會戰了。
只是，俄軍的主動撤退在外人看來並不是一種戰略上的舉措，而是被視為了俄軍又一次的失利。自從日軍加入這場戰爭之後，各國的觀察員都把注意力集中到了日俄對戰的戰場上。
一方面日俄之間的海上對抗確實吸引了列強的目光。去掉了甲午戰爭，這是戰列艦出現以來第一次大規模的海上對抗，因此自然得到了列強最大的關注。大家都想要了解，這種大艦隊對抗能夠自己留下什麼有益的經驗教訓。
另一方面，中國軍隊雖然在陣地戰中表現不錯，但是中國人缺乏進取心，使得中俄之間的戰爭就比較沉悶了。俄西路軍進攻張家口雖然有些意思，但中國人並不是依賴正面作戰取得的勝利，而是依賴地形和斷絕俄軍後勤獲得的勝利，這樣的戰爭幾乎體現不出雙方軍隊的水平，自然也就很難讓人持續關注了。
相比之下，日本和俄國奪取制海權，然後大軍團登陸搞陸上會戰，這就和歐洲式的戰爭沒什麼區別了。這種戰爭模式正是歐洲各國所熟悉且能理解的作戰方式，自然大家都願意跑去關注，然後按照自己的經驗對雙方的戰術能力進行點評。
從這些歐洲觀察員的角度來看三國之間的這場戰爭，中國的取勝大多靠的是運氣或俄軍的後勤供應不利，而日本的勝利才是實打實的軍隊和國家的勝利。有了這樣的評價，各國的資本市場才能對交戰國發行的公債進行下注。
因此，遼陽會戰日俄雙方的損失雖然差不多，雙方傷亡人數都在20000出頭，日本方面略高一些，但是因為俄軍主動的撤出了戰鬥，讓俄國公債在國際市場上遭到了重大挫折。
事實上在日軍攻下了海參崴時，俄國公債在國際市場上已經賣不動了，現在遼陽會戰的結果一出，更是極大的打擊了國際資本對於俄國公債的信心。
俄國公債在國際市場上的無人問津，使得俄國的財政大臣在御前會議上向尼古拉二世提出了警告，「…截止到1906年末，我們已經為這場戰爭花費了6億盧布，而在二月底之前，我們還要立刻支付一億四千七百萬盧布的賬單。
美國和法國的資本家們，認為遼陽會戰的失利已經預告了我國的失敗，因此他們不肯再繼續購買我們的戰爭公債。相反的是，日本公債在倫敦和紐約正被人追捧，美國的資本家還打算在巴黎為日本分銷2億5千萬法郎的新債券，我們正在聯繫法國朋友進行阻止。
為了在法國報紙上挽回我國的形象，我們每個月至少要給法國報刊支付33萬法郎…」
財政大臣雖然沒有正式反對把戰爭進行下去，但他在御前會議上的彙報，每個字都在告訴尼古拉二世，戰爭是時候結束了。
不僅僅財政大臣是這麼看的，外交大臣也委婉的向尼古拉二世建議，也許是時候通過第三國同中日達成一個體面的和平了。
只是尼古拉二世卻並不肯就此承認俄國的失敗，這場戰爭雖然是在帝國遠東派的誘導下爆發的，但是拿主意的卻是尼古拉二世自己。他如果要承認戰爭的失敗，那麼就得承擔起戰敗的責任，比如交出自己手中的權力，接受自由派提出的政治改革，否則就不能獲得國民的諒解。
尼古拉二世認為俄國不能在失利的情況下提出媾和的請求，這在國民眼中和投降沒什麼區別。特別是這一次俄國的對手還是兩個弱小的東方國家，國民是很難理解這種失敗的，這可不是尼古拉二世的瞎想，在海參崴失陷的消息傳回歐洲後，國內的群眾運動就立刻上了一個台階，甚至有人開始公然祭奠起去年的流血星期日來了。
在這個時候他要是承認俄國已經在戰爭中失敗，那麼接下來俄國估計就要迎來一場革命了。俄國的榮譽此時已經和沙皇的統治正當性聯繫在了一起，尼古拉二世沒辦法隔斷兩者之間的聯繫，便只能誓死捍衛俄國的榮譽了。
因此尼古拉二世調動了維爾納軍區總司令奧斯卡·格里彭伯格上將前往遠東擔任第二集團軍的總司令，並且還暗示這位上將，他將有機會替代庫羅帕特金，成為遠東俄軍的總司令。只是彼得堡並不只給格里彭伯格上將以這樣的暗示，同時還給了第一集團軍的利涅維奇上將、第三集團軍的考爾巴斯上將以同樣的暗示。
也許，彼得堡試圖以此來激發幾位將軍的榮譽感，使得他們奮力為偉大的沙皇而戰，但就如同彼得堡任命的庫羅帕特金和馬卡洛夫把遠東總督的權力給架空了一樣，現在這幾位將軍也在彼得堡的暗示下，開始把庫羅帕特金當成了就要滾蛋的上司。
除此之外，尼古拉二世也發電給了駐紮在馬達加斯加地區貝島的羅傑斯特文斯基將軍，同意了他的冒險計畫。
1907年1月5日，羅傑斯特文斯基將軍所率領的第二太平洋艦隊的主力艦就已經抵達了馬達加斯加島，這裡是法國的殖民地，但法國人卻並不願意俄國的艦隊在這裡長期停駐，而羅傑斯特文斯基之所以要在馬達加斯加島停留，因為他需要等待輔助艦隊通過蘇伊士運河，和好望角的風浪相比，風平浪靜的蘇伊士運河顯然更適合輔助艦隊的通過。
只不過俄國人顯然沒有預料到英國人的無恥，英國人以種種理由拖延了俄國輔助艦隊通過蘇伊士運河的時間，用的理由正是俄國人偽裝成運輸艦通過蘇伊士運河破壞了紅海的航運秩序。俄國人只能和英國人打著公文官司，但並不能改變輔助艦隊被停滯於地中海的情況。
在這個時候，海參崴淪陷的消息又傳了過來，羅傑斯特文斯基終於忍耐不住，向彼得堡發送了電報，建議自己帶著7艘戰列艦和2艘裝甲巡洋艦先行趕赴旅順，和旅順艦隊匯合後同日本海軍展開決戰，至少比艦隊待在馬達加斯加曬太陽強。