10月10日，袁世凱以向國會敘職的方式進入北京，10月13日秦力山為首的皇室事務委員會拋出了國務會議組建及國會改組辦法。
辦法中規定，國務會議由15個行政部門的長官和8位總督、14位巡撫、兩位辦事大臣和5位邊區將軍組成，另國會將組建對應的委員會，單獨審核各行政部門的預算案，此外單獨設立國會主席一職領導國務會議。
按照這一辦法，原先迴鑾新政已經對傳統的六部結構進行過一次變更，因此這一次國會提出的對中央各部的再改革，倒也沒有引發多少轟動，只是從此前的十個部門增加到十五個部門，不免讓一些輿論擔憂會出現北宋官員泛濫的局面，從而對財政造成壓力。
不過這一改組辦法的公布卻得到了許多漢人官員的支持，特別是北洋一系官員的支持，因為這次的體制改組消除了大批滿人官員的職位，並把內地的滿人將軍排除在了國會會議之外，這意味著漢人的權力獲得了極大的提升。
當然，在漢人對公布的體制改革方案歡慶鼓舞時，滿人是極為不滿的。仰賴當前便利的電報系統，新疆將軍、甘肅新疆巡撫、陝甘總督、四川總督及內地各滿洲將軍都發來了反對國會提出的改組辦法的電報，陝西巡撫、山西巡撫、雲貴總督則發電認為應當給與滿人和蒙人說話的機會，以避免國內發生分裂。
此外，湘系內部發生了分裂，兩江總督魏光燾選擇了中立，浙江巡撫聶緝椝則選擇了支持。浙閩總督此時是淮系骨幹周馥，他雖然對武漢警惕萬分，但也認為改革比革命強。
雖然從聲音上來說，滿人的聲音並不算小，但是從實力對比來看，則滿人的力量就難以和達成一致的武漢和北洋相比了，不僅僅在於武漢和北洋佔據了中國經濟和工業基礎最好的一些地區，就手中新式軍隊的力量而言，也不是其他人能夠對抗的。
滿人地方督撫中實力最強的是陝甘總督升允，手中掌握著是董福祥所建之甘軍，但董福祥本人是支持光緒親政的，雖然董福祥已經退隱，但升允也很難在董福祥反對的情況下指揮這支軍隊對抗朝廷。
至於其他滿人督撫和滿洲將軍，他們的手下要麼都是漢人，要麼就是已經完全腐化的八旗，不要說對抗武漢和北洋的新軍，就連本地體制內的力量都對付不了。
看清了滿人的虛實後，袁世凱毫不客氣的向光緒提出了三個建議，第一是召回內地各滿洲將軍商討整頓旗務一案；第二是召回陝甘總督升允主持八旗體制改革，以楊士驤代理陝甘總督；第三是調山西巡撫張人駿回京負責戶部事務，以徐錫麟為山西巡撫。
光緒雖然對袁世凱頗有成見，他甚至都不願意任命其為國務會議的主席，但是在秦力山的勸說下，他還是點頭同意了袁世凱提出的三項建議。
於此同時，武漢也向北京提出了議案，設立西南和東北行政委員會，給與更多的權力以應對兩地複雜的內政外交局面。
西南行政委員會，將西藏、山南、雲南、貴州、四川、湖南、湖北等地區納入一個統一的行政區劃，給與有限的外交和軍事防禦權力，使之具有總督以上，中央政府以下的職權。東北行政委員會，將滿洲、內外蒙古及熱河等地統合在一起，並有將滿洲分為三省的初步想法。
這兩個行政委員會的設立目的，都是為了加強中央對於邊疆地區的控制，西南以湖南、湖北、四川為核心對西藏、山南、雲南加強控制，東北則是以直隸、南滿為核心控制北滿和內外蒙古。武漢和北洋各居其中之一。
這一提案雖然有少數人反對，但卻獲得了大多數人的贊成，因為這兩個行政委員會的成立都保證了邊疆區域的安全，只不過是損害了某些人的利益，對於大多數國人來說自然是樂於看到的。特別是山南地區剛剛併入中國直轄，一旦中印衝突平息，和平時期反而讓中國難以管束到這一地區，很難確保該地區繼續留在國境內，而山南現在就是西藏之屏障，沒有了山南，西藏也就不安全了。
而國會也就西藏事務做出了檢討，認為應當讓張蔭棠接任駐藏大臣，並要求噶廈政府、西藏工農兵委員會及山南工農兵委員會、山南專員接受西南行政委員會的指令，西藏、山南組建獨立軍分區，撤銷了藏軍和山南地方武裝的編製。
升允接到電報後雖然有心拒絕，武漢、北洋、南京都已經形成了事實上的割據，漢人都能擁兵自重，憑什麼滿人不能割據地方？只是，蘭州地方壓根就沒人挽留他，馬福祥直言不諱的對他的門客說道：「甘肅這個地方這麼窮，能夠保境安民就已經不錯了，拿什麼去對抗朝廷？更何況，這是皇上的旨意，總督大人以何名義對抗聖旨呢？」
升允不得已，只能收拾行裝前往北京，不過他抵達西安時卻又不想走了，於是停駐西安滿城向北京發電，表示自己身體有恙，希望能夠留在西安養病。
袁世凱此時剛剛就任國務會議主席，並不想過於得罪這些滿人親貴，畢竟北洋也屬於體制內的力量，既然已經把升允搞下台了，自然就不能繼續追殺下去了，否則豈不是破壞了官場的規矩。
但是秦力山卻不同意，他認為升允停留在西安滿城內頗有觀望局勢的投機想法，且西安將軍松溎也遲遲不肯入京，讓他們留在地方上，無疑是給了滿人一個割據地方的希望，對國務會議的權威有著消極的影響。
因此在通報了光緒之後，國會派人前往西安探望升允病情，並調查西安滿城的情況。面對國會的不依不饒，升允覺得不妙，說感覺自己病情好轉又可以上京了，不過國會立刻以升允涉嫌同榮祿勾結為由，提請光緒將其革職並令松溎押解其入京受審。
升允的下場極大的震撼了各地的滿人官吏，這讓他們意識到，大清的權威固然是伊於胡底了，但是有著漢人武力支撐起來的國務會議，對於各地依然是有著足夠的震懾力的。只要武漢和北洋達成一致，那麼國務會議的決定就必然能夠落實下去，而地方上壓根就不會為了滿人和國務會議對抗。
事實上又何止是滿人，就算是漢人的地方勢力，也一樣難以抗衡這兩個國內最大實力派的聯合。湘系就是地方勢力中最為尷尬的一個存在，作為太平天國後第一個崛起的漢人軍政集團，在滿清數十年如一日的拆分和打壓下，湘系其實已經很難再說成是一個獨立的軍政集團，只能說是一群有淵源的漢人官僚的聯合體。
這一聯合體在大清的體制內固然還有著不小的影響力，但已經不能像剛剛平滅了太平天國時對地方上一手遮天了。所以劉坤一死後，朝廷一度想要收回湘系所霸佔的兩江總督的位置，也差點就成功了，如果鐵良不去招惹湖北人的話。
雖然之後因為湖北爆發了兵變，使得魏光燾又坐穩了兩江總督的位置，但湘系缺乏一支能夠保衛自己權力的武力，哪怕魏光燾重建了一支部隊，但是舊的湘軍模式已經不能適合這個新的時代了，且湘軍也失去了自己成立時的理念。
湘軍和淮軍成立時，國內地主階級還是主張華夏高於蠻夷的，因此捍衛名教就是這些地主武裝的建軍理念，這些武裝的核心人物是儒生而不是什麼武夫。但是在庚子國難之後，國內的開明知識分子已經佔據了社會主流，認為不向西方學習將會導致中國亡國滅種了，1906年前往日本的中國留學生數量已經接近2萬人，幾乎是4年前的10倍。
此時，新軍的靈魂已經變成了這些試圖救亡圖存的新知識青年，而舊軍中幾乎看不到什麼知識分子，魏光燾雖然大辦教育，但是他遇到了和張之洞一樣的問題，教育出來的年青人並沒有成為湘軍的骨幹，而是成為了革新派的支持者。
魏光燾對國會提出的改組方案選擇中立，是因為他不想被武漢牽著鼻子走，他可不是直隸總督，對國務會議施加不了多少影響力。說難聽一點，大清失去權威，兩江總督在地方上和土皇帝有什麼區別？但是加入了國務會議之後，他就只有一票而已，他要是不理會國會會議的決議，反而給了武漢和北洋干涉兩江政務的借口，因此自然是維持現狀最好。
但是，他的立場不僅沒能獲得兩江輿論界的支持，甚至連湘系內部都有人不滿他的決定。比如曾國藩的小女婿浙江巡撫聶緝椝就認為，當下中國正面臨內憂外患，不改革肯定是不行的。不改革的話，不是洋人要打他們，英國人和俄國人不是已經在打了么，就是內部也要爆發革命了。
所以，支持國會對體制進行改組，至少還有一線生機，魏光燾為了自己的權位選擇中立，這顯然就有些自私了。江蘇的士紳之所以不願意支持這位兩江總督，和魏光燾只提拔湖南人是分不開的，相比之下他們更欣賞國會的改組方案，只是認為國會應當給出更多的位置給與江蘇人而已。
和江浙立憲派持有同樣焦慮心情的還有革命黨，以孫文為首的同盟會一方面在報紙上批評武漢和滿清進行妥協，有違革命理想；一方面則積極的準備著兩廣地區的武裝起義，試圖掌握一塊真正屬於革命黨人的地盤。