駐紮在娘索渡口的麥克唐納准將一直沒有等到對岸發生什麼騷亂，倒是在9月3日，6名廓爾喀士兵抬回了榮赫鵬上校的屍體。
這六名士兵神情沮喪的向准將彙報了上校遭到襲擊身亡的經過，並遞交了林信義親手寫的一封信件。信上一是對英軍在入藏途中對於平民的殺戮和掠奪進行了斥責，認為他們不是給西藏帶來了和平，而是帶來了戰亂和屠殺；二是要求英軍即刻退出西藏領土，否則中國軍隊將會把入侵者全部消滅在西藏的土地上，因為中國人民並不缺乏保衛家園的勇氣。
麥克唐納准將是一位老式的殖民地將軍，何謂老式？就是對於殖民地民族充滿了偏見，認為他們沒有能力統治自己的人民，也無力反抗大英帝國的統治。武力是對付殖民地叛亂最好的手段，但他又缺乏榮赫鵬上校那種狡詐的天性和對東方民族的深刻認識。
榮赫鵬上校對於東方民族的看法是，「忍受哪怕是一丁點的東方人的粗魯冒犯都是不明智的。只要他們能夠保持禮貌、殷勤，甚至是同志般的友情，一切就都是公平的，可以放在桌面上講的。
但一旦他們表現出反叛或背叛的一丁點跡象（往往其表現是自負和不文明的行為），明智的做法是狠狠地直視東方人的眼睛，並一直這樣直視下去，直到他認清自己究竟是怎樣的人，以及究竟誰才是真正的主人。」
而麥克唐納准將則認為，榮赫鵬上校對於東方人的態度過於仁慈了，對於只適合做僕人的東方人來說，只有鞭子才能教會他們如何正確的對待白人。這也是雖然他是這支遠征軍的最高軍銜者，但拿主意的卻是榮赫鵬上校和錫金專員約翰.克勞德·懷特，准將只是負責軍事指揮的部分。
榮赫鵬上校的死亡，懷特專員此時正在江孜穩固後方並拉攏班、禪，於是麥克唐納准將終於完全獲得了對於前線部隊的指揮權。同上校和專員一直把控制西藏作為這場遠征的目標不同，在准將心目中，這場戰爭只是為了維護大英帝國的尊嚴。不肯接受大英帝國領導的土著，就是對於大英帝國的冒犯。
雖然敵軍將上校屍體送回表現出了一種禮儀，廓爾喀士兵帶回的英文信件也表明了敵軍並不是不可以溝通的野蠻人，但准將依舊把這種行為視為了對於大英帝國的羞辱，他不僅沒有接受信件中提出的退兵建議，反而把護送屍體回來的廓爾喀士兵用鞭子抽打了一頓，認為他們沒有在戰鬥中盡到自己的責任，才導致了上校陣亡。
在鞭打了廓爾喀士兵的同時，准將又取消了上校對於藏人平民的相安無事的策略，上校活著的時候對軍隊下達了這樣的命令，對於那些敢於抵抗帝國軍隊的藏人一定要毫不留情的進行毀滅，不僅要殺死他們的人，還要燒毀他們的村莊，對於那些表現順從的村莊，則保持公平的貿易，不要進行騷亂。
對於一個在東方獨立冒險過的地理學家，上校很清楚東方民族上層和下層之間的差異要比白人和有色人種的差異還要大。就如同那些國大黨的黨員們，他們維護地主階級的利益，甚至比英印政府更為堅定，以至於連英國人自己都看不下去了。
所以，對於東方民族的征服，實質上就是對於東方民族上層的征服，因為東方民族的下層本就一無所有，他們根本沒有什麼要保衛的東西，英國軍隊為什麼要去侵犯那些本來就一無所有的可憐蟲呢？實際上，只要花上一點小錢，就可以驅使這些可憐蟲為英國軍隊服務了，而這些錢不過是那些東方民族統治者財富的一部分而已。
只是對於准將這樣的老式殖民者來說，能夠用武力征服的民眾為什麼要花錢收買？更何況，西藏本就是一個地曠人稀的高原地區，常常十幾英里都看不到一個人影，就算拿錢購買物資，藏人也一般是不會接受的，因為對於藏人來說，他們放牧的牛群、羊群通常不是自己所有的，他們可沒權力出售老爺的牲畜。
這就使得遠征軍的運力極為緊張，因為他們不但要運輸大量的軍火，還需要運輸大量的糧食。西藏的產糧區也就是幾個河谷平原，一個在江孜，一個在拉薩，一個在山南，遠征軍攻下江孜時得到了一百多噸的糧食和大批的牛羊肉乾，這極大的減輕了遠征軍的運力，才有了向拉薩繼續進軍的物資。
但是在雅魯藏布江邊滯留的這一個月，又使得遠征軍的糧食不足了，為了進攻拉薩，麥克唐納准將還需要增加兵力以補充兩次失敗帶來的人員損失，於是准將就放開了士兵們的手腳，不僅要求他們驅使藏人為軍隊運輸糧食和伐木，還開始派出軍隊到娘索渡口周邊去搜索糧食，以支持遠征軍的供應。
准將的行動從暫時的效果來看，確實提振了軍隊的士氣，在連續兩次失敗後，遠征軍的官兵其實已經對進入拉薩不報什麼希望了，也只有那些英國人還念念不忘要對拉薩展開報復而已。
不管是錫克人還是廓爾喀人，都對英國人表現出的傲慢無禮感到了不滿，因為他們認為這兩次失敗都和自己無關，他們只是遵照了英國軍官的命令去執行了任務，結果卻成為了失敗的最大責任者，這令他們對這場戰爭變的漠不關心了起來。
而在另一邊，原本和英國遠征軍保持著脆弱的和平的藏人，在江孜被英軍攻下後，這些藏人已經失去了抵抗英軍的勇氣，他們唯一指望的就是拉薩能夠派出軍隊來解救他們，在藏人眼中，只要拉薩還在，那麼西藏就不會被征服，因此他們雖然放棄了抵抗，但並沒有完全的向英軍投降，不過是和英軍相安無事而已。
當曲水的漢人和藏軍擋住了英軍之後，從雅魯藏布江南岸的藏人就又開始燃起了趕走英軍的希望，而當英軍撕破偽善的面目，開始抓捕藏人當壯丁，並劫掠寺廟和貴族莊園內的糧食後，侵略者和被侵略者之間的虛偽和平就再一次被打破了。
9月2日晚上，林信義和榮赫鵬上校的屍體一起渡過了雅魯藏布江，接著便前往了貢嘎宗，和電台部隊匯合，開始建立貢嘎軍政委員會。
把榮赫鵬上校的屍體歸還給英軍，也是他花了好大力氣才說服眾人的，因為他認為需要進一步打擊英軍的士氣，生死不明的榮赫鵬上校，顯然不及一具屍體更能證明英軍奇襲計畫的失敗。
從9月3日到9月8日，雖然他組建了貢嘎的軍政委員會，但是山南地區的寺廟和貴族卻反對將這一體制推廣到整個山南地區，實際上就是反對軍政委員會所推動的政治、經濟改革。
不過9月8日之後，英軍幫助林信義做了說服，在英軍開始對控制區域內的寺廟和貴族莊園進一步搶劫，而不再是要求他們交出一定的糧食和差役後，英軍和藏人之間的矛盾進一步激化，那些反對軍政委員會成立的僧侶和貴族立刻成為了眾矢之的。
9月15日，一大隊英軍攜帶大炮順著雅魯藏布江進入山南地界後，管理山南地區的山南基巧終於向林信義屈服，同意組建山南軍政委員會，山南地區人口最茂密的就是靠近雅魯藏布江的乃東、瓊結、貢嘎三宗，這三地也是直接受駐藏大臣衙門監管的宗。
山南基巧向林信義屈服後，林信義很快就以貢嘎的軍政委員會為基礎，擴建了包含這三宗在內的軍政委員會，隨即把組建其他宗的軍政委員會丟給了山南軍政委員會，而自己專心去對付這伙闖入山南地區的英軍去了。
這伙闖入山南地區的英軍支隊，是由彼得森少校帶領的4個錫克連隊和半個騎兵連及一個炮兵排，總兵力674人，另外還有被他們抓來充當的壯丁的藏人約300餘人。
彼得森少校的任務有兩個，一個是繼續榮赫鵬上校未竟的事業，尋找一條通往拉薩的通道，另一個則是獲得糧食補給。
一開始，支隊的行動是順利的，他們很快就在距離娘索渡口下游20多公里的地方找到了一個新的村子，不僅從這裡獲得了一部分糧食，還從村民口中得知，距離此地約七八天路程的雅魯藏布江下游地區還有一個和娘索渡口規模相似的渡口，從那裡渡過雅魯藏布江後就可以抵達拉薩河平原，不過距離要比從曲水到拉薩遠了一半的路程。
彼得森少校自然是欣喜不已的，他一邊派人把這個好消息傳遞給了准將，一邊則決定自己先前往打探前路，有可能的話先控制住渡口再說。
這個渡口正處於乃東宗，也是山南基巧的所在地。彼得森支隊向這一地區的挺進，自然就令山南基巧的僧俗官員們驚慌失措起來了。和之前對戰事只能依靠傳聞傳播不同，軍政委員會有著專門的宣傳部門，專門對著當地民眾宣傳英軍入侵所犯下的罪行，現在山南地區的民眾都已經清楚了英軍在沿途犯下的罪行，自然不會認為雙方能夠相安無事了。
於是，山南基巧的官員們很快就服從了林信義的命令，不僅協助組建了軍政委員會，也開始疏散起了沿途的民眾，這使得彼得森支隊在進入寬谷平原後很快失去了補給，雖然沿途有著大片的青稞田，但是英軍顯然不能自己去收割並將之進行脫殼。
為了獲得糧食補給，彼得森少校不得不散開了隊伍，尋找藏人的村莊，逼迫那些藏人收割青稞並進行脫殼磨粉，或是直接尋找藏人的牧群作為部隊的補給，不過這一進一步證明了關於英軍的罪行宣傳不是謊言。