由於日本對於清政府所抱有的同情姿態，使得李鴻章看到了分化聯軍的希望，在他的多次懇請下，慈禧終於改變了主戰的姿態。
但實際上天津的淪陷和李鴻章的抵達，讓她意識到義和團已經不可能再阻擋洋人前進了，而朝廷也有了足夠的力量鎮壓義和團，慈禧很快就抓住了這個微妙的機會拋棄了主戰派，8月11日，慈禧任命慶親王奕劻為全權大臣，李鴻章為協辦大臣正式向外國列強求和。
聯軍佔領天津之後，其實也陷入了一個困頓時期，因為日本拒絕增派軍隊並提出保全中國，對俄國在滿洲的行動表示不信任，導致聯軍在天津的兵力只有一萬四五千，但是英國從殖民地調動的軍隊，德國從歐洲運來的第一批7000名陸軍，都已經在路上，而最為兇狠的還是俄國人，17萬俄軍分為三路攻入了滿洲地區。
在這個戰爭的空隙期，聯軍方面對是否要同清政府進行談判也陷入了爭執中。隨著俄軍在滿洲的行動擴大化，英國對於保全中國的想法日趨強烈，試圖聯合日本、美國說服各國和清政府開始談判。
但是這一想法遭到了德國和俄國的拒絕，特別是德國人，對於本國公使被殺一事感到憤慨，加上本土的遠征軍正接近中國，因此強烈拒絕此時和清政府展開談判。法國人反對停戰，但是又拒絕和德國、俄國一起行動，表示聯軍應當共同進退，至於其他幾國則成為了透明人，幾大列強完全無視了他們的意見。
8月28日，俄羅斯軍隊佔領齊齊哈爾，黑龍江將軍壽山自殺，俄軍開始順著正在修建的中東鐵路支線沖向了吉林，於此同時旅順俄軍獲得支援後開始沿著鐵路線向北面的盛京開始進攻。
9月初，德國遠征軍抵達天津，此前各國政府已經同意任命德國將軍瓦德西擔任八國聯軍總司令，因此瓦德西上岸後就接管了天津的聯軍，此時天津的聯軍數量已經超過了3萬。
德國遠征軍的抵達，使得德國和俄國軍隊的數量在聯軍中佔據了優勢，英軍雖然也增兵到數千，但都是印度士兵，完全沒法和德、俄兩軍的戰鬥力相比，在瓦德西的強烈要求下，英國人只能做出讓步，同意聯軍向北京進軍，以解救本國外交官和徹底的讓中國人屈服。
此前威廉二世剛剛發表了臭名昭著的匈奴演說，「就像數千年前埃策爾國王麾下的匈奴人在流傳迄今的傳說中依然聲威赫赫一樣，德國的聲威也應當廣布中國，以至於再不會有哪一個中國人敢於對德國人側目而視。」
因此德國人來中國的目的相當的明確，殺人和報復。面對團結在一起的德國人和俄國人，英國人終究不敢讓聯軍就此破裂，於是此前和滿清政府的協商就此破裂。9月10日，聯軍出動了1.7萬人，92門大炮，從天津向北京開始進攻。
9月20日聯軍打倒了北京城下，在當地人的指點下，英國人從水渠進入城內第一個攻入了北京城，聽到聯軍進城的消息，慈禧當即帶上了光緒逃離了北京，並把所有主戰派留在了京城。
在路上還有些軍紀的聯軍，在進入北京城後因為聯軍將領允許軍隊「為所欲為三日」，於是展開了大規模的殺戮和劫掠。
德國人忠實的服從了威廉二世的命令，在進入北京城後對路上所遇到的中國人展開了無差別殺戮，不分男女老少。法國人則喜歡把人趕到小巷子里，然後用機槍進行掃射。俄國人殺人隨心所欲，只看自己的心情。日本人和美國人稍稍守一些軍紀，只要服從命令就不殺人，但是因為語言不通，因此枉死的人不計其數。
在搶劫方面，英國人最有效率，他們把所有搶劫到的財物放在公使館前進行拍賣，然後按照官階進行分配所得。至於其他列強還沒有掌握如此文明的劫掠方式，因此常常在劫掠中出現失火狀況。
相對於中國人來說的唯一一個好消息，就是滿清的權貴在這場入城狂歡中死了不少。義和團事變的主要支持者，庄親王府被放火燒光，現場燒死1800多人。反對維新的守舊派倭仁，家人被聯軍侮辱而死。
支持大阿哥的崇琦，看到妻子和女兒被押到天壇，妻子被凌|辱，女兒被人輪、奸，歸來後，崇琦帶領全家自盡。許多旗人選擇服毒自盡或舉火自焚。大學士徐桐更是滿門自殺，其中婦女18人，包括嬰兒。
這場侵略者的狂歡一直持續到了9月底才宣告結束，居住在內城的滿人大受打擊，慈禧的滿人支持者算是在這場戰爭中元氣大傷。能夠出面收拾殘局的，只有以李鴻章為首的漢人大臣了。
聯軍在北京城內的瘋狂殺戮也終於驚醒了原本以為事不關己的底層民眾，那些從前反對義和團的民眾在聯軍的報復行動下，開始對義和團轉為同情立場。聯軍在北京城內外開始遭到民眾自發的抵抗，也正看到了中國人民的抵抗行動，聯軍將領才開始約束軍隊，避免整個北中國完全陷入無政府狀態。
日本方面迅速行動了起來，把聯軍的暴行一一刊登了出來，並把日軍控制的地區稱之為秋毫無犯，以彰顯日本軍隊之文明。美國人同樣不甘示弱，把聯軍在北京的實施暴行刊登在了國內報紙上，聲稱「這不是什麼高貴的紳士解救行動，德國人和俄國人表現的就像是個匈奴鬼子，而印度士兵根本不了解戰後不能劫掠是什麼意思，法國人就像是個迫不及待參加盛宴的貪婪酒鬼。歐洲文明在這一刻，完全被玷污了。」
日本和美國對於各國暴行的報道，用意只有一個，就是削弱這些歐洲文明在本國的影響力。日本和美國作為一個後進國家，國民都處於一種對於歐洲文明痴迷的狀態，美國的百萬富翁以和英國貴族結姻為榮，日本的財閥以修建英式園林為上流家庭的標誌。
在這兩個國家之中，歐洲的才是文明的先進的，本土的是落後的是愚昧的，這種思潮已經成為了社會主流，特別是美國人，因為本就沒有一個原生民族，更是難以抵抗這種歐洲文化的在國民中的宣傳，德裔美國人以德國為榮，英裔美國人以英國為榮，幾乎沒人覺得美國有什麼文化可言。
在這樣的情況下，美國只能以清教徒的自律和道德感來凝聚美國人，美國和歐洲的區別就在於，美國是一群投奔自由的歐洲人建立起來的，歐洲的專制主義和帝國主義，正是開創美國的先賢所摒棄的壞東西。
日本和美國對本國軍隊的軍紀自吹自擂，固然引發了一些國民對於歐洲文明想像的破滅，但是這些報道對於中國人來說，震動就更大了。
原本中國的知識界還主張各國派出的軍隊是為了保護本國僑民，並不能算是入侵，真正應該問責的是那些引發了戰爭危機的愚昧的華北農民，但是隨著日本和美國報紙對進入北京的聯軍暴行開始報道後，這種站在外國人角度批評義和團運動的聲音開始消失了。
原本對於歐洲文明抱有幻想，認為歐洲文明是來拯救落後的中國文明的年輕人，開始對義和團運動抱有了同情心，而勞工黨所創辦的《國民報》開始從默默無聞的小報一舉躍居長江中下游地區較有名望的報紙，因為《國民報》從一開始就主張，義和團運動雖然愚昧，但立場應當值得同情。
這個主張在聯軍暴行還沒有被報道之前，一度被社會主流所排斥，認為《國民報》的立場過於保守，妨礙了中國的開化。但是在聯軍的暴行被聯繫報道出來之後，就連嚴復等社會名流也轉為了同情義和團的立場，於是《國民報》開始被社會各階層所重視了起來。
兩江總督、湖廣總督和盛宣懷，都派人向《國民報》進行了示好，希望這張報紙不要出現攻擊自己的文章。他們的擔心並不是無的放矢，《國民報》在政治上對東南互保的有效性表示懷疑，認為東南各督撫所謂的和洋人協商互不侵犯，不過是一廂情願，因為洋人並沒有簽字，而李鴻章的立場也頗可疑。