繼南京大屠殺案件的審判之後，第二批以集體犯罪的形式被送上東亞國際軍事法庭的戰犯就是臭名昭著的舊日本生化武器部隊成員，其中包括惡名遠揚的「731部隊」以及相對而言比較少提到的「516部隊」以及其他和生化武器相關的研究、作戰人員。
以石井四郎為首的「731部隊」負責研究生物武器，而「516部隊」和其他相似組織則研究毒氣，它們在侵華戰爭時期都以中國東北地區作為據點，在當地大肆抓捕平民以及中蘇兩國的戰俘進行慘無人道的活體實驗。當二戰進入末期的時候，蘇聯紅軍發起八月風暴軍事行動，走向末路的關東軍司令部命令這些研究生化武器的機構徹底消滅證據，避免被蘇聯紅軍發現。
它們儘可能帶走了所有那些沾滿鮮血的研究資料，並將剩下帶不走的所有東西付之一炬，並且槍殺了當時仍被關押在研究機構監獄裡面的中國平民。蘇聯紅軍最終只在東北地區找到了少數一些沒來得及逃走的次要戰犯，而石井四郎等主犯乘坐飛機逃回了日本。
舊日軍生化武器部隊在位於中國東北的研究基地中的罪行一直到二戰結束之後才得以被外界知曉，不過緊接而來的解放戰爭使得控制東北地區的我黨無瑕在國際審判中提及此事。原本應該被指控反人類罪行的日軍生化武器部隊，通過和美國相關研究部門進行聯絡，答應獻上它們在十幾年中的研究數據並支持美國生化武器開發之後，得以免於在東京審判中被送上法庭。惡魔之首石井四郎甚至通過和美軍德特里克堡基地的合作，獲得了在這一領域繼續拋頭露面的機會，以及後半生的生活保障。
早在第二次東京審判開始之前，中國就已經在聯合國平台上痛斥美國政府與這些舊日本法西斯的反人類組織相互媾和的罪行，並抹除了美國陸軍的德特里克堡基地作為警告。美軍生化武器研究組織的領導者鮑德溫以及一大批骨幹成員在上千度的烈焰中被燒成灰燼，這給美國的生化武器研究帶了了非常大的損失。但儘管如此，美軍依舊保留了他們在全國各地的其他生化武器研究機構，也曾經計畫過用生化武器毀滅歐洲的「回形針二號」計畫。
石井四郎和它的一眾手下在解放軍特種部隊對日本戰犯的大規模搜捕中被抓住，在此之前也有受到舊日本政府的監視。逮捕它們之後，看守人員已經數次阻止了石井四郎的自殺行為，它對自己過去那十幾年的所作所為的性質還是非常清楚的。
「……根據以上證據鏈條，我們對以石井四郎為首的反人類犯罪團伙提出以下罪名的指控：反人類罪、戰爭罪、虐待戰俘罪、謀殺罪、故意傷害罪……」
「舊日軍是整個第二次世界大戰期間，唯一一支將生化武器大規模用於正面戰場以及非軍事地區的部隊，本案中受到指控的所有戰犯均在對國際相關法規有確切認知的情況下明知故犯，並採用最反人類的活體實驗進行實驗數據的採集。」
「由於戰爭結束之後美國政府的刻意包庇，這批惡魔沒有得到應得的審判，並且為美國軍隊提供了數年的服務，為美軍秘密開發反人類的生物武器助力。正義已經遲到，但是並沒有缺席，我們懇請法庭依照被告團伙的犯罪事實，酌情進行判決。」
針對日軍生化武器部隊的指控不僅僅是要清算它們在中國犯下的滔天罪行，而且要藉此將美國政府的反動本質展現在全人類的面前。如果一個國家的政府，會為了得到生化武器的實驗數據而去包庇那些極端反人類份子，那麼只能證明這個政府同樣是反人類的。
必須被絞死的戰犯不僅僅是石井四郎這些精神變態的惡魔，還有那些站在它們身後為反人類實驗提供支持的傢伙。
在法庭的證據展示環節結束之後，身為辯護人的美國律師在辯護環節時氣沖沖地說道：「這是一場針對舊日本法西斯戰犯的國際審判，你們中國人在法庭上污衊並攻擊反法西斯陣線的主要成員是什麼意思？難道我們的國家沒有在對日戰爭中竭盡全力嗎？」
辯護人甚至忘記了自己該說的辯護詞，而是憤怒地指責公訴方在起訴的時候有意識地針對於案件無關的美國政府，這些內容根本不該出現在起訴書上。
「這算什麼國際審判，你們只是在藉機進行政治宣傳罷了，難道我們還看不出你們這些傢伙的險惡用心嗎！」
辯護人的怒吼持續了很長一陣子，似乎這個暴脾氣的律師律已經忍了很長時間了，不過在場的中方人員不為所動，只是讓他在那裡一個人叫罵。當這名律師終於喊累了，氣喘吁吁地站在原地時，坐在對面公訴人席位上的檢察官舉起手要求發言。
獲得法官許可之後，公訴人直勾勾地看向對面的美國律師，開口說道：「辯護人的抗議確實有一定的參考價值，我們確實不應該在起訴書上添加與被告方無關的大量內容……」
正當辯護人以為自己的斥責起到了效果，不敢置信地看向公訴人的時候，他聽到了這段話的後一部分。
「所以，我建議將美國政府納入本次審判當中，一併起訴美國相關政府組織反人類罪。」
此言一出，會場中出現了死一般的沉寂。
隨即，觀眾席上爆發出雷鳴般的掌聲，群眾起立歡呼。
辯護人和坐在法官席位上面的克拉默目瞪口呆，美國記者們也同樣大吃一驚。沒有人能想到，本次審判的公訴方會直接提出審判美國政府這種建議。
如果起訴美國政府這件事是出現在美國國內或者世界上的其他什麼地方，那麼他們只會隨便笑一笑，當這件事情不存在。美國政府可能會在法庭上敗訴，但是政府人員不可能因此付出什麼確切的代價，和起訴美國政府的私人或組織打打官司最多算是一種政治作秀，以便展現一下所謂的「三權分立」。
但是今天說出這句話的是一名中國檢察官，那麼這個建議的分量就大不相同了。
很多人都知道，中國現在真的有能力把艾森豪威爾以及整個美國政府押到被告席上，這無疑是要讓他們滅國。
群眾的歡呼逐漸停息後，梅汝璈敲了敲法槌，表示公訴方發言有場合不當的問題，公訴人也表示自己剛才只是一時激動。不過原本還情緒激動的辯護人現在就像是條落水狗一樣，徹底沒了氣焰。
而那些被控制在被告人席位上的戰犯們則有些傻眼，它們沒想到在審判自己的法庭上還能看到這樣的一幕。美國方面的反應加深了它們的絕望，原本能夠力壓各國意見，強行保護這些渣滓的美國政府現在面對這樣赤|裸裸的挑釁也只能打落門牙往肚裡吞，那麼它們這些戰犯無疑是沒有任何輕判的機會了。
當天下午，對舊日軍生化武器部隊的審判順利結束，共計數十人的主要戰犯被全部執行絞刑。審判結束之後，美國的記者們向法庭提出抗議，認為國際法庭不應該在這種重要的公開場合上對美國政府進行「污衊」。
回答他們這個抗議的中國檢察官笑著說：「放心吧，我們可不是『污衊』，你們最好讓國內的同事們準備好，很快就要有大新聞了。」
因為中國檢察官的言論而迷惑不已的美國記者們只好將今天的情況都立刻發回美國國內，並通知了自家報社近期美國國內可能有大新聞的事情。
艾森豪威爾對這一消息非常警惕，立刻叫來手下的相關人員詢問國內近期的情況，而聯邦調查局長鬍佛也剛好給他帶來了不少的壞消息。
「你說什麼？這段時間裡有五個基地被共黨襲擊？」艾森豪威爾放下手中的報告書後驚訝地叫道。
「是的，總統先生，我們也不知道這夥人是從哪裡搞到的消息。」胡佛表情非常難堪，他的工作再次出現了重大的紕漏。
自從幾個月前，美國共產黨的游擊隊襲擊了一處美國生物武器研究部門「圈養」活體實驗用黑人的小鎮之後，美國政府很是提心弔膽了一陣子。雖然此時的美國大風向依舊是歧視黑人的，但拿黑人做生物武器的活體實驗還是超過了美國社會所能容忍的底線，畢竟美國的黑人群體多少也是他們的隱患。
不過美共在那之後一直沒有嘗試將這一秘密宣傳出去，負責追蹤調查此時的美國軍方和聯邦調查局也就放鬆了警惕。而恰恰在第二次東京審判開始前不久，美共的游擊隊又開始襲擊美國境內的那些秘密小鎮，這幾次他們不僅僅救走了那些實驗用的黑人，還擄走了一些研究人員。
胡佛一開始還不清楚他們為什麼要挑這個時間點做這種事情，但國際法庭宣布對舊日本法西斯的生化武器部隊進行審判後，真相也就水落石出了。
「你們都是廢物嗎？這麼大的一群人也能讓共產黨游擊隊劫走！」艾森豪威爾無比憤怒，胡佛在第一次類似的襲擊發生之後保證過他們不會讓這種事情再次發生。
「我們確實加強了監管，並布置了大量的防衛兵力。」胡佛有些尷尬地說道，「但是這幾次，他們的人數和火力都有顯著的增強，我們的損失很慘重……」
「算了算了，現在說這個也沒有用。」艾森豪威爾不耐煩地擺擺手，「中國人的意思很明顯了，他們打算讓我們國內這些共匪曝光我們的研究。這是絕對不能允許的，你必須給我盯緊那些報社，不準讓任何相關消息擴散。」
美國的社會問題正在日漸膨脹，好在從歐洲流入的大量熱錢使得美國的經濟情況有一點點緩解的趨勢，艾森豪威爾絕不能讓現在這個稍微好一點的勢頭被美國共產黨打破。如果圈養黑人進行生物武器活體實驗的秘密被徹底曝光，那麼一定會引起全美國黑人的廣泛抗議，美國政府的麻煩是已經夠多了，這種大規模的輿論危機可能讓美國社會陷入劇烈的動蕩。
胡佛連聲答應艾森豪威爾的要求，並退出了總統的辦公室。艾森豪威爾則又叫來了一名與此事有關的美國陸軍將領，並下達了「處理掉全部試驗品」的命令。相比起在八月風暴中面臨著紅軍快步逼近的關東軍部隊，美國政府在毀屍滅跡這間工作上應該會做得更加完善才對。
可惜的是，天下沒有不透風的牆，美國政府並不知道中國檢察官在法庭審判結束後對美國記者們說的話是有預謀的。此事一開始是美國共產黨向我黨提出請求，他們對美國政府反人類罪行的證據收集陷入瓶頸，需要讓美國政府受到外界的刺|激，以便他們忙中出亂，美共的游擊隊才能趁機出手。
於是，在艾森豪威爾下令處理掉大多數相似的實驗基地的同時，美國共產黨的游擊隊四處出擊。他們有從美國政府內部傳出的消息，能夠得知美國生化武器研究機構的某些動向，因此得以在這些機構對秘密黑人小鎮進行最終處理的時候提前趕到現場，埋伏並殲滅美軍的殺戮部隊，並藉機掌握了相應的證據。
不久後的某一天，美國各地的大城市一夜之間出現了一大批高清彩色的相片傳單，這些傳單被貼在大街小巷上，相片的內容就是美國生物武器研究機構秘密圈養黑人的小鎮的情況，下面還附有被俘的機構成員的供詞。
各大報社和媒體對這些東西的出現噤若寒蟬，美國官方出面表示這些都是「共黨的惡毒污衊」，並四處收繳這些神秘出現的傳單。
然而，這次事件已經不是美國官方所能夠壓制的了。