起訴書宣讀完畢之後，法庭用數個小時的時間將公訴方準備的證據材料一一進行展示，其中包括南京大屠殺過程中各方拍攝的影像、戰爭結束後在南京各地發現的屠殺遺迹、堆滿屍骸的萬人坑、日軍官方的文件記錄、各級指揮官之間的私人信件、基層士兵的日記描述以及在東京檔案館中找到的大量報告文件。
儘管在意識到南京大屠殺可能為日本將來的國際環境造成不利影響之後，日軍高層命令松井石根將大屠殺的痕迹徹底抹除，但是幾十萬人的死亡怎麼可能不留下任何記錄？況且，由於當時的日本法西斯並不認為自己在未來將會戰敗，它們也沒有多麼認真地執行毀屍滅跡的工作。
在大屠殺結束之後回國接受百姓歡呼的舊日軍官兵並沒有意識到，這一切都將在短短的十幾年後成為它們的索命符。上萬件證據以不同形式呈現在法庭眾人的眼前，日本侵略軍的暴行鐵證如山。
當法庭內外的巨幅顯示屏上依次展示那些證據資料時，在場的群眾們再次開始了憤怒地叫喊。
而那幾十個被法警架在被告席上的日本戰犯們則渾身顫抖地看著那些它們曾犯下的罪行的鐵證，其中的首犯朝香鳩彥更是不敢睜眼。這個到中國戰場上企圖沽名釣譽的懦夫，其實根本連屍體都不怎麼敢接觸，遑論那些慘死在它手下日軍手中的無辜百姓了。
幾個小時的展示時間結束後，梅汝璈敲了一下法槌，讓正在呼喊中的群眾們安靜下來，並大聲說道：「證據陳列完畢，現在請證人依次發言。」
法庭為南京大屠殺一案邀請到的證人共有數百名，為了避免審判時間過長，大部分證人只提供證言錄音，而少數證人將在法庭上直接陳述。證人群體中包括南京大屠殺的倖存者、大屠殺發生時身處南京國際安全區的外國記者和外交官員、隸屬於參與大屠殺的日軍部隊但並未參與屠殺事件的舊日軍士兵及報社記者、第一次東京審判時對朝香鳩彥等戰犯進行審訊的駐日美軍軍官。
首批進行發言的證人是南京大屠殺的倖存者，在南京陷落時仍然身處南京的中國人大約有五十至七十萬人，除去在國際安全區中受到保護的二十五萬餘人，剩餘三四十萬人中的倖存者不足三千人。
作為代表的幾名倖存者證人，向法庭上的眾人講述了他們在那段時間內的遭遇。彼時作為一名南京市的交通警察的伍長德回憶了他的那段過往：「那時候，城裡面就像是地獄一樣，小鬼子的兵見人就殺，滿街都是看不出模樣的屍體，野狗和烏鴉吃得滿嘴是血。它們不僅在街道上殺人，還會闖進別人的家裡面殺人，我們當時躲在國際安全區的建築裡面，但是那也不安全，鬼子兵隨時能闖進去，把裡面的中國人抓出去殺害……」
伍長德本人是在日軍的一次有組織屠殺中倖存逃生的，他和其他的一大群人被日軍從一個國際安全區中趕了出去，並被帶到河岸邊用機槍射殺。他很幸運地沒有被槍彈殺死，並在日軍給屍體潑上煤油進行焚燒的時候滾入江水中，在下游地區撿回一條命。
在觀眾席上聽到這樣描述的群眾們無不動容，許多人憤怒地握緊了拳頭。
其他幾位倖存者也描述了自己的所見所聞，毫無保留地展現了日軍當時的殘暴與瘋狂。他們說到最後的時候，基本上都會流下眼淚，並大聲控訴那些被告席上的日本戰犯，要求法庭嚴懲元兇。
「我們是活下來的，老天爺要我們看著這些狗東西遭報應，我們今天一定要看到他們去死！不然的話我們那些千千萬萬的沒活下來的同胞，怎麼能夠安息呀！」
倖存者們發言完畢之後，輪到幾位當時身處南京的外國記者發表證言，他們是對南京大屠殺進行文字和影像記錄的主要人員，並且能夠接觸到一些日軍的中高層軍官。法庭向他們發出邀請前來東京作證的時候，大多數人一開始並未答應，因為他們本國當前的情況非常糟糕，這些記者們有些人已經失業。
他們的證詞主要針對當時日軍官兵的精神狀態以及違反國際法的種種行為，並且為大屠殺倖存者們的證言進行佐證。經過記者們的描述，大屠殺發生時日軍官兵那種瘋狂、喜悅的神態被展現在法庭之上，甚至有人還記得日軍軍官是如何向他們這些外國記者吹噓自己的「殺人功績」的。
「我當時獲准對一名日軍的尉官進行採訪，條件是不準在之後的報道中帶有任何任對它們行為的不利描述。採訪的地點在一處堆滿瓦礫的街道上，我被帶到那裡的時候嚇了一大跳，因為那個接受採訪的日軍尉官手裡正提著一顆人頭，似乎是它剛剛砍下來的。它們在那條街道上聚集了幾十個中國平民，並且讓那些平民都跪在街邊，幾名軍官分別用自己的軍刀一個一個地砍下那些人的腦袋。」證人在描述自己的見聞時臉色發白，似乎當時的景象重新出現在他的眼前一樣，「我不知道為什麼那些日軍要安排我在這種地方採訪，而且那名接受採訪的軍官還若無其事地跟我吹噓它在那天斬殺了二十多個人，它們甚至要求我給它們拍一張站在無頭屍體們前面的照片……」
倖存者和外國記者們分別描述了日軍在進行屠殺時的殘暴，以及日軍官兵在那個時候的精神狀態。這些證言主要是用以展現南京大屠殺事件的惡劣程度，將大屠殺罪行展現在人們的面前。
而接下來發言的曾經在這些魔鬼部隊中服役的舊日軍官兵則提供了對於給在場戰犯們定罪最重要的證言，也就是日軍部隊在當時究竟是收到了什麼樣的命令才會展開大屠殺。
未在大屠殺過程中加入殺人狂歡的日軍士兵屬於極少數，而在戰爭結束之後還存活下來並於日本革命後主動交代自己身份的更是鳳毛麟角。其中有幾個在當時的日軍師團級指揮部作為參謀軍官的人得到出庭作證以謀求減刑的機會。
「我當時在XX師團部的參謀部擔任作戰參謀，南京戰役結束後我經歷了大屠殺事件。」證人在自己的席位上平靜地說道，「當時我部正在南京城外駐紮，士兵們經過長時間的戰鬥之後都很疲憊，不過底下的基層軍官管教並不嚴厲，時常有小股部隊進入城市裡面自行作出搶劫和殺人的舉動。松井石根和朝香鳩彥舉行入城式的時候我有到現場觀看，那時候城市的小巷裡面已經出現很多平民屍體。」
「師團部在入城式之後不久收到了朝香鳩彥總指揮官的一封閱後即焚的密電，當時是我親自將電文念給師團長聽的。電文的內容只有一句話，也就是『殺掉全部俘虜』，我向師團長建議不要這麼做，因為會導致底下的部隊喪失紀律和戰鬥力。不過我在念完電文之後就離開指揮所，當時並沒能知道其他指揮官們的最終決定。」
「後來大屠殺發生時，我依舊在城外工作，並不知道城內發生的具體情況，只知道底下的部隊殺了很多人。師團部在大屠殺將近結束的時候又收到了朝香鳩彥的另一封電文，其內容是對部隊中的殺人者進行嘉獎和勉勵，並稱會在天皇面前為部隊請功……」
最後上場的證人是一名在朝鮮戰爭中被俘虜的美軍參謀軍官，第一次東京審判的時候，他作為駐日美軍的一名工作人員參與了對朝香鳩彥等戰犯的盤問。當時遠東國際軍事法庭在明面上只對這些皇族戰犯進行了一次簡單的問詢，不過駐日美軍私下裡和它們進行了多次對話，以確定雙方的交易內容。
這名軍官在前幾批美國政府選定的贖回戰俘中沒有被包括在內，因此對美國政府懷恨在心，有意在審判庭上面好好地揭露一下當時美軍是如何包庇這些殺人狂魔的。除了對駐日美軍的陰謀進行揭露以外，這位美國軍官的證言中還包括了朝香鳩彥等重要戰犯親口承認罪行的事情。
「當時我作為隨從人員參與了麥克阿瑟將軍和被告人朝香鳩彥的一次秘密會晤，並記下了它們當時的談話內容。」美軍軍官瞪著那名坐在法官席位上的自己人，也就是克拉默，他的仇恨目光讓本來就很不舒服的克拉默不得不低下頭來閃避，「那次會晤並沒有留下文字記錄，不過我發誓我接下來所說的內容都是在會晤中切實發生過的。」
「會晤的地點選在朝香鳩彥的官邸裡面，我們受到它的邀請享用了一頓豐盛的晚宴。宴會結束之後麥克阿瑟將軍和朝香鳩彥進行了一對一的對話，它們主要提及了朝香鳩彥可能被指控的戰爭罪行，以及我們包庇它的罪行需要得到的價格。其中，朝香鳩彥承認了它主使南京大屠殺一事，而且自稱那是它軍事生涯中最驕傲的『成就』，麥克阿瑟將軍則大笑著同意這件事，並認為朝香鳩彥不必為因南京大屠殺一事受到指控而擔憂，他本人將會關照國際法庭把這個罪名全部歸納到松井石根身上……」
這輪證言讓在場的歐美國家人員全都臉色煞白，不過他們也暗中慶幸這件事情的主要責任人麥克阿瑟已經死了。
當證據展示完畢、證人發言結束之後，梅汝璈敲了敲法槌，讓正在低聲議論著的眾人安靜下來。他看向呆坐在辯護人席位上，臉色慘白而且雙目無神的歐洲律師，開口問道：「辯護人可以發言了。」
來自法國的律師聽到梅汝璈叫他之後，好像被嚇了一跳一樣，還東張西望了一下，似乎在確認自己的處境。他緩了一會兒後，終於顫顫巍巍地站起來，拿出提前準備好的辯護詞準備念一下。
但他剛剛張開嘴巴，還沒來得及發出任何聲音時，一股寒意從他的背後傳來。律師抬起頭，看了看自己的周圍，發現觀眾席上的所有人都用充滿殺意的眼神看著自己。
「我……我認為沒有辯護的必要……被告人應該按照公訴人要求定罪……」
辯護人放棄抵抗之後，戰犯們也全都沒有說話的勇氣，它們像是一灘爛泥一樣毫無生氣。
後面的審判流程也很快就結束了，法官們全票通過了由梅汝璈提出的定罪審判意見，將全部戰犯判處絞刑。當梅汝璈將判決書大聲念出來之後，現場的所有觀眾開始歡呼，而在中國國內，所有正在通過電視、網路以及收音機關注著這場審判的人們也都歡呼雀躍。
對於遼寧省的群眾而言，這筆延續了數十年的血債終於在這一天讓那些罪犯們償還出應有的代價。南京的人們以及全中國的人民已經等著一天等了太久，以至於當這一天真正到來的時候，有些人還感到難以置信。
當天下午，東亞國際軍事法庭對南京大屠殺相關戰犯作出全部絞刑的判決後，犯人們被帶到法院門口的刑場上，分批次進行處決。
戰犯們已經完全無法做出掙扎，它們被帶到絞刑架下面時已經和死人差不多了。
朝香鳩彥被麻繩套套住脖子的那一瞬間，它彷彿感到自己上面有無數雙手正壓迫著它的腦袋。
咔嚓一聲，腳底下的木板鬆開，但在朝香鳩彥的眼中，它沒有看到木板下的泥土，而是擠滿了冤魂的無間地獄。無數人的魂魄正抓住它的全身，要以它的死亡作為階梯，離開地獄並得到最終的解脫。
它想要放聲尖叫，但是被阻斷的脖頸已經無法發出任何聲音，被捆綁住的四肢也無法作出掙扎。
一分多鐘後，朝香鳩彥的軀體停止了痛苦的扭動，這個害死了無數中國人的惡魔，終於在這一天得到了應有的報應。
而在它之後，還有一群同樣可恨的惡魔將被送上同樣的絞刑架。