吳念祖帶著玉漱公主從地宮中逃出來後，本來團結一致的隊伍也開始四分五裂，畢竟這次來到華夏他和蕾切爾薇茲不只是兩人隊伍，而是和其他一些探險者（盜墓者）一塊組成隊伍進行探險的。
而現在，由於玉漱公主的存在，隊伍的生出不同的想法，有人想要逼問長生不老葯，有人想要殺了她。對於不懷好意的人，吳念祖自然是把這些人統統干倒，然後帶著老婆和情人遠走高飛。
這接下來自然就是要分兩頭拍攝了，一頭是跟著江文這個秦始皇拍攝，特效組什麼的都得跟著，拍他去兵馬俑那裡喚醒大批部隊的場景。
前世原版的《木乃伊3》中，李聯傑演的那個秦始皇精通的是五行術法。怎麼說呢，雖然華夏古文化中，五行之術確實是被提及甚多，但是讓秦始皇這個帝王精通五行術法還是略微有些扯。這次的《木乃伊3》，江文的這個秦始皇施展術法，都是以他的幾件寶貝為媒介的，就比如說用傳國玉璽喚醒士兵，這對於秦始皇這個帝王身份來說還是更合理一些。
江文這個秦始皇直接帶著他的兵馬俑大部隊，通過傳國玉璽感應，殺向了正在入侵華夏的小日子部隊。
來到了戰場上，江文威武霸氣地說了句：「蕞爾小國，安敢犯我泱泱華夏？！」
在江文的一聲令下，他的兵馬俑大軍呼啦啦都朝著小日子的軍隊沖了過去，可把小日子給嚇了一跳。但是他們發現槍支對兵馬俑這些怪物完全無用，打上去最多也就是留下一個眼，絲毫不能阻擋衝過來的大軍。
小日子部隊也是瘋狂的很，竟然沒有被兵馬俑部隊嚇退，各種槍火突突突打向這些兵馬俑，雖然槍沒啥用，但是小日子的炮還是會把兵馬俑給炸碎，其重新聚合也需要時間，還要消耗江文傳國玉璽中積攢的國運或者說是魔力。於是，江文這個秦始皇乾脆直接變身東方巨龍，直接從空中飛過去就把小日子後方的炮火給秒了。
這一段可以說是對觀眾展現秦始皇這個反派有多強大，也是他第一次變身巨龍的場景，給觀眾留下深刻形象。當然了，這段戲基本就是靠特效組大展身手，效果好不好，全都要看特效製作得如何。
相比於秦始皇這邊威風凜凜，另一邊的吳念祖和蕾切爾薇茲，高園園三人組那就是日常輕鬆戲份了。主要拍的就是吳念祖夾在老婆和情人之間的狗血搞笑戲份，玉漱公主剛從地宮出來，沒見過現代世界，又是好奇又是驚訝。
同時她對蕾切爾薇茲還很友好，因為華夏古代男人本來就有三妻四妾，皇帝的妃子更多，她對吳念祖有個老婆毫不在意，只要能和吳念祖在一起她就很滿意。但是蕾切爾薇茲這個現代洋女人可是一夫一妻的擁躉，這中間自然就有了各種理念矛盾，而吳念祖夾在老情人和現任老婆中間左右為難。
電影的節奏就是這樣，不能一直高潮，也不能一直平淡，秦始皇那邊高潮戲份後，吳念祖這邊就負責輕鬆一下氛圍，讓觀眾情緒緩一緩。當然，他也不能一直就這麼平淡。很快他就遭到了追殺，有一些是其他對長生不老葯覬覦的現代人，不過這些在吳念祖面前都不夠看，真正的大敵當然還是張晉率領的影衛隊。
這應該是吳念祖代表的主角團和秦始皇的反派團伙第一次進行碰撞。這裡張晉名字叫追風，那自然就是和風一樣迅捷靈敏，速度超快，身手敏捷。他就猶如一個刺客一般，來無影去無蹤，他的主武器也是刺客常見的匕首或者可以叫短劍。
在接連幾次偷襲後，吳念祖這邊吃了些虧，不過吳念祖也不是吃素的，他在第一部中的設定便也是匕首大師，一把匕首玩的飛起，只不過不同於張晉的進攻，他因為要保護老婆和老情人，因此一直處於防守態勢，形勢上天然處於下風。
同時，這次可不僅僅是張晉一個人，他還帶了一個影衛隊，這些影衛隊也有兵馬俑的特質，那就是殺不死，就算攔腰砍斷之後，人家還是能像泥人一樣重新聚合然後復活，這就沒法打了。
而更要命的是，影衛隊還人手佩戴了一樣大殺器，也就是秦弩！
秦弩可是大秦的國之利器，稱其為國寶都不為過。大秦之所以能夠橫掃六國，秦弩發揮了很大的作用。並非說其他國家沒有弩，但是不僅工藝落後，而且制式混亂，為大規模使用造成一定的困難。秦弩就不一樣了，工藝先進，而且有統一的標準。秦弩沒有過多裝飾，但是機械結構卻非常精妙實用。秦兵持弩如同現代持槍，半跪射擊，非常有序，起到很好的戰術作用。
這裡拍攝中，為了凸顯出反派的利害，雖然吳念祖能夠攔住張晉，讓他在自己手裡討不到好，但是當這些影衛隊相互配合用出殺傷力很強的秦弩之後，吳念祖就只有節節敗退了。
最終為了保護他老婆伊芙琳和情人玉漱公主，吳念祖還被弩箭射中了肩膀而受傷。不僅伊芙琳被影衛隊給抓住了，而且吳念祖也受傷，就在張晉要帶領影衛隊趁機把吳念祖和伊芙琳給殺死的時候，高園園站了出來！
玉漱公主以死相逼，讓張晉和影衛隊停止了動手，並說只要放了他們，自己自願跟著張晉回到秦始皇身邊。隨後，玉漱公主在吳念祖臉上輕輕親了一下，然後便微笑著和吳念祖進行了訣別，受傷的吳念祖想要攔都攔不住。
張晉也算是信守承諾，沒有對吳念祖和伊芙琳再下殺手，就這麼放了他們。當然了，他是為了玉漱公主不會自殺，將玉漱公主完整帶回去，才是他的任務，其他殺不殺吳念祖等人都不是重點。
玉漱公主走後，吳念祖很是擔心，因為雖然玉漱公主什麼都沒說，但他總覺得老情人和他分別時候的狀態，就好像是做生死訣別一樣。
伊芙琳對於救了自己和吳念祖的情敵也是心緒複雜，這一段自己經常找她麻煩，但是她從來都沒和自己計較，一直都很溫柔，最後還救了自己，伊芙琳的心中也滿是後悔。
隨後，等到吳念祖被帶去治療的時候，伊芙琳在考古文獻資料中終於發現了有關長生不老葯的相關信息，然後也得知了真正的長生不老葯是分為陰陽，只有吞了陰丹和陽丹的兩人才能保持肉身，其他人都是泥塑。
而他們在地宮中見到玉漱公主時她就是肉身，毫無疑問她吞了陰丹，而另一粒陽丹的吞服者，應該就是已經傳來消息，帶領大軍滅了小日子的秦始皇。
要想做到真正的毫無缺陷的長生不死，就必須通過獻祭儀式，讓陰丹重歸秦始皇，做到真正的陰陽合一，達成長生不死。
伊芙琳看完後一下就明白了過來，然後對著吳念祖大喊你的老情人危險了，秦始皇要把她給獻祭掉，拉著吳念祖主動去救玉漱公主。
吳念祖這邊也是焦急，但是他很清楚僅憑他們和秦始皇一方差距太大了，連影衛都不一定能搞定，必須要拉攏幫手，獲得力量去對抗秦始皇，救出玉漱公主。
然後這時候，伊芙琳又再次提出了根據古籍記載，可以去找隱世門派的幫助。同時國內混戰的軍閥，以及一些老外大使，也都聯合在一起找到了吳念祖和伊芙琳。因為秦始皇在滅了小日子以後，宣布要掃六合，盪八荒，將這些入侵者和鼠輩統統橫掃清除，恢複大秦帝國。
不管是誰，這時候見識到了秦始皇和他的不死大軍這可怕的力量，都為之恐懼，因此他們迫切地想要聯合起來先把這個兩千年前的「怪物」先給解決掉。恰巧吳念祖他們又是當初闖入秦皇陵，貌似放出怪物的人，好像對這件事有不少了解，因此一番爭執和討論之後，所有人達成了統一意見，找到隱世門派，阻止秦始皇獻祭玉漱公主。
那隱世門派在哪裡呢？自然是生活在猶如仙境的地方啦！
至於這個仙境么，就是融合了華夏好幾個地方的美景而成，比如說張家界、九寨溝、香格里拉等等，怎麼漂亮就怎麼拍！
在聯合力量的幫助下，吳念祖和伊芙琳順利坐飛機抵達了仙境，找到了隱世門派，並且得到了他們的幫助，也知道獻祭儀式舉辦地點將在昆崙山。
於是，吳念祖便帶著隱世門派的人，和他老婆伊芙琳一起又往昆崙山那邊趕過去。昆崙山也是華夏各種神話傳說中的仙山，這次拍攝當然也已經找好了地方。
在到達了昆崙山後，對於外界的大軍，那自然是交給了聯合部隊，而吳念祖帶著隱世宗門的老道士和伊芙琳急匆匆往裡沖，因為天空中已經開始顯現出了異象，這說明獻祭儀式已經開始了。
然後就又進入了很經典的、觀眾們喜愛的闖關模式。
這第一關么，就是之前的老對手張晉和他的影衛隊，但是這次吳念祖有老道士幫助，手中的武器也被施加過了道術，看在對方身上，他們就不會再恢複。
這種情況下，吳念祖直接開啟了大殺特殺模式。而且這次吳念祖是攻擊方，身邊也沒累贅，竄入了人群之中，敏捷的身手也能不斷躲開弩箭，一番爽利的打鬥之後，吳念祖用借力打力的戰術，把這些人都給幹掉了，張晉也是被他一劍刺死。
這些被他殺死的秦軍將領和兵卒，這次並沒有再恢複，而是化為了一灘灰飄散。
闖過了第一關之後，眾人來到了第二關，其鎮守大將，就是巨人巴特爾！
巴特爾身高兩米多，身材魁梧健壯，即使一米八多的吳念祖跟他站在一起，也顯得小了很多。而且這傢伙長相兇狠，實在是很適合這個反派。他的武器呢，也要符合他這種巨人風格，劇組給他準備的，是一個專門為他量身定做的巨型狼牙棒！
其實之前關於武器也有過討論，有說讓他用大刀的，也有說讓他用大銅錘的，不過最後還是定下了狼牙棒。因為大刀還要他練刀法，銅錘這個東西，老外很陌生，看到這東西會奇怪這也能做武器？
而狼牙棒就很通用了，而且外表看起來就很兇惡，視覺效果拉滿，對於巴特爾來說，就是按照套路掄就行了，簡單易上手。他這個狼牙棒當然只是道具了，看著很威風霸道，實際上內里是塑料，很輕的。
吳念祖在闖到第二關，看到扛著狼牙棒身形高大的巨人巴特爾，也是露出凝重神色。
與這種大傢伙打鬥，那自然不能跟他拼蠻力，在巴特爾一棒子一棒子的揮舞之下，吳念祖只能躲來躲去。而巴特爾則是面目猙獰地大叫道：「哈哈哈，小不點，我會把你砸成肉醬！」
不用懷疑，這話就是說給老外觀眾的，他們就吃這一套。
吳念祖採取的策略，就是在遊走中不斷用匕首在巨人巴特爾的關鍵部位留下傷痕，積少成多之下，當巴特爾的行動因為這些小傷遲緩下來，他直接一躍到了高空中，然後一劍刺穿了他的喉嚨，隨後只留下巴特爾捂著喉嚨，咣當的一下倒下。
搞定了這個巨人巴特爾之後，吳念祖又帶著人沿著山道進入山裡更深處。